同源号的十三色能量与星核火种的金色光芒交织，化作一道流光穿梭在星空中，朝着超宇核心星疾驰。舰内，联合小队正在紧急休整：青禾持续用生命能量治疗受伤的战士，星澈则带领幸存的符文师修复破损的符文战甲，顾厄站在封印墨玄的能量舱外，神色凝重地盯着舱内被金色符文束缚的身影。
墨玄被封印后，暗紫色的长袍变得破败，周身的暗能被彻底压制，但猩红的眼睛依旧闪烁着恶毒的光芒：“你们以为带着我就能改变什么？暗主大人留下的‘暗能唤醒阵’已被激活，所有沉睡的投降派核心成员都会苏醒，用不了多久，整个宇宙都会再次被暗能笼罩！”
“闭嘴！”星澈怒喝一声，抬手加固了封印符文，“万年前你们背叛同源，万年后还想为祸宇宙，这次我们绝不会让你们得逞！”顾厄则冷静地追问：“暗能唤醒阵在哪里？还有多少投降派核心成员？”墨玄却只是冷笑，不再言语，显然是打算顽抗到底。
就在此时，同源号的探测仪突然发出急促的警报，铁枢的机械眼快速闪烁，语气凝重地汇报：“前方3光年处，出现十道强烈的暗能痕迹，正向我们快速靠近！是其他投降派核心成员，他们形成了包围圈，试图拦截我们！”
全息屏幕上，十道黑色的暗能光柱从不同方向汇聚，如同一张黑色的大网，朝着同源号扑来。顾厄立即下令：“启动星核火种防御模式，将能量集中到舰体前方！雷域、炎域战士准备，随时应对冲击！星澈，带领符文师构建符文反击阵，伺机突围！”
同源号立即调整姿态，星核火种的金色光芒暴涨，在舰体前方形成一道巨大的能量护盾。很快，第一道暗能光柱率先击中护盾，剧烈的冲击波让舰船剧烈震颤，护盾的金色光芒瞬间暗淡了几分。“这些核心成员的能量强度，比墨玄弱不了多少！”铁枢大喊，同时操控舰船主炮，发射出一道融合了星核火种能量的十三色光柱，击退了其中一道暗能痕迹。
“不能被动挨打！突围！”星澈下令，四名星陨符文师快速围成一圈，吟诵起突围咒语。金色的符文能量在舰体两侧凝聚成一对巨大的符文翅膀，翅膀挥动间，无数道符文利刃朝着周围的暗能痕迹射去，暂时逼退了围堵的敌人。
同源号抓住机会，加速朝着超宇核心星冲去。但投降派核心成员并未放弃，他们不断释放暗能攻击，还操控周围的星尘形成暗能风暴，试图阻挡舰船前进。舰内的战士们拼尽全力，一边抵御攻击，一边协助舰船突破防线，多名战士再次受伤，形势愈发危急。
与此同时，超宇核心星的联盟议会正在紧急召开。赵乐乐将幽影星尘带的战斗情况与新出现的暗能危机告知各文明代表，全息屏幕上，同源号的实时航行轨迹与周围的暗能痕迹清晰可见。“投降派核心成员的围堵，说明他们不想让墨玄落入我们手中，墨玄身上一定藏着关键信息。”赵乐乐的语气坚定，“我们必须立即派出支援舰队，接应同源号返回！”
“我带领雷域主力舰队出发！”雷曦站起身，眼神锐利，“紫霄神雷能克制暗能，正好能协助同源号突破围堵！”冰域族长也主动请缨：“冰域舰队负责构建时空航道，用寒冰能量冻结暗能风暴，为支援舰队与同源号开辟安全通道！”
会议很快确定了支援方案：由雷域、冰域、机械文明组成联合支援舰队，立即出发接应同源号；剩余文明则留守超宇核心星，加速推进“终极清算计划”——星陨文明提供投降派文明的详细资料，科研组研发针对性的暗能封印装备，战斗组则整合十三文明的精英，组建终极清算军团，随时准备应对大规模暗能攻击。
支援舰队迅速集结，朝着同源号的方向疾驰而去。舰内，雷曦与铁枢的远程通讯保持畅通，不断调整支援路线，避开暗能痕迹密集的区域。而此时的同源号，已被投降派核心成员彻底包围，舰体的护盾能量即将耗尽，舰体多处出现破损，形势岌岌可危。
“不行！你这样太危险了！”星澈反对道。顾厄却摇了摇头，眼神坚定：“现在只有这个办法！同源能量的本质是团结，我们绝不会让万年前的悲剧重演！”说完，顾厄带领数十名精英战士，打开舱门，朝着围堵的投降派核心成员冲去。
顾厄的净化剑挥舞间，十三色能量与金色火种能量交织，不断斩杀靠近的暗能载体，吸引了大部分投降派核心成员的注意力。但对方人数众多，顾厄等人很快陷入重围，身上的战甲出现破损，鲜血染红了星空。就在众人即将支撑不住时，远处传来一阵璀璨的紫色光芒——支援舰队终于赶到了！
“雷域支援舰队在此！尔等暗能余孽，休得放肆！”雷曦的声音响彻星空，无数道紫霄神雷从支援舰队射出，如同天罗地网，朝着投降派核心成员劈去。冰域舰队则释放出极寒的寒冰能量，瞬间冻结了周围的暗能风暴，构建出一道晶莹剔透的时空航道。
投降派核心成员见状，深知无法再拦截，只能恨恨地看了一眼同源号，化作暗能碎片消散在星空中。危机终于解除，顾厄带领战士们返回同源号，支援舰队立即上前，用能量修复同源号的破损部位，补充能量。
两天后，修复完毕的同源号与支援舰队一同返回超宇核心星。当舰船驶入时空港口时，十三文明的族人们早已等候在此，看到顾厄等人平安归来，纷纷欢呼起来。但所有人都清楚，这只是“终极清算”的开始，更大的战斗还在等待着他们。
顾厄将墨玄交给联盟科研组，进行进一步的审讯与研究；受伤的战士被送往生命文明的治疗中心，接受专业治疗。赵乐乐则再次召开联盟议会，宣布终极清算军团正式成立，由顾厄担任军团统帅，星澈担任副统帅，全面负责后续清除投降派核心成员、摧毁暗能唤醒阵的任务。
超宇核心星上，十三文明的力量正在快速整合，古老的符文技术与现代的科技相互融合，强大的能量装备不断被研发出来。同源晶核与星核火种的能量相互共鸣，十三色光芒与金色光芒交织，笼罩着整个超宇核心星，象征着同源文明守护宇宙的坚定决心。
而在宇宙的深处，投降派核心成员们汇聚在一处古老的暗能基地中，墨玄的同伴——投降派首领“暗陨尊主”正怒视着下方的核心成员：“一群废物！连一个同源号都拦不住！不过没关系，暗能唤醒阵已接近完成，只要唤醒暗主大人的残留意志，我们就能彻底摧毁同源联盟！”
一场关乎同源文明存亡的终极清算之战，即将正式打响。