格物书院的医学院，设在清竹苑扩建后的东侧，与林薇薇主持的女子学堂相邻又相对独立。这里没有工坊的喧嚣与炉火，却另有一种混合着草药清苦、酒精微醺以及某种隐约腐败气味的独特氛围。自从显微镜揭示了水滴中游弋的“微虫”，以及云湛提出“细胞”作为生命基本单元的假说后，书院中对疾病成因的探究，便不再仅仅停留在风寒暑湿、阴阳失调的传统框架内。一种模糊却日益强烈的怀疑开始滋生：许多令人束手无策的溃烂、发热、乃至“时疫”，或许与那些肉眼难见的微小生灵有关。
这一方向的探究，主要由沈括兼领，他如今不仅是化学与显微镜研究的核心，也因兴趣和云湛的引导，涉足医理与“微虫”的关联研究。数年间，他和医学院的几位同窗（包括对医术兴趣浓厚的周慧，以及后来加入的、原女子学堂的优异学生），系统观察了创伤脓液、腐败物、乃至病患的某些分泌物，在显微镜下发现了形态各异、数量惊人的微生物。他们开始尝试记录不同病症与特定微生物形态的粗略关联，并设计简单的实验，测试常见药物（如酒、醋、某些煮沸的草药汁）对这些“微虫”的杀灭效果。效果时有时无，且往往在模拟的“体液中”大打折扣。
真正的转机，源自一次“失败的污染”。医学院一位负责培养某些常见霉菌（用于观察形态）的学徒，某日匆忙间将几块准备丢弃的、长满青绿色霉菌的馒头，与一些培养着化脓链球菌（他们根据形态暂命名）的琼脂（用鱼胶、肉汤等自制的简陋培养基）平板堆放在了一起。数日后清理时，沈括偶然发现，在那些青绿色霉菌生长区域的周围，原本应该茂密生长的链球菌菌落，竟然出现了一圈清晰的空白地带，仿佛被某种无形的力量抑制甚至清除了。
这个现象立刻引起了沈括的高度警觉。他重复了这个“偶然”的实验，将不同来源的青霉菌（从腐烂瓜果、陈年谷物上分离）移植到布满各种致病菌（他们已经能勉强分离培养少数几种）的平板上。结果并非每次都成功，但确实有几次，青霉菌周围出现了明显的抑菌圈。显微镜下观察，抑菌圈边缘的细菌形态萎缩、破碎。
“这青霉能克制‘脓菌’！”沈括难掩激动，立刻将这一发现报告给云湛和医学院的同仁。
云湛听闻，心中震动远甚于旁人。他强压着翻涌的情绪，指示沈括小组将此作为最高优先级的课题，并严格保密。他提供了关键的方向指引：“此青霉所产克制‘微虫’之物，或存在于其分泌之汁液中。须设法将其提取、纯化，并验证其对活体之疗效与毒性。过程须极度谨慎，步步为营。”
提取与纯化之路，其艰难不亚于寻找星纹钢配方，甚至更为微妙危险。他们首先需要大量培养青霉菌。试验了数十种培养基（主要是不同谷物、豆类的煮汁或浸泡液），才找到几种能让青霉菌生长较快且似乎产“有效物”较多的配方。培养在陶罐、瓷盘中进行，需要严格保持洁净（他们用煮沸和酒精擦拭来尽可能做到），避免其他杂菌污染。
最初的提取尝试简单粗暴：将长满青霉菌的培养基浸泡在清水或稀盐水中，然后过滤。得到的滤液确实在体外实验中表现出抑菌能力，但极其微弱，且不稳定，杂质极多。直接用于感染的小鼠（书院开始用小鼠做少量实验），效果微乎其微，有时反而因杂质引起不良甚至致命反应。
他们意识到必须纯化。然而，在这个没有现代化学分离技术的时代，这无异于大海捞针。沈括带领小组，运用书院已有的化学知识，尝试了沉淀法（加入不同物质使杂质或目标物沉淀）、吸附法（用木炭、黏土等吸附杂质）、分部萃取法（尝试用不同极性的溶剂，如酒精、乙醚的简陋替代品）……失败是常态。往往一步纯化操作后，活性物质损失殆尽，或者与更危险的杂质混在一起。
过程漫长而令人沮丧。记录本上写满了各种溶剂的配比、温度、ph值（用石蕊试纸的原始版本判断）的尝试，以及随之而来的、大多令人失望的抑菌圈测试结果。实验动物（小鼠）的死亡率很高，有的是感染致死，有的却是死于提取液的毒性。小组气氛一度低迷，有人开始怀疑这青霉菌的效用是否被夸大，或者其有效成分根本无法安全提取。
转折点出现在他们对发酵液酸碱性影响的系统研究上。在一次偶然调整培养液初始酸碱度后，他们发现某一特定弱酸环境下，青霉菌的代谢产物似乎有所不同，且后续用冷乙醇（经过反复蒸馏提纯）进行分步沉淀时，在某一特定的乙醇浓度和低温条件下，得到了一小撮极其微少的淡黄色粉末。溶解后，其体外抑菌活性，比最初的粗提液强了数十倍不止，且对实验小鼠的急性毒性测试显示，在较低剂量下相对安全。
他们小心翼翼地重复这个过程，优化每一步：发酵条件的控制（温度、通气、时间）、酸化工序、低温乙醇沉淀的浓度与温度梯度、以及最后用活性炭（特制）脱色和去除热原（他们尚不知此概念，但观察到某些杂质会引起发热反应）的步骤。一套极其原始、低效、但可重复的“提纯工艺”雏形，在无数次失败后，终于被摸索出来。
最终得到的产物，是一种略带黄色、易潮解、产量极低（数十升发酵液仅得数毫克）的粉末。沈括将其命名为“青霉抑素”。在确保相对无菌的条件下（煮沸器械、用酒精消毒操作区域），他们用最精细的天平称取微量粉末，溶解于严格灭菌的生理盐水（浓度概念）中。
第一次真正的活体疗效实验，对象是几只已经出现严重皮下脓肿、高热萎靡、几乎必死无疑的实验兔。沈括颤抖着手，用特制的细小针管（玻璃吹制，极其珍贵），将微量的“青霉抑素”溶液注射到病兔体内。另设几只同样病重的兔子不予治疗，作为对照。
等待的时间如此漫长。对照组的兔子在一天内相继死亡，剖检可见内脏布满脓疡。而接受注射的三只兔子，在注射后数小时，高热竟开始缓慢减退；次日，脓肿未见扩大，其中两只精神稍振；第三日，一只兔子因感染过重或药物剂量不足仍死亡，但另外两只竟然奇迹般地开始进食，脓肿逐渐局限、软化。最终，这两只兔子活了下来，伤口慢慢愈合。
当结果确凿无疑地呈现在眼前时，整个参与的研究小组鸦雀无声，随即爆发出压抑已久的、混合着狂喜、哽咽与难以置信的惊呼。周慧更是泪流满面，她亲眼见过太多因产褥热、外伤感染而痛苦死去的妇人，深知这微小粉末可能意味着什么。
消息严格控制在最小范围内。云湛亲自听取了汇报，查看了所有记录和存活的兔子。他沉默良久，才缓缓开口，声音带着不易察觉的颤抖：“此物……意义非凡。然其产量稀微，工艺粗陋，疗效与毒性之界限尚未完全探明，绝不可轻用。接下来，须做三件事：第一，不惜代价，优化发酵与提纯工艺，哪怕只提高一丝产量、一点纯度；第二，系统研究其在不同类型感染（他们已能勉强模拟几种）中的疗效，探索安全剂量与给药方式；第三，也是最紧要的——严格保密。此物若处置不当，或滥用，或泄露，皆可能酿成大祸。所有参与人员，须再立重誓。”
他看向沈括和周慧等人，目光深邃而凝重：“尔等所触碰的，或许是生灵存续之一线天机。务必如履薄冰，以仁心驾驭此力。首要之务，是救人，是完善。非到万不得已、确有把握且伦理无亏时，绝不可用于人体。书院医学院之存立与声誉，乃至无数生命之希望，皆系于此物之慎用。”
青霉素的微光，终于在古老的东方，于一个海边书院简陋的实验室里，极其微弱地亮起。它还很弱小，产量低得可怜，工艺远不成熟，前方有无数的科学、伦理与实践难题。但这道微光，确确实实地照亮了一条对抗无形死神的、前所未有的路径。格物致用的精神，在探索生命与健康的战场上，取得了第一场艰难而意义深远的、静默的胜利。这胜利的果实，虽小如芥子，却重若千钧，承载着跨越时代的智慧与对生命的无限敬畏。