李时珍说：自陶弘景以来，唐代、宋代各代本草着作所引用的医书共计八十四家，其中以唐慎微的引用贡献最为突出。如今我编撰此书所引用的资料，除旧有典籍外，总计新增二百七十七家。
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷一“序例”引阴阳理论，卷三“百病主治”
《本草纲目》引用：卷十五“艾叶”
《本草纲目》引用：卷十八“菟丝子”
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”
《本草纲目》引用：卷二十九“杏”
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷十四“当归”
《本草纲目》引用：卷四十三“虻虫”
《本草纲目》引用：卷二十六“葱”
《本草纲目》引用：卷十七“曼陀罗花”
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷三十五“桂枝”
《本草纲目》引用：卷三十四“苏合香”
《本草纲目》引用：卷三十九“蜂蜜”
《本草纲目》引用：卷四十八“鸡”
《本草纲目》引用：卷十六“地黄”
《本草纲目》引用：卷十四“芍药”
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷二十五“黄连”
《本草纲目》引用：卷十三“黄芪”
《本草纲目》引用：卷十二“人参”
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”条引治妇人漏下方）。
《本草纲目》引用：散见多卷（如卷二十六“大蒜”条引治霍乱方）。
《本草纲目》引用：卷三十二“蜀椒”条引论饮食禁忌。
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷十五“艾叶”条引灸法配方）。
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”条引养生方论。
《本草纲目》引用：卷十七“附子”条引治风痹方。
《本草纲目》引用：卷十八“何首乌”条引乌发方。
《本草纲目》引用：卷十二“人参”条引补益方。
《本草纲目》引用：卷二十九“杏”条引止咳方。
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”条引小儿疳积方。
《本草纲目》引用：卷三十九“蜂蜜”条引治烫伤方。
《本草纲目》引用：卷二十五“豉”条引伤寒方。
《本草纲目》引用：卷二十八“冬瓜”条引减肥方。
《本草纲目》引用：卷三十七“茯苓”条引治水肿方。
《本草纲目》引用：卷十六“黄连”条引治痢疾方。
《本草纲目》引用：卷三十四“龙脑香”条引宫廷香疗方。
《本草纲目》引用：卷二十一“菖蒲”条引辟秽方。
《本草纲目》引用：卷十五“黄芪”条引痈疽疮疡方。
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”妇人百病方）
《本草纲目》引用：卷三“百病主治药”
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷十五“艾叶”
《本草纲目》引用：卷五十二“人部”
《本草纲目》引用：卷二十六“蒜”
《本草纲目》引用：卷十七“附子”
《本草纲目》引用：卷十二“人参”
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”
《本草纲目》引用：卷十六“地黄”
《本草纲目》引用：卷十八“木瓜”
《本草纲目》引用：卷二十五“酒”
《本草纲目》引用：卷二十九“桃”
《本草纲目》引用：卷三十九“蜂蜜”
《本草纲目》引用：卷十三“柴胡”
《本草纲目》引用：卷三十二“胡椒”
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”
《本草纲目》引用：卷十五“麻黄”
《本草纲目》引用：卷十一“食盐”
《本草纲目》引用：卷十四“芍药”
《本草纲目》引用：卷十二“黄芩”
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十五“艾”
《本草纲目》引用：卷十四“当归”
《本草纲目》引用：卷九“滑石”
《本草纲目》引用：卷二十六“薤”
《本草纲目》引用：卷十七“附子”
《本草纲目》引用：卷十二“黄精”
《本草纲目》引用：卷十八“牵牛子”
《本草纲目》引用：卷三十“橘”
《本草纲目》引用：卷三十五“槐”
《本草纲目》引用：卷二十九“杏”
《本草纲目》引用：卷十四“芎?”
《本草纲目》引用：卷二十五“酒”
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”
《本草纲目》引用：卷四十八“鸡”
《本草纲目》引用：卷四十六“贝子”
《本草纲目》引用：卷四十八“伏翼”
《本草纲目》引用：卷三十九“蜜”
《本草纲目》引用：卷四十一“蝉蜕”
《本草纲目》引用：卷十二“人参”
《本草纲目》引用：卷十八“菟丝子”
《本草纲目》引用：卷十八“何首乌”
《本草纲目》引用：卷十六“地黄”
《本草纲目》引用：卷三十三“莲藕”
《本草纲目》引用：卷十八“威灵仙”
《本草纲目》引用：卷九“石钟乳”
《本草纲目》引用：卷五十“牛”
《本草纲目》引用：卷五十“马”
上面所列的八十四个出处，原是古本中辑录的引据书目。
作者：传为黄帝，实为战国至汉初医家汇编
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷三“百病主治药”
《本草纲目》引用：卷十四“当归”
《本草纲目》引用：卷五十二“人部”
《本草纲目》引用：卷一“序例”
《本草纲目》引用：卷五十二“人部”
《本草纲目》引用：卷三十七“茯苓”
《本草纲目》引用：卷三“脉学”
《本草纲目》引用：卷二十九“伤寒”
《本草纲目》引用：卷四“治法”
《本草纲目》引用：卷十“针灸”
《本草纲目》引用：卷一“养生”
《本草纲目》引用：卷二“药性总论”
《本草纲目》引用：卷三“脉诀”
《本草纲目》引用：卷二十五“杂病”
《本草纲目》引用：卷四十八“服食”
《本草纲目》引用：卷十三“风病”
《本草纲目》引用：卷二十六“菜部”
《本草纲目》引用：卷五十二“人部”
《本草纲目》引用：卷十五“菊”
《本草纲目》引用：卷二十五“酒”
《本草纲目》引用：卷二十七“果部”
《本草纲目》引用：卷三十三“针灸”
《本草纲目》引用：卷二十八“食疗”
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷二十六引食疗方）
《本草纲目》引用：卷一引五运六病之说
《本草纲目》引用：卷三百病主治药引风热证治
《本草纲目》引用：卷三十二条引养生方
《本草纲目》引用：卷一引药物配伍法
《本草纲目》引用：卷十四条引剂量考订
《本草纲目》引用：卷十二条引临证用药
作者：托名土宿真君（实为明以前道教佚书）
《本草纲目》引用：卷八条引炼丹理论
《本草纲目》引用：卷十五条引杂症验方
《本草纲目》引用：卷一引历代医家事迹
《本草纲目》引用：卷三伤寒热病引汗吐下三法
《本草纲目》引用：卷一脏腑虚实标本用药式
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷一“序例”
《本草纲目》引用：卷三“百病主治药”
《本草纲目》引用：卷十七“附子”
《本草纲目》引用：卷十四“当归”
《本草纲目》引用：卷十一“黄芩”
《本草纲目》引用：卷十二“人参”
《本草纲目》引用：卷三十“橘皮”
《本草纲目》引用：卷八“铅丹”
《本草纲目》引用：卷二十六“大蒜”
《本草纲目》引用：卷一“序例”
《本草纲目》引用：卷十五“麻黄”
《本草纲目》引用：卷三“伤寒热病”
《本草纲目》引用：卷十七“乌头”
《本草纲目》引用：卷十二“黄芪”
《本草纲目》引用：卷五十二“人部”
《本草纲目》引用：卷一“序例”
《本草纲目》引用：卷十八“郁金”
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”
《本草纲目》引用：卷三“痰饮”
《本草纲目》引用：卷十一“黄连”
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷三“百病主治药”
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷十四“芳草类”
《本草纲目》引用：卷十五“隰草类”
《本草纲目》引用：多卷引用（如卷九“石部”引局方“紫雪丹”
《本草纲目》引用：卷十一“金石部”引三因论“大陷胸汤”
《本草纲目》引用：卷二十六“菜部”
《本草纲目》引用：卷三十七“木部”
《本草纲目》引用：卷十七“毒草类”
《本草纲目》引用：卷二十九“果部”
《本草纲目》引用：卷十二“山草类”
《本草纲目》引用：卷七“土部”伏龙肝止呕
《本草纲目》引用：卷三十四“木部”
《本草纲目》引用：卷八“金石部”
《本草纲目》引用：卷二十五“谷部”
《本草纲目》引用：卷十四“芳草类”
《本草纲目》引用：卷十三“草部”
《本草纲目》引用：卷十六“隰草类”
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”妇人百病方）
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”胃冷久呃方
《本草纲目》引用：卷十七“附子”阴毒伤寒方
《本草纲目》引用：卷十五“菊”风热头痛方
《本草纲目》引用：卷十二“人参”
《本草纲目》引用：卷一“序例”
《本草纲目》引用：卷十八“菟丝子”
《本草纲目》引用：卷三十一“槟榔”
《本草纲目》引用：卷十三“山豆根”
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷五十“豕”
《本草纲目》引用：卷三“百病主治药”
《本草纲目》引用：卷四十六“牡蛎”
《本草纲目》引用：卷二十九“桃”狂犬咬伤方
《本草纲目》引用：卷十九“茯苓”
《本草纲目》引用：卷十四“木香”气滞腹痛方
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷三“百病主治药”
《本草纲目》引用：卷十四“当归”
《本草纲目》引用：卷十二“人参”
《本草纲目》引用：卷三十“枇杷”
《本草纲目》引用：卷五十二“人部”
《本草纲目》引用：卷十六“地黄”
《本草纲目》引用：卷二十六“韭”
作者：待考（疑为元代医书，作者佚名）
《本草纲目》引用：卷十七“大黄”
《本草纲目》引用：卷十八“五味子”
《本草纲目》引用：卷十九“茯苓”
《本草纲目》引用：卷二十“茵陈蒿”
《本草纲目》引用：卷二十一“香附”
《本草纲目》引用：卷一“序例”
《本草纲目》引用：卷二十二“小麦”
作者：待考（疑为元代医书，作者佚名）
《本草纲目》引用：卷二十五“酒”
《本草纲目》引用：卷二十七“蒲公英”
《本草纲目》引用：卷二十八“冬瓜”
《本草纲目》引用：卷二十九“桃”
《本草纲目》引用：卷三十一“荔枝”
《本草纲目》引用：卷三十二“胡椒”
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”妇人百病方）
《本草纲目》引用：卷十二“人参”
《本草纲目》引用：卷二十六“蒜”
《本草纲目》引用：卷三十“枇杷”
《本草纲目》引用：卷十五“艾”
《本草纲目》引用：卷十八“牵牛子”
《本草纲目》引用：卷三“伤寒”
《本草纲目》引用：卷三十五“巴豆”
《本草纲目》引用：卷十九“茯苓”
《本草纲目》引用：卷二十九“桃”
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”
《本草纲目》引用：卷十一“玄参”
《本草纲目》引用：卷十七“大黄”
《本草纲目》引用：卷十四“芍药”
《本草纲目》引用：卷十三“黄连”
《本草纲目》引用：卷十六“地黄”
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”
《本草纲目》引用：自引案例散见各卷（如卷五十“豕”
《本草纲目》引用：卷二十八“冬瓜”
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”条引本方治妇人百病）。
《本草纲目》引用：如卷三十五“槐实”条引治痔疮方。
《本草纲目》引用：如卷十七“附子”条引治中风瘫痪方。
《本草纲目》引用：如卷三十九“五倍子”条引治泻痢方。
《本草纲目》引用：如卷十二“人参”条引治虚劳方。
《本草纲目》引用：如卷三十六“枸杞”条引治目疾方。
《本草纲目》引用：如卷十八“牵牛子”条引治水肿方。
《本草纲目》引用：如卷二十六“生姜”条引治呕吐方。
《本草纲目》引用：如卷三十三“甘蔗”条引治发热烦渴方。
《本草纲目》引用：如卷二十三“大麦”条引治食滞方。
《本草纲目》引用：如卷十四“香附”条引治气郁方。
《本草纲目》引用：如卷三十七“茯苓”条引治心悸方。
《本草纲目》引用：如卷二十五“醋”条引治痈肿方。
《本草纲目》引用：如卷三十二“蜀椒”条引治虫痛方。
《本草纲目》引用：如卷二十八“冬瓜”条引治消渴方。
《本草纲目》引用：如卷十五“艾叶”条引灸法方。
《本草纲目》引用：如卷二十九“桃仁”条引治跌扑方。
《本草纲目》引用：如卷三十四“樟脑”条引治疥癣方。
《本草纲目》引用：如卷十六“地黄”条引治血证方。
《本草纲目》引用：如卷十一“食盐”条引治霍乱方。
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”方治妇人百病）
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”霞论香药用法
《本草纲目》引用：卷九“灵砂”奇方治虚寒久痢
《本草纲目》引用：卷三十五“巴豆”
《本草纲目》引用：卷十一“朴消”
《本草纲目》引用：卷十七“附子”居方治中风
《本草纲目》引用：卷十六“地黄”
《本草纲目》引用：卷十二“人参”
《本草纲目》引用：卷十八“牵牛子”翁方治水肿
《本草纲目》引用：卷一“序例”
《本草纲目》引用：卷三十七“茯苓”
《本草纲目》引用：卷十九“泽泻”
《本草纲目》引用：卷二十六“蒜”
《本草纲目》引用：卷二十七“苋”
《本草纲目》引用：卷十五“艾”
《本草纲目》引用：卷五十“牛黄”
《本草纲目》引用：卷四十八“鸡”编治小儿疳积
《本草纲目》引用：卷二十一“菖蒲”人方治健忘
《本草纲目》引用：卷三十九“五倍子”益方治怪疾
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“芳草类·藿香”
《本草纲目》引用：卷三“百病主治药”
作者：待考（明代医书，或为养生类着作）
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷五“水部”引其论药用水法）。
《本草纲目》引用：卷十四“芳草类”引其治风疾方。
《本草纲目》引用：卷三十“果部”引其食疗方。
作者：待考（疑为宋代王贶《全生指迷方》别称，或另一王氏医家）
《本草纲目》引用：卷三“百病主治药”引其治疮疡方。
《本草纲目》引用：卷十二“山草类”引其论人参用法。
《本草纲目》引用：卷十六“隰草类”引其治痢疾方。
《本草纲目》引用：散见多卷（如卷一“序例”引其药物分类法）。
作者：待考（或为元代医家杨士瀛别称，字登父，号仁斋）
《本草纲目》引用：卷二十六“菜部”引其食疗方。
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷十七“毒草类”引乌头汤方）。
《本草纲目》引用：卷十八“蔓草类”引其治痈疽方。
《本草纲目》引用：卷二十一“草部”引其论草药采集。
《本草纲目》引用：卷二十八“菜部”引其养生方。
《本草纲目》引用：卷二十九“果部”引其论食疗。
作者：待考（专治黄疸病方书，或为宋元时期作品）
《本草纲目》引用：卷三“黄疸门”引其治黄方剂。
《本草纲目》引用：卷十五“隰草类”引其治肺痨方。
《本草纲目》引用：卷五十“兽部”引其论獭肝治痨。
作者：待考（道教医方，或为唐代作品）
《本草纲目》引用：卷十二“山草类”引其治虚劳方。
《本草纲目》引用：广泛引用伤寒论内容（如卷四“伤寒热病”）。
《本草纲目》引用：卷十五“隰草类”引其伤寒方解。
《本草纲目》引用：卷十三“山草类”引其论麻黄用法。
《本草纲目》引用：卷八“金石部”引其论丹药配伍。
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷三“百病主治药”
《本草纲目》引用：卷五“伤寒热病”
《本草纲目》引用：卷十七“伤寒”
《本草纲目》引用：卷十三“伤寒”
《本草纲目》引用：卷十五“伤寒”
《本草纲目》引用：卷四“妇人经水”
《本草纲目》引用：卷五十二“妇人”
《本草纲目》引用：卷四十八“妇人”
《本草纲目》引用：卷十四“妇人”
《本草纲目》引用：卷五十二“妇人”
作者：待考（或为托名孙思邈《千金方》妇科篇）
《本草纲目》引用：卷五十一“妇人”
《本草纲目》引用：卷五十二“产难”
《本草纲目》引用：卷五十“小儿”
《本草纲目》引用：卷四十九“妇人”
《本草纲目》引用：卷五十二“小儿”
《本草纲目》引用：卷五十“小儿”
《本草纲目》引用：卷五十一“小儿”
《本草纲目》引用：卷四十一“痘疹”
《本草纲目》引用：卷五十“小儿”
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷四“小儿惊痫”
《本草纲目》引用：卷十四“薄荷”
《本草纲目》引用：卷三十八“尿桶”
《本草纲目》引用：卷五十二“初生脐带”
《本草纲目》引用：卷三十九“蜂蜜”
《本草纲目》引用：卷四十八“鸡”
《本草纲目》引用：卷十七“大黄”
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”
《本草纲目》引用：卷十五“茵陈蒿”注：两书内容可能合并引用）
《本草纲目》引用：卷五十“羊”
《本草纲目》引用：卷二十九“杏”
《本草纲目》引用：卷二十六“蒜”
《本草纲目》引用：卷三十五“皂荚”
《本草纲目》引用：卷三十七“茯苓”
《本草纲目》引用：未明确标注（或散见佚文）
《本草纲目》引用：卷四“痘疹”
《本草纲目》引用：卷四“痘疹”
《本草纲目》引用：散见痘疹相关章节（如卷四“百病主治药·痘疮”引用药方）。
《本草纲目》引用：同见于痘疹治疗部分（如卷三十七“痘疹门”参考其辨证方法）。
《本草纲目》引用：卷四“百病主治药·小儿初生”提及痘疹理论。
《本草纲目》引用：卷四“痘疹”篇引用其辨证分型。
《本草纲目》引用：散见小儿痘疹用药（如卷十五“菊”条附方）。
《本草纲目》引用：卷五十“痈疽”门多引其方论（如“黄芪”条下治痈方）。
《本草纲目》引用：卷三十四“外科诸证”引用其辨证经验。
《本草纲目》引用：散见卷十二“人参”条等外科补益方。
《本草纲目》引用：卷十七“大黄”条引其治痈疽方。
《本草纲目》引用：卷二十六“当归”条引其治疮疡方。
《本草纲目》引用：卷十四“白芷”条引其消肿方。
《本草纲目》引用：卷十八“忍冬”条引其治痈疽秘方。
《本草纲目》引用：卷十五“蒲公英”条引其消痈方。
《本草纲目》引用：卷三十六“五加皮”条引其外敷方。
《本草纲目》引用：卷六“眼目”门多引其针法（如“决明子”条）。
《本草纲目》引用：卷四十三“蛇蜕”条引其治翳膜方。
《本草纲目》引用：卷四十六“眼目”门详引其病机论述。
《本草纲目》引用：卷十二“菊花”条引其洗眼方。
《本草纲目》引用：卷六“目赤”条引其清热方。
《本草纲目》引用：卷九“针灸”门提及针法。
《本草纲目》引用：卷三十“喉痹”门引其漱口方。
上面所列的二百七十七家，是李时珍引用的内容。