郑芝豹突然主动认罪，当场揭发并指证施福，正是郑鸿逵暗中授意所致。
郑森杀施福而不杀郑芝豹，有私心但也正体现其政治智慧。
施福是外姓家臣，处决可立威；郑芝豹是血亲叔父，夺权既保全家族颜面，又向皇帝表明立场。
这种“外严内宽“的处理，郑氏各方无话可说，郑森杀施福、夺郑芝豹兵权，不过是雷霆手段的开始。
郑氏水师内部山头林立，施福一死，依附于他的将领们噤若寒蝉，而郑芝豹被革职发往南京“养老“，更让其余郑氏旧部明白，这位年轻的掌舵人，既有朝廷尚方宝剑在手，又有郑家血脉正统，谁若再敢阳奉阴违，便是自寻死路。
但郑森深知，仅靠杀戮震慑，终究难以长久，得恩威并施方能服众，于是，他迅速颁布几条政令。
第一，厚赏水兵，凡郑氏水师士卒，月饷翻倍。
同时，开放军功晋升，无论出身，凡战功卓著者，皆可擢升，夺敌舰者擢三级，临阵脱逃者沉海。
又留郑氏“火船营“，却命工匠以火药桶替人命，火箭代火油。
此令一出，底层水兵欢呼雷动，他们本就不关心上头是谁掌权，只在乎谁能让他们吃饱穿暖，有钱养家。
第二，整编战船，郑森将郑氏水师原有的私兵体系彻底打散，按朝廷规制，重新编为前、后、左、右、中五军，每军设总兵一员，副将二员。
第三，严明军纪，郑森亲自督训，凡违令者，轻则鞭刑，重则斩首。
一些郑氏旧部虽有不满，但见郑森手握神机营精锐，有郑鸿逵一众郑氏元老全力支持，加上施福被杀在前，再无人敢公然反抗。
短短半月，原本散漫的水师被顿顿的焕然一新，战船调度井然有序，再无昔日各自为政的乱象。
郑森能以雷霆手段整肃郑氏水师，其权力来源有三重保障。
首先，他手持尚方宝剑，总制三省水师，代表皇权，对通敌叛国者可先斩后奏。
其次，作为郑芝龙嫡长子，他天然拥有对郑氏私兵的继承权。
最后，三千神机营精锐和龙江船厂新式战船构成了绝对武力后盾。
郑森对郑氏水师一番整肃后，并未急于出兵，而是先派探子潜入东番，探查荷兰人虚实。
他挑选数十余名精通闽南语、善于伪装的精锐，扮作渔民、商贩，分批渡海，混入热兰遮城附近的汉人村落。
与此同时，他令数艘快船，在澎湖至东番海域游弋，专门截杀荷兰人的巡逻船只，确保情报传递畅通。
同时开始战前准备，他一边派出探子，一边让水师在近海进行大规模军事演练，以增加协同能力。
郑森仿陆师“三段击“改制水师炮阵，令战船分作五队，舷炮轮射如雷；抽选火铳手为炮长，严训装填之法。
海风狂卷，船上的龙旗被吹得猎猎作响。
三千神机营精锐列阵如林，分立战船，乌黑的鸟铳在烈日下闪着幽光。
神机营将士对面，是刚从各营抽调来的三千名郑氏水兵。
这些老海狼松松垮垮站着，交头接耳，有的眼神里满是桀骜与不屑。
甘辉率三艘新式战船演武，二十四门红衣炮齐鸣，百米外的靶船应声碎裂，浪涌如雪。
然后就是火铳队。
“第一队！上前！”将官厉喝。
神机营第一哨百名军士踏着鼓点上前，动作整齐划一。
对面水兵队伍里响起嗤笑声：“花架子！海上颠起来站都站不稳”
“装弹！”令旗劈落。
咔！咔！咔！金属摩擦声清脆利落，火药、铅子、通条，神机营士兵的动作快得眼花缭乱，十息之内，百支鸟铳已昂然指向前方。
郑氏那些水兵们的嗤笑僵在脸上，刚刚的火炮足以让他们感到震撼，而火铳手的操作更是让他们大开眼界。
“轮射！放！”
砰砰砰砰！震耳欲聋的轰鸣撕裂空气，远处百步外的木靶瞬间爆开漫天碎屑！
“第二队！轮转上前！”
硝烟未散，第二哨已踏步补位，退下的第一哨士兵动作不停，清理铳管，重装弹药，整个过程行云流水，毫无滞涩。
三轮排枪过后，对面水兵已是鸦雀无声，几个老炮手死死盯着神机营士兵装填时稳定得可怕的手。
“看到没有！”甘辉策马冲进水兵队列，马鞭指过一张张呆滞的脸，“这叫令行禁止！这叫火器战阵！红毛鬼的盖伦船，舷炮齐射就是这般排山倒海！就凭你们这群乌合之众，靠跳帮接舷去送死吗？！”
当日下午，操练的怒吼声便取代了海涛，成为港湾的主调。
甘辉亲自示范火铳射击，烈日下赤着上身，肩窝被铳托撞得青紫也浑不在意。
郑森也脱去锦袍，在队列中与士兵一同操演，汗水浸透麻衣，盐渍勾勒出肩背绷紧的线条。
“手臂稳！心要静！”郑森的声音穿透海风，他端起一支鸟铳，屏息，瞄准百步外随风晃动的船索扣，“海上风浪颠簸，瞄头瞄胸都是虚的！要打桅杆，打帆索，打炮窗！”砰！铅弹呼啸而出，碗口粗的绳索应声而断！
水兵们看着那截断索在空中飘荡，有人眼中燃起了火焰。
数日后，一艘荷兰探子船在澎湖外海遭遇明军快船，双方爆发激战。
荷兰人船坚炮利，但明军探子的小船灵活，以火攻焚毁敌船，生擒了数名红毛水手。
经审讯，郑森得知荷兰人已察觉明军动向，正加紧修筑热兰遮城防御工事，并大肆强征岛上汉民为苦力。
三月初六，甘辉带着一名衣衫褴褛的渔民，求见郑森。
“制军，有个自称郭怀一的部属求见，说有非常重要的事禀报！“甘辉说着递来一份油布包裹，“我从他身上搜出一份热兰遮城的布防图，也不知真伪。”
“哦？”郑森接过油布包裹打开里的地图，随既瞳孔微缩，一幅详尽的地图显露出来。
热兰遮城、赤嵌新堡、炮台位置、兵营分布甚至标注了棱堡几处砖石风化松动的薄弱点，西南角的排水暗道旁，赫然多了一座新炮台。
他的指尖划过地图上大员社的位置，停在那片象征溪流的蓝色上，仿佛触到了未干的血。
郑森可以确定这份地图是真，连忙说道，“快把那人带上来。”
来人皮肤黝黑，十指关节粗大如树根，一看就是常年劳作的船工，他见到郑森后跪地痛哭，口称少主。
“少主救命！红毛鬼听说你要调派水师打他，在赤嵌城挖了新壕沟，把汉民当畜牲使唤！“
喘着粗气道：“红毛鬼发现官军的探船后，连夜调整了布防，郭大哥说，愿助朝廷水师“