拦截荷兰补给船的胜利，让郑军士气大振。林越趁热打铁，立刻召集将领们召开军事会议，商议进攻赤嵌楼的事宜。
中军大帐内，将领们围坐在地图旁，神情肃穆。林越指着地图上的赤嵌楼，说道：“各位将军，赤嵌楼是荷兰殖民者在台湾的重要据点，位于热兰遮城东南方向约三里处，地势险要，城墙坚固，配备了少量的火炮和士兵。虽然其防御力量不如热兰遮城，但如果我们能攻克赤嵌楼，就能对热兰遮城形成东西夹击之势，切断热兰遮城与外界的联系，进一步压缩荷兰人的生存空间。因此，攻克赤嵌楼，是我们收复台湾的关键一步。”
陆军提督甘辉说道：“王爷，赤嵌楼虽然规模不大，但城墙高达三丈，全部用砖石砌成，而且周围有护城河环绕，易守难攻。如果我们正面强攻，恐怕会损失惨重。”
林越点了点头，甘辉的担心很有道理。史料中记载，郑成功进攻赤嵌楼时，也曾遇到过很大的阻力，最终是通过长期围困，并切断赤嵌楼的水源，才迫使荷兰守军投降。但林越不想采用长期围困的方式，因为这样会消耗大量的时间和精力，而且可能会给热兰遮城的荷兰守军喘息的机会。
“甘将军所言极是，正面强攻确实不可取。” 林越说道，“我计划采用‘声东击西’的战术，先派一部分兵力在赤嵌楼正面佯攻，吸引荷兰守军的注意力，然后派另一部分兵力，从赤嵌楼侧面的密林中迂回过去，渡过护城河，登上城墙，发起突然袭击。另外，我还会让水师派出一部分战船，从赤嵌楼附近的海域发起进攻，配合陆军的行动。”
“王爷，这个战术好是好，但赤嵌楼侧面的密林中地形复杂，而且可能有荷兰守军的暗哨，我们的士兵迂回过去，恐怕会被发现。” 施琅说道。
“这个问题我已经考虑到了。” 林越说道，“我已经让玛拉族长派了几名熟悉当地地形的猎手，提前去探查赤嵌楼侧面的密林，清除荷兰守军的暗哨，并为我们的士兵指引路线。另外，我还会让士兵们穿上土着居民的服装，伪装成土着，这样更容易隐蔽行踪。”
将领们见林越的部署周密，考虑周全，纷纷表示赞同。
“好！就按照王爷的计划行事！” 甘辉说道，“属下愿意率领陆军主力，在赤嵌楼正面佯攻，吸引荷兰守军的注意力。”
“属下愿意率领一支精锐部队，从侧面迂回过去，发起突然袭击。” 副将周全斌说道。
“属下愿意率领水师战船，从海域配合陆军行动。” 黄安说道。
林越点了点头，下令道：“好！甘将军率领五千陆军，在赤嵌楼正面佯攻；周全斌将军率领两千精锐，从侧面密林迂回，务必隐蔽行踪，在黎明时分发起袭击；黄安将军率领十艘战船，从赤嵌楼附近海域发起进攻，牵制荷兰守军的兵力。各部务必协同作战，不得有误！”
“是！属下遵命！” 将领们齐声应道，纷纷起身离去，组织将士们做好战斗准备。
当天深夜，郑军各部按照计划开始行动。甘辉率领五千陆军，悄悄抵达赤嵌楼正面的阵地，搭建起攻城器械，做好了佯攻的准备。周全斌率领两千精锐，在土着猎手的指引下，穿着土着居民的服装，悄悄潜入了赤嵌楼侧面的密林中。黄安率领十艘战船，也悄悄驶到了赤嵌楼附近的海域，隐蔽在暗处。
黎明时分，天刚蒙蒙亮，甘辉一声令下，正面的郑军立刻发起了进攻。火炮轰鸣，箭矢如雨，朝着赤嵌楼的城墙射去。赤嵌楼的荷兰守军顿时被惊醒，纷纷跑到城墙上去防守，集中火力还击。
就在荷兰守军的注意力被正面进攻吸引的时候，周全斌率领的两千精锐，已经从密林中迂回出来，抵达了赤嵌楼侧面的护城河岸边。土着猎手早已提前找到了一处水浅的地方，并用石块和木板搭建了一座简易的小桥。
“冲！” 周全斌大喝一声，率领将士们快速渡过护城河，登上了赤嵌楼的城墙。荷兰守军根本没有想到会有郑军从侧面攻上来，顿时慌作一团。郑军将士们个个英勇善战，挥舞着刀枪，与荷兰守军展开了激烈的肉搏战。
与此同时，黄安率领的水师战船也发起了进攻，火炮齐发，朝着赤嵌楼的城墙轰击。荷兰守军腹背受敌，顾此失彼，很快就抵挡不住了。
经过一个多小时的激战，郑军终于攻克了赤嵌楼，消灭荷兰守军三百余人，俘虏两百余人，缴获了大量的武器装备和粮食。甘辉率领的正面进攻部队也顺利攻入了赤嵌楼，与周全斌率领的精锐部队汇合。
攻克赤嵌楼的消息传到郑军营地后，将士们和当地的土着居民都欣喜若狂。林越亲自来到赤嵌楼，视察战场情况，并安抚被俘的荷兰士兵。他下令，对待被俘的荷兰士兵要优待，不得随意杀害，这不仅体现了大明军队的仁慈，也能瓦解荷兰守军的斗志。
攻克赤嵌楼后，林越立刻下令，将赤嵌楼改造成郑军的前沿阵地，派重兵驻守，并在赤嵌楼和郑军主营之间修建了防御工事，形成了对热兰遮城的包围之势。热兰遮城的荷兰总督揆一得知赤嵌楼被攻克后，忧心忡忡，立刻派人向巴达维亚的荷兰殖民当局求救，但此时荷兰殖民当局正忙于其他战事，根本无法派出援军。
解决了赤嵌楼的问题后，林越开始将精力放在革新军备上。他知道，荷兰人的武器装备比郑军先进，尤其是红衣大炮和火枪，如果想彻底打败荷兰殖民者，就必须提升郑军的武器装备水平。
林越召集了军中的工匠，向他们讲解现代武器的制造原理。他根据自己的记忆，绘制出了改进后的火枪和火炮的图纸。改进后的火枪采用了燧发枪的原理，比当时郑军使用的火绳枪射速更快、精度更高、可靠性更强；改进后的火炮则优化了炮管的设计，增加了火炮的射程和威力，而且采用了可拆卸的炮架，更加灵活轻便。
工匠们虽然对林越提出的设计原理感到陌生，但在林越的耐心讲解和示范下，逐渐理解了改进后的武器的制造方法。林越还下令，将缴获的荷兰人的火炮和火枪拆开，让工匠们进行研究和仿制。
为了提高武器的制造效率，林越还对工匠们的工作进行了分工，实行流水线作业。有的工匠负责制造炮管，有的负责制造炮架，有的负责制造火枪的枪管，有的负责制造枪托……这样一来，武器的制造效率大大提高，很快就有一批改进后的火枪和火炮制造了出来。
林越亲自组织将士们进行武器试验。试验结果表明，改进后的火枪射速是火绳枪的两倍，精度也提高了不少；改进后的火炮射程比原来的火炮远了五百多米，威力也大大增强。将士们见改进后的武器如此厉害，个个欣喜若狂，纷纷请求装备新武器。
林越下令，将改进后的武器优先装备给精锐部队，并组织将士们进行针对性的训练。他还亲自编写了新的战术手册，向将士们讲解新武器的使用方法和战术配合技巧。将士们训练热情高涨，很快就掌握了新武器的使用方法和战术配合技巧，军队的战斗力得到了极大的提升。
与此同时，林越推广的土豆和红薯也开始在营地周围的荒地上生根发芽。将士们和当地的土着居民见这些作物生长迅速，纷纷开始大面积种植。土豆和红薯的推广种植，不仅解决了郑军的粮草问题，还让当地的土着居民的生活得到了改善，进一步加深了郑军与土着居民之间的友谊。
时间一天天过去，郑军的实力不断提升，而热兰遮城的荷兰守军则陷入了弹尽粮绝、孤立无援的境地。林越知道，总攻热兰遮城的时机，已经成熟了。