洪武元年正月的最后几日，朱桓就按照朱元璋的要求，每日去他的办公室待命。
跟朱元璋详细说明自己知道的各种知识，协助他擬定大明正式的文武官职系统，也就是大明皇朝的第一代组织构架。
两人討论之后认为，相比传统的军事將领而言，朱元璋的做事风格本来就更加类似於参谋，以往就是以参谋的方式来实施战略部署的。
经常把一场战役的相关情况，都事无巨细的谋划安排明白，然后让下面將领去拿著自己的安排，按部就班的去指挥作战。
他还能从无到有的训练高水平的军队，对不同类型的士兵需要达到什么能力，都有清晰明確的认知，对不同兵种在战场上要做到什么，也都一清二楚，
所以朱元璋指挥的那些战斗，才给人一种平平无奇的感觉，好像都是士兵衝上去就直接贏了，
实际上是因为他提前做好了全面的安排。
朱元璋自己其实就是“大明总参谋长”。
所以现在建设参谋系统，培养参谋人员的方向，就是让朱元璋自己带徒弟。
在这个过程中，把各种军事细节標准化、明確下来。
但是，一批人只教导军事培训、战斗安排、战略规划的相关能力。
另外选一批將领，只培养他们的军事指挥能力。
朱元璋以往也会言传身教的带徒弟，但是在人选上其实颇为谨慎。
就算是普通技术，也会有教会徒弟坑死师父的事情本，更何况最敏感的军事。
朱元璋以往不会將自己的能力完全传授给其他人。
只有朱文正、李文忠、沐英、朱、朱棣这些亲人，能得到比较多的传授。
其他人基本都只能在討论的时候学习。
作为这个时代最强的军事家，却完全没有留下一本兵书。
只在一些具体的詔令中留下了一鳞半爪。
现在朱桓的提醒让他把参谋和指挥分开，朱元璋倒是可以稍微放开一点了。
武官的事情討论了差不多了，朱元璋又諮询文官方面的事情。
朱元璋本来理所当然觉得，现在大明既然正式成立了，那中书省的六部也理所当然的应该建立起来了。
大明建立之前，吴国並没有正式的六部，只有事实上的户、礼、刑、工四部，而且官方称呼是钱穀、礼仪、刑名、营造。
这时候的大明，还没有正式的更部和兵部，
对应吏部的事务是吴王朱元璋直接管理的，兵部事情则全在大都督府。
显然如果设立吏部，而且授予吏部实际职权，就等於皇帝放权给丞相了。
歷史上的朱元璋，本来没有觉得这有什么问题，属於歷史惯性。
（请记住101网站，观看最快的章节更新）
现在跟朱桓交流的多了，有了要废除丞相的想法，已经著手限制丞相权力了。
这时候再去给丞相放权，那就属於自找麻烦了。
朱桓此前建议的財部和税部的问题也类似，若是放在中书省就是给丞相职权，拆出来就是削弱丞相的权力。
最关键的是兵部的安排，大部分人都理所当然觉得，应该让兵部掌管调兵权，大都督府掌管统兵权。
若是直接废除中书省和丞相，皇帝直接管理六部，这样似乎非常合理。
但现在还不能废丞相。
朱元璋不想把调兵权放到丞相掌管的中书省。
若不准备废除丞相，只是准备限制相权，那可以学宋朝搞分权，
但朱元璋又准备最终废除丞相若是不设兵部、吏部，那传统六部有缺，给人一种名不正、言不顺的感觉。
朱元璋跟朱桓討论许久，最终决定把相应职权拆分开来。
正常设立六部，但是只给部分职权。
兵部有其名而无其实，只负责驛传等边沿事务，吏部只负责府州县官员调派。
另外设立专门的衙门，专管皇帝认为应该自己直接掌管的权力。
两人的討论，一直秩序到了洪武元年二月初。
朱元璋有了总体的规划后，开始正式开始整顿文武官僚系统。
首先是最重要的军权。
由於天下尚未真正平定，大规模对外战爭可能还要持续多年。
为確保事权统一明確，当下暂不拆分大都督府，
但是稍微调整五军都督府的组成。
废大都督职，將左、右都督提升为正一品，各一人。
命朱文正为左都督，胡大海为右都督。
然后將同知都督改为“左、右都督同知”，提升为从一品，各一人。
將金事都督改为“都督金事”，提升为正二品，不定额。
同时在地方普遍设立“都指挥使司”。
都司设正二品都指挥使一人，从二品都指挥同知二人，正三品都指挥金事四人。
各地尚未改制的所有“元帅府”、“军民元帅府”统一改为“卫”。
元帅府元师改称指挥使，副元师改称指挥同知。
然后单独设立大参军府。
下设参军司、军令司、军情司、军需司、军械司、军法司、军选司。 最终成立的这个大参军府，不只是准备用来筹备参谋制度了，而是变成了一个事实上的加强版兵部。
权力范围比本来应该出现的兵部更大，因为把大都督府的部分权力归拢进来了。
大参军府本府，设正一品左右参军各一人，从一品左右同参各一人。
李文忠担任左总参军，冯胜担任右总参军。
大参军府下属的参军司，才是最初规划的总参谋部，
参军司设正、从一品御前参军不定额、正、从二品御前参谋不定额，正、从三品参赞不定额，
正、从四品赞划不定额。
参军司负责军事参谋和战略谋划，配合皇帝完善参谋制度。
逐级確定各级参谋军官的职责与要求，培养和训练中下级参谋军官。
逐级组建都督府、都司、卫、所四级参谋军官系统。
朱元璋將御前参军和御前参谋的位置都先空置，然后调派一批较为年轻的中层勛贵军官担任参赞和赞划，实际上就是给朱元璋当学生。
军令司，部门机构最小，品级也最低，但却最为接近皇帝。
只设正五品军令使五人，按照皇帝旨意擬定军令，下发大都督府。
军法司接管大都督的断事官负责的军纪纠察、军法刑狱。
设正五品断事官五人，正七品纠察官不定额。
而军需司、军械司、军选司则本来应该是兵部机构。
设正三品军需使、军械使、军选使各一人，正四品副使各二人。
军情司则以原有军事情报机构为主，融合了兵部和大都督的部分职责。
设正三品军情使一人，正四品副使二人。
朱元璋对大都督府的直接调整很小，参谋制度现在也只是酝酿筹备阶段。
最大的军事改革，反而是大参军府的其他机构，特別是军令司。
单独设立五个正五品的低级军令使，完全按照皇帝的个人的命令擬定军令。
这样就將调兵权完全独立出来，公开明確的掌握在皇帝手中。
大都督府和中书省都不再干涉调兵权。
对於太平年代的皇帝而言，调整调兵权的难度高到逆天。
对於现在的朱元璋而言，这就是一句话的问题。
调兵权以前名义上由中书省和大都督府共掌，实际上朱元璋自己直接控制。
朱元璋隨时可以换个方法掌控，
歷史上的朱元璋，会在登基后將调兵权划给兵部。
朱元璋在的时候当然没问题，调兵放在什么地方都属於朱元璋。
但朱元璋去世之后，后世皇帝就不好把握了。
现在算是加了一个保险。
至於大都督府，始终都只是个统兵衙门。
主要职责，其实就是建设卫所和练兵，並不直接指挥作战。
明朝领军作战的將领们，通常不担任都督府实职，基本都只是掛衔寄禄。
朱元璋会擬定好作战计划，从大都督调派一批军队，交给一个勛贵指挥，让对方按照自己的计划去落实。
朱文正作为大都督府的正堂官大都督，若要率军出征也得有朱元璋军令，朱文正自己同样调不动一个兵。
在太平时期，普通勛贵其实没有常任官职，自然也不能管辖任何一个官兵。
甚至大部分普通勛贵，都没有“参国军事”权。
就是说，朱元璋擬定战略的时候，他们直接没有发言权。
朱元璋安排好了活儿，他们带著军队去做，回来就要马上交军权。
明初军队是朱元璋自己掌控，中后期意外实现了“国家化”。
歷史上李善长问汤和借兵三百修园子，虽然人数和做的事情都不严重，但性质上却非常的恶劣。
这就属於不上称没有三两重，上称了一千斤都打不住的那种。
这违背了朱元璋制定的军事制度，马上就被汤和捅给了朱元璋，结果成了朱元璋处置李善长的导火索。
朱元璋微调大都督府，正式设立大参军府之后，便免除勛贵的中书省官职。
將他们调入大都督府和大参军府任职。
少部分担任实职，开始主持两大部门工作，大部分掛衔寄禄。
文官方面，设选举司、財政府、税务司、市舶司。
主官皆正三品，佐贰官皆正四品。
选举司掌管中书省以外官员栓选，中书省和地方从四品以上官员栓选。
这种选举司可以算是“上更部”了。
选举的本意就是选拔、举荐官员，这个词在现代发生了含义偏移。
朱元璋和朱桓並不是要搞现代的投票选举。
最后设立翰林院，以儒学提举司为基础设立，掌管詔令、经典、史籍、学校。
儒学提举宋濂改任翰林院判，秩正三品。
下设大学士、学士、侍读、侍讲、修撰、编修、教育官职。
以上这些衙门，全都不隶属於中书省和丞相，都由皇帝本人亲自掌管。