距混沌主宰残魂遁走已过百年，三域备战进入千年倒计时的关键阶段。望雪城的三域传承学院内，数千名年轻修士正围绕着净化圣莲的分身修炼，莲瓣散发的金色灵光滋养着他们的灵根，同时冲刷着潜藏的暗影余孽。林风如今已是帝境中期修士，身着赵毅炼制的帝境净化甲，手持混沌短剑，立于演武场中央，指导年轻修士运转《暗影克制诀》：“运转灵力时需贴合莲光，让净化之力渗入经脉，方能彻底清除暗影余邪，避免被混沌主宰的残魂气息侵染！”
话音未落，学院外突然传来急促的警报声，一名守护修士手持探禁玉牌狂奔而来，玉牌上泛着黑色纹路，气息紊乱：“林统领！灵境南部的碧霞岭灵脉出现异常，探禁玉牌检测到强烈的暗影波动，当地修士疑似被不明邪力控制，正疯狂破坏灵脉节点！”林风脸色骤变，立刻召集三十名年轻帝境修士，带领灵犀兽小队，乘坐飞舟直奔碧霞岭。
抵达碧霞岭时，只见灵脉周围的修士双目赤红，周身萦绕着淡黑色邪力，手持法器疯狂劈砍灵脉柱，柱身的灵光已黯淡大半，黑色纹路如蛛网般缠绕其上。“是暗影印记！混沌主宰残魂留下的邪力印记，能操控修士的心智！”林风一眼识破症结，挥手催动净化圣莲分身，金色灵光铺展而下，被印记控制的修士接触到灵光后，发出凄厉嘶吼，身体剧烈抽搐，黑色印记从眉心溢出，却并未消散，反而钻入地下，朝着灵脉深处蔓延。
“苏沐，你带领十人用星辰之力封锁灵脉外围，防止印记扩散；陈炎，你带十人救治受伤修士，喂食暗影净化丹；我去灵脉深处探查印记源头！”林风下令，纵身跃入灵脉洞穴。洞穴内，黑色邪力浓郁如雾，一枚泛着幽光的黑色晶石嵌在灵脉核心，晶石周围的暗影印记不断蠕动，顺着灵脉纹路扩散。“混沌主宰的残魂竟在灵脉中埋下暗影晶，用晶核滋养印记！”林风眼中闪过怒意，挥动混沌短剑，金色剑气劈向暗影晶，却被晶核爆发的邪力挡住，剑气消散于无形。
望雪城城主府内，林砚正与凌月、萧珩查看三域灵脉监测图谱，图谱上碧霞岭、黑风岭等十余处灵脉节点同时亮起红光，暗影波动连成一片。“不好！混沌主宰的残魂在暗中布局，用暗影晶污染灵脉，若不及时清除，千年后他归来时，可借灵脉中的暗影之力重铸灭世阵！”萧珩脸色凝重，手中阵盘转动，试图用混沌守护阵压制暗影波动，却发现波动源头深植灵脉核心，阵法之力难以渗透。
“赵毅，你立刻炼制高阶暗影净化符与净化灵佩，送往各灵脉节点，暂时压制印记扩散；凌月，你带领二十名帝境修士，驰援碧霞岭协助林风；我与萧珩前往落霞谷遗迹，询问玄龟兽是否知晓清除暗影印记的方法！”林砚当机立断，手中混沌之心亮起，帝境中期巅峰的气息席卷全场，与萧珩一同前往落霞谷。
落霞谷遗迹前，玄龟兽得知暗影印记扩散的消息后，龟壳上的符文剧烈闪烁：“暗影晶是混沌主宰用自身残魂与域外暗影碎片炼制而成，普通净化之力无法彻底摧毁，唯有上古混沌战队留下的‘净化秘宝’才能根除。秘宝藏在灵境西部的‘混沌荒墟’中，那是上古战队与暗影族激战的战场，如今被暗影余孽占据，由一头暗影巨熊守护，巨熊的修为达帝境中期，且被暗影晶强化，战力极强。”
玄龟兽取出一枚上古玉简，递给林砚：“这是荒墟的地图，上面标注着秘宝‘混沌净化珠’的位置。净化珠需用混沌之心的本源之力催动，可释放全域净化灵光，一次性清除所有灵脉中的暗影印记，但使用后会消耗大量本源之力，需闭关百年才能恢复。另外，荒墟深处藏着上古战队的混沌碎片库，若被混沌主宰的残魂抢先夺得碎片，他可快速恢复战力，提前归来！”
林砚接过玉简，与萧珩即刻动身前往混沌荒墟。与此同时，碧霞岭战场，凌月带领帝境修士驰援后，与林风的小队汇合，组成净化阵。凌月挥动星穹玉钥，星辰之力与净化莲光交织，形成双色光柱，射向灵脉核心的暗影晶。暗影晶剧烈震动，黑色邪力暴涨，竟凝聚成一道暗影分身，修为达帝境初期，朝着众人扑来：“休想破坏主宰大人的布局！今日便让你们葬身在碧霞岭！”
“邪祟休狂！”林风纵身跃出，混沌短剑注入净化之力，金色剑气劈向暗影分身。分身挥动邪刃抵挡，却被剑气击中，身体逐渐透明。凌月趁机射出星光锁链，缠住分身的四肢，帝境修士们一同催动净化阵，光柱暴涨，将分身彻底净化。随后，众人合力挖出暗影晶，凌月用星辰之力暂时封印晶核，防止邪力外泄：“暗影晶需用混沌净化珠才能彻底摧毁，我们先将晶核送往望雪城封存，再支援林砚领袖前往混沌荒墟！”
混沌荒墟中，黄沙漫天，地面上布满了上古战场的残骸，黑色邪力与淡金色的净化余韵交织，空气弥漫着刺鼻的血腥味。林砚与萧珩刚踏入荒墟，便遭遇了数百名暗影余孽，这些余孽皆是被暗影晶控制的域外修士，修为从飞升境到圣境不等，手持噬魂刃，疯狂冲来。“萧珩，你布下探禁净化阵，牵制暗影余孽；我去寻找净化珠的位置！”林砚高声下令，挥动弑魔剑，金色剑气劈出，斩杀数名暗影余孽，朝着荒墟深处疾驰而去。
荒墟核心的净化神殿前，一头高达十丈的暗影巨熊正匍匐在殿门前，熊爪上缠绕着黑色邪力，眉心嵌着一枚小型暗影晶，帝境中期的气息席卷全场。“外来者，竟敢闯入主宰大人的禁地，找死！”暗影巨熊怒吼一声，纵身跃起，熊爪带着邪力拍向林砚。林砚挥动弑魔剑，剑气挡住熊爪，却被震得连连后退，胸口气血翻涌。“被暗影晶强化后的战力，竟比普通帝境中期修士还要强劲！”林砚心中一凛，将混沌之心的本源之力注入剑身，剑气暴涨，再次与巨熊激战。
萧珩此时布好探禁净化阵，金色灵光铺展而下，暗影余孽被阵法困住，发出凄厉嘶吼，身体逐渐被净化。萧珩趁机催动阵法，一道灵光光柱射向暗影巨熊的后背，巨熊吃痛，怒吼一声，转身扑向萧珩。林砚趁机纵身跃起，混沌短剑刺向巨熊眉心的暗影晶，晶核被刺穿，黑色邪力瞬间溃散，巨熊发出一声哀嚎，身体逐渐恢复正常，倒在地上失去生机。
两人走进净化神殿，殿内的石台上悬浮着一枚泛着金色灵光的圆珠，正是混沌净化珠，圆珠周围萦绕着纯粹的净化之力，殿壁上刻着上古文字，记载着净化珠的用法与混沌碎片库的位置。“混沌碎片库在神殿地下，藏着上古混沌战队收集的混沌碎片，若能集齐碎片，可炼制出混沌帝器，大幅提升防御阵的威力，还能克制混沌主宰的残魂！”萧珩解读着文字，眼中闪过欣喜。
两人进入地下碎片库，库中整齐排列着数百枚混沌碎片，每一枚都泛着淡淡的灵光，蕴含着纯粹的混沌本源之力。林砚正准备收集碎片，库中突然传来一阵阴笑，一道黑色身影从阴影中走出，正是混沌主宰的残魂化身，修为达帝境中期巅峰：“林砚，多谢你帮本主清除暗影巨熊，这些混沌碎片，本主就笑纳了！”
“混沌主宰！你竟敢现身！”林砚眼中闪过杀意，挥动弑魔剑，金色剑气射向残魂化身。残魂化身挥动邪力，挡住剑气，同时伸手抓取混沌碎片：“本主只需集齐这些碎片，便可重铸残魂，提前归来踏平三域！你们根本拦不住本主！”萧珩立刻布下探禁阵，将残魂化身困在阵中，灵光不断净化着残魂的邪力，残魂化身发出凄厉嘶吼，气息逐渐下降。
“休想拿走碎片！”林砚纵身跃入阵中，将混沌净化珠握在手中，注入混沌之心的本源之力。净化珠发出璀璨灵光，形成一道光柱射向残魂化身，残魂化身被光柱击中，身体逐渐透明，却在最后一刻，抓取了十枚混沌碎片，遁入地下：“林砚，本主会回来夺取剩余碎片与净化珠的！千年之约，本主将带着完整的力量，踏平三域！”
林砚收起混沌净化珠与剩余的混沌碎片，神色凝重：“混沌主宰的残魂已开始收集碎片，我们必须加快清理暗影印记的速度，同时收集散落三域的混沌碎片，绝不能让他提前恢复战力。”萧珩点头，将碎片库的碎片收好：“我可将这些碎片融入混沌守护阵，提升阵法的净化与防御能力，同时用碎片炼制混沌帝器，增强帝境修士的战力。”
返回望雪城后，林砚立刻召开三域议事会，将混沌净化珠、混沌碎片与暗影印记的危机摆在桌案上：“混沌主宰的残魂在暗中收集混沌碎片，试图提前恢复战力，我们必须分两步行动：一是用混沌净化珠清除所有灵脉中的暗影印记，建立全域净化体系；二是遍历三域，收集散落的混沌碎片，防止被残魂夺走，同时用碎片炼制混沌帝器与强化防御阵。”
赵毅说道：“我可以用混沌碎片与应龙精血，炼制‘混沌净化帝剑’，每柄剑都蕴含净化之力，可斩杀被暗影印记控制的修士，同时能配合净化珠释放全域净化灵光。另外，我还能炼制‘碎片聚灵佩’，佩戴后可感知周围的混沌碎片，方便修士们搜寻。”萧珩补充道：“我可将混沌净化珠与混沌守护阵融合，升级为‘全域净化守护阵’，自动检测并清除灵脉中的暗影印记，同时在三域各地布置碎片感知阵，实时监测碎片位置。”
凌月说道：“我与叶青羽带领帝境修士，分为十组，用混沌净化珠清除各灵脉的暗影印记；星澈与萧珩带领阵法修士，布置全域净化守护阵与碎片感知阵；赵毅带领炼器师，炼制混沌净化帝剑与碎片聚灵佩；林风与苏沐带领年轻修士，组成‘碎片搜寻队’，遍历三域搜寻散落的混沌碎片；林砚领袖则坐镇望雪城，统筹全局，同时闭关恢复使用净化珠消耗的本源之力。”
林砚点头，当即敲定计划：“明日便启动全域净化与碎片搜寻行动，务必在百年内清除所有暗影印记，收集完三域散落的混沌碎片。另外，建立‘碎片守护队’，由应龙带领圣兽守护收集到的碎片，防止被混沌主宰的残魂偷袭；三域传承学院开设‘碎片感知与净化课程’，培养更多擅长搜寻碎片与清除印记的修士，为千年后的终极对决储备力量。”
次日清晨，各路人马即刻行动。凌月与叶青羽带领帝境修士，手持混沌净化珠，前往各灵脉节点清除暗影印记。在黑风岭灵脉，两人催动净化珠，金色灵光铺展而下，灵脉中的暗影晶被灵光包裹，逐渐化为飞灰，黑色印记如潮水般涌出，被灵光彻底净化，灵脉柱的灵光重新变得璀璨，周围的草木恢复生机。被印记控制的修士清醒后，纷纷跪地谢恩，随后加入守护灵脉的队伍。
萧珩与星澈带领阵法修士，遍历三域布置全域净化守护阵。阵法以混沌净化珠为核心，混沌碎片为辅助，灵脉本源为能量供给，覆盖三域所有灵脉节点与传承学院，阵法启动后，金色灵光如天幕般笼罩三域，自动检测并清除暗影印记，同时感知周围的混沌碎片，将碎片位置实时传输至望雪城的监测阵盘。
赵毅则投入到混沌净化帝剑与碎片聚灵佩的炼制中。炼器坊中，混沌之心悬浮在炼器炉上方，本源之力注入炉中，混沌碎片、应龙精血与净化圣莲的花瓣一同放入炉内，火焰升腾，灵光与帝境之力交织。经过二十日二十夜的炼制，百柄混沌净化帝剑与千枚碎片聚灵佩终于炼成，帝剑泛着金色灵光，蕴含着磅礴的净化之力；聚灵佩则泛着淡蓝色灵光，可精准感知十里内的混沌碎片。
林风与苏沐带领的碎片搜寻队，佩戴着聚灵佩，遍历三域山川河流，搜寻散落的混沌碎片。在星穹域的极寒冰原，聚灵佩突然亮起，指引众人来到一处上古冰窟，窟内藏着五十枚混沌碎片，却被数十名暗影余孽守护，为首的暗影长老修为达帝境初期。“动手！清除暗影余孽，夺取碎片！”林风高声下令，年轻修士们手持混沌净化帝剑，运转《暗影克制诀》，朝着暗影余孽发起攻击。
暗影长老挥动邪器，黑色邪力凝聚成冰刃，射向众人。苏沐挥动星辰法杖，星辰之力凝聚成屏障，挡住冰刃，同时射出星光锁链，缠住暗影长老的四肢。林风纵身跃出，混沌净化帝剑注入净化之力，一道金色剑气射向暗影长老，长老被剑气击中，身体逐渐被净化，化为邪雾消散。年轻修士们趁机收集碎片，聚灵佩再次亮起，指引他们前往下一处碎片所在地。
途中，搜寻队遇到了一名名叫“陆衍”的少年修士，少年年仅十六岁，修为已达飞升境后期，擅长感知混沌波动，手中握着一枚祖传的混沌碎片，正被暗影余孽追杀。“快救他！”林风下令，带领小队冲上前，斩杀暗影余孽。陆衍跪地谢恩，举起手中的碎片：“这是我家族传承的混沌碎片，据说藏着上古混沌战队的秘讯，我想将它献给三域守护队，助力备战！”
林风接过碎片，发现碎片上刻着上古文字，与混沌荒墟碎片库的文字相似：“你天赋极高，且能感知混沌波动，不如加入碎片搜寻队，与我们一同搜寻碎片，守护三域！”陆衍眼中闪过坚定：“我愿意！我家族世代守护混沌碎片，就是为了抵御域外邪祟，我想继承家族的意志，为守护三域出一份力！”林风点头，将一枚碎片聚灵佩递给陆衍，让他加入小队，一同搜寻碎片。
百年时光转瞬即逝，全域净化行动已圆满完成，三域所有灵脉中的暗影印记被彻底清除，全域净化守护阵稳定运行，暗影余孽几乎被尽数清剿。碎片搜寻队遍历三域，共收集到五百枚混沌碎片，仅剩余数十枚碎片散落域外空间，被混沌主宰的残魂掌控。赵毅用收集到的碎片，炼制出百柄混沌净化帝剑与千枚碎片聚灵佩，帝境修士的战力大幅提升；萧珩则将碎片融入混沌守护阵，阵法升级为“混沌帝境净化阵”，可抵御帝境圆满的攻击，同时能释放全域净化灵光，克制暗影邪力。
三域传承学院培养出了上万名优秀修士，其中帝境修士达五百名，陆衍凭借着出色的混沌感知能力，成长为帝境初期修士，成为碎片搜寻队的副统领，与林风、苏沐并肩作战；陈炎则晋升为帝境中期，带领年轻修士守护灵脉节点，成为三域守护力量的中坚。应龙带领的圣兽守护队已扩充至五千只，混沌秘境、落霞谷与三域的联系愈发紧密，形成了“修士-圣兽”协同守护体系。
这一日，望雪城的监测阵盘突然亮起，域外空间传来强烈的混沌波动，混沌主宰的声音穿透空间，笼罩三域：“林砚，百年时光，本主已收集到足够的碎片，残魂即将恢复完整！千年之约已过半，五百年后，本主将带着帝境圆满的战力，降临三域，夺取混沌净化珠与剩余碎片，踏平你们的守护阵，将三域化为炼狱！”
林砚站在城楼上，手中握着混沌净化珠，眼中闪过坚定：“混沌主宰，五百年的备战，我们已做好万全准备！混沌帝境净化阵坚不可摧，五百名帝境修士与五千只圣兽严阵以待，你若敢来，我们必将让你魂飞魄散，永远守护三域的安宁！”说完，林砚带领众人注入灵力，加固混沌帝境净化阵，金色灵光冲天而起，笼罩三域，与域外的暗影波动形成鲜明对比。
三域议事会再次召开，林砚神色凝重：“混沌主宰的残魂即将恢复完整，五百年后便会降临三域，我们必须加快备战速度，做好终极对决的准备。接下来，我们要：其一，派修士前往域外空间，尝试夺取混沌主宰掌控的碎片，同时侦查他的备战情况；其二，用剩余的混沌碎片，炼制更多的混沌帝器与疗伤丹药，提升备战物资储备；其三，加强年轻修士的实战训练，组织修士与圣兽进行模拟对决，提升协同作战能力；其四，完善终极对决阵型，以混沌帝境净化阵为核心，帝境修士与圣兽组成联阵，形成全方位攻防体系；其五，传承混沌之心的守护意志，确立下一代守护领袖的选拔机制，确保守护信念代代相传。”
众人齐声应道，眼中闪烁着坚定的光芒。会后，三域的备战再次进入白热化阶段。叶青羽与星澈带领百名帝境修士，前往域外空间侦查与夺取碎片；赵毅带领炼器师与炼丹师，全力炼制混沌帝器与丹药；林风、苏沐与陆衍带领年轻修士，与圣兽进行模拟对决，实战能力不断提升；萧珩则优化混沌帝境净化阵，加入更多的混沌碎片，让阵法的威力再攀高峰；林砚则闭关修炼，冲击帝境后期，同时感悟混沌本源，为终极对决积蓄力量。
混沌秘境的本源神殿中，混沌之心的灵光与混沌净化珠的光芒相互呼应，灵犀兽与应龙匍匐在石台前，默默守护着混沌本源；落霞谷的上古遗迹前，玄龟兽带领圣兽们修炼，准备迎接五百年后的终极对决；望雪城的传承学院内，年轻修士们手持混沌净化帝剑，日夜修炼，眼中闪烁着炽热的光芒，他们已做好准备，接过前辈的旗帜，守护三域的安宁。
五百年的倒计时悄然开启，三域的天空一片澄澈，金色的净化灵光笼罩大地，灵脉中的本源之力蓬勃涌动，修士与圣兽们的气息日益强劲。但所有人都知道，平静的表象下，隐藏着巨大的危机，混沌主宰的阴影正在域外悄然凝聚，五百年后的终极对决，将决定三域的存亡。林砚站在城楼上，望着域外空间的方向，手中混沌之心亮起，坚定的信念在心中激荡：无论前路多么艰险，我们都将坚守守护之心，传承混沌战队的意志，用鲜血与勇气，斩杀混沌主宰，守护三域的永恒安宁！
而在遥远的域外混沌中，混沌主宰的残魂正吸收着混沌碎片的力量，身体逐渐凝聚完整，帝境圆满的气息不断攀升。他望着三域的方向，眼中闪过冰冷的杀意：“林砚，五百年后，本主将降临三域，踏平你们的守护阵，夺取混沌本源，让所有修士都成为本主的祭品！三域的毁灭，将由本主亲手开启！”暗影邪力在他周身涌动，预示着五百年后，一场关乎三域存亡的终极对决，即将拉开帷幕。