看到周青云的担当后，在随后的讨论中，大家各抒己见。
副司令罗卓英对于战事失利时的“有序撤退”，还要“予敌重创”表示疑问。
周青云没有理会他们的疑虑，继续下达命令，语速快而坚决：“任命：十七集团军六十三军，即刻接防紫金山、雨花台核心阵地；第六十七军，负责巩固城东、城南外围防线，特别是淳化镇、汤山一线。原教导总队、第七十四军、第八十八师等部，收缩至第二线阵地，抓紧时间整补，优先补充兵员、给养。”
他看向自己的嫡系将领们——副司令周承锦、参谋长覃子斌、第六十三军军长向子毅、第六十七军军长隆廷锡。这些人追随周家多年，对周青云有着近乎盲目的信任。
“叔父，”周青云对周承锦道，“你亲自负责，将我之前从芜湖运来的棉衣、粮食、药品，公平分发给各部队，告诉他们，凡愿抗敌者，一视同仁！”
“是！”周承锦领命而去。
这一举动，让在场一些中央军将领动容，他们从未想过，这位周司令如此大方。
周青云又对参谋长周斓说：“以卫戍司令部名义发布命令，各部队可就地征召青壮补充兵员，七日内必须补齐建制。逾期未完成者，师长、旅长一律军法从事，并上报国防部，追查其空额粮饷之罪！”
此令一出，满座皆惊。这是赤裸裸的威胁，但也是在当前混乱局面下，最快恢复部队战斗力的狠招。
周青云深知，唯有让这些将领感到切身之痛，他们才会拼命抓壮丁；在周青云眼中，与其让日本人白白屠杀，还不如用来补偿兵源；而各军将领眼中，这些补充进来的兵员，正好填补了淞沪会战的缺失。
第六十三军刚从淞沪血战中撤下，虽减员至一万八，但骨干犹存，血性未冷。
第六十七军三万人则养精蓄锐已久，求战心切。军直属重炮旅的48门105和150榴弹炮，师属炮兵团的75山炮、野炮，团属炮兵营的各式迫击炮、战防炮、机关炮，层层配置，构成了密集的火力网。尤其是那被命名为“沅式20机关炮”的利器，既可防空，又能平射打坦克，将成为日军战机和薄皮豆战车的噩梦。
更关键的是空中力量。之前淞沪撤退时，考虑到广德并不安全，周青云要求石邦藩将广德机场的战机和人员全部转移到安庆机场，后期方便支援南京保卫战。
安庆机场，隐藏着周青云的另一张王牌——超过两百架来自西班牙内战“淬火”的优秀战机。梅塞施密特bf-109战斗机争夺制空权，亨克尔he-111轰炸机负责对地攻击，这支空中奇兵，将有效遏制日军航空兵的嚣张气焰，为地面部队提供宝贵的空中掩护。
与此同时，周青云掌控着一支规模不小的内河舰队。他上任伊始，便命令舰队在长江下游航道大量布设水雷，迟滞日军舰艇溯江而上的企图。
蒋某人离开后，周青云立刻展开了他计划中的关键一步——物资转移与舆论动员。
他命令洞庭湖分舰队的陆战队以“战时管制”为名，迅速控制了南京各大银行、官仓、以及被列为“敌产”的日本商社和汉奸产业。
金条、银元、古玩、粮食、布匹……海量的物资被登记造册，连夜装船运往辰溪；当然，他也不忘给南京的各位军官高层分润一些。
周青云将容易贬值的法币和部分粮食当场分发给其他部队，稳定军心，而真正的硬通货——黄金白银，以及大批军粮，则由他派信任的舰队和陆战队一个团，押送辰溪。
这一举动堪称“釜底抽薪”，但也引发了内部争议。副司令刘兴私下找到周青云：“司令，此举是否……太过？恐授人以柄啊。”
周青云看着他，目光深邃：“刘副司令，这些东西留在南京，要么毁于战火，要么资敌。带走它们，是为了将来能购买更多枪炮、支付军费，坚持更久的抗战。至于骂名，我周青云一肩担之！”
与此同时，一场声势浩大的宣传战在南京城内展开。
无数传单如同雪片般散发，上面用触目惊心的大字写着：“倭寇凶残，欲屠南京立威！”
“城破之日，鸡犬不留！”
“民众抓紧时间撤离南京，勿有侥幸心理，不复前明扬州十日旧事”
“谨防城破倭寇有屠城之举，南京市民及周边百姓请速撤离，勿忘前明江南惨剧”
在周青云的要求下，传单详细描述了日军在旅顺、济南等地的暴行，并断言南京必将遭受同样甚至更残酷的命运；同时也列举了明末清军对扬州、嘉定、江阴等地的屠杀，吸取历史教训。
周青云亲自审定了宣传口径：“不要粉饰，不要侥幸，要把最黑暗、最血腥的可能赤裸裸地告诉每一个士兵，每一个百姓！”
他深知，唯有激发最原始的求生欲望和仇恨，才能让这支残破的军队爆发出最后的战斗力，才能让更多民众愿意背井离乡。
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恐慌在蔓延，但一种破釜沉舟的悲壮也开始凝聚。许多原本犹豫的市民，开始拖家带口涌向码头。
同时，周青云命令洞庭湖分舰队从之前芜湖补给点，周青云储备的大量武器装备补充给南京各守军，并命令他们尽快就近补充兵源；其实就是强行“抓壮丁”，此时也顾及不了那么多了，总比后面被日本人白白屠杀强。
除周青云的嫡系17集团军外，安排在芜湖的126师、铜陵的127师守好南线后路，其余南京的中国军队如下：
第78军 军长宋希濂（兼任该军主力第36师师长） 下辖第36师，这是当时中国军队中装备和训练最好的“德械师”之一，在淞沪会战中伤亡极大。
第72军 军长孙元良（兼任该军主力第88师师长） 下辖第88师，同为最精锐的“德械师”之一，在淞沪会战中伤亡极大。
教导总队，总队长桂永清，这是当时中国军队中装备最精良、训练最严格、编制最完整的示范部队，兵力约相当于一个军；参加淞沪会战后伤亡惨重，伤亡近七成。。
第74军 军长俞济时，该军下辖第51师（师长王耀武）和第58师（师长冯圣法）。
第71军 军长王敬久，下辖第87师（师长沈发藻）：该师也是早期的德械调整师，历经淞沪苦战。
第83军 军长邓龙光，该军为粤军部队，下辖第154师（师长巫剑雄）和第156师（师长李江）。
第66军 军长叶肇，该军同为粤军，下辖第159师（师长谭邃）和第160师（师长叶肇兼）。
第2军团，军团长徐源泉，该军团由原武汉地区的部队组成，下辖第41师（师长丁治磐）和第48师（师长徐继武）；第103师（师长何知重，副师长戴之奇实际指挥）、第112师（师长霍守义），这两个师均属东北军系统，被配属给第2军团。
江宁要塞司令部：负责指挥乌龙山、狮子山、雨花台等地的老旧炮台，进行固定炮火支援。
宪兵部队（约2个团）：由宪兵副司令萧山令指挥，负责维持城内秩序、看守城门。
此外，还有其他一些地方部队和各地抓来保安团等杂牌部队、强抓的壮丁，例如桂军第7军部队，军长为廖磊；川军第23集团军部分部队，集团军总司令为刘湘，不过他当时因病在汉口就医，实际由唐式遵代理总司令职务，还有江浙、安徽等各地的保安团；对于这些部队，缺少重武器且损失太大、骨干人员缺失后战斗力欠缺，周青云让他们就地补充兵源（抓壮丁），并给他们补充了部分轻武器、弹药、后勤物资，然后全部撤离到第五战区管辖；周青云联系了在第五战区蚌埠的李宗仁，将这些部队过江从浦口坐火车调到蚌埠，并事后后再通知武汉方面的参谋部，以免有人瞎干预微操。
南京保卫战中，日军参战部队主要有华中方面军下辖的上海派遣军和第十军。
具体部队番号及领导人如下：
第六师团：属于甲种师团，部队通称号 “明”，师团长为谷寿夫中将。该师团兵员主要来自日本熊本，又叫 “熊本师团”，下辖步兵第十一旅团、步兵第三十六旅团，共 4 个步兵联队，以及骑兵、野炮兵、工兵、辎重兵各 1 个联队。进攻南京时，第六师团由牛首山、板桥、雨花台、中华门等方向进攻。
第九师团：为日军二战爆发前 17 个常备师团之一，属甲种师团，部队通称号 “武”。师团长是吉住良辅中将，兵员主要来自日本金泽，故称 “金泽师团”。下辖步兵第六旅团、步兵第十八旅团，共 4 个步兵联队，以及骑兵、山炮兵、工兵、辎重兵各 1 个联队。第九师团由孝陵卫以南到光华门方向攻击。
第十六师团：师团长为中岛今朝吾中将。该师团下辖步兵第十九旅团和步兵第三十旅团，主要负责进攻南京东北面，从麒麟门、仙鹤门等地向城内推进，制造了多起惨案。
第一一四师团：师团长为末松茂治中将。师团下辖步兵第一二七旅团和步兵第一二八旅团。
第十三师团：师团长为荻洲立兵中将。该师团派出一部参与南京保卫战，其所属部队在南京城郊等地参与了战斗。
第三师团：师团长为藤田进中将。第三师团主力留驻苏州一带，派出一部进攻南京。
国崎支队：支队长为国崎登少将，该支队隶属于第十军，主要由步兵第九旅团为基干组成。
重藤支队：支队长为重藤千秋少将，该部在南京保卫战期间参与了相关作战行动。
日军华中方面军司令官为松井石根大将，上海派遣军由其亲自指挥，第十军司令官为柳川平助中将。