明朝的官职体系在继承唐宋制度的基础上进行了重大改革，核心特点是废除丞相制，强化中央集权，形成了以六部为核心、内阁辅政、厂卫特务机构并行的独特体系。以下是其主要结构和重要官职的梳理：
直接对皇帝负责，分掌全国政务，每部设尚书（正二品）1人、侍郎（正三品）2人，下设司级机构（清吏司）。
- 分中、左、右、前、后五军，各设左右都督（正一品），掌管全国卫所军籍和训练，但无调兵权（调兵权归皇帝或兵部）。
- 与兵部分工：“兵部有出兵之令，无统兵之权；五军有统兵之权，无出兵之令”。
- 明宪宗设西厂（短期存在），明武宗设内行厂（刘瑾掌权时），均为宦官统领的特务机构，权力更大，后废除。
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- 特殊府：顺天府（北京）、应天府（南京），设府尹（正三品），地位高于一般知府。
- 文官：仙鹤（一品）、锦鸡（二品）、孔雀（三品）等；
- 武官：麒麟（一品）、狮子（二品）、豹子（三品）等。
这一体系初期有效加强了中央集权，但后期因皇帝怠政、内阁与宦官争权等问题，逐渐走向僵化和腐败。