依靠着这十三把武器，人类在和崩坏的战争中逐渐占领了优势——
然而，在「最后的律者」面前，人类最后的希望也崩塌了。
人类的灭亡已经无法避免，但i博士不甘心就此放弃。
她知道，当地球的下一个文明诞生之时，崩坏一定会再次出现，于是…她埋下了「复仇的种子」。
她将毕生的研究转录到了人类的遗传因子中，当这些隐型遗传因子在下个纪元的人类身上表达时，她们就会浮现出「圣痕」。
这些拥有遗传因子的少女们被保护在几百个安全舱中，等待着数万年以后的苏醒。
负责守护轩辕剑的双子少女，名叫苍玄和丹朱。
“怪不得现文明应对崩坏比较轻松，原来是前文明专门留了遗产。”
“不止遗产那么简单，那些融合战士符华、凯文，不也活到现文明了吗，多半也是为了对抗崩坏。”
“不过这两个少女…感觉像在哪里见过。”
“《第二次崩坏》符华解放羽渡尘燃烧记忆时出现的少女。”
“程立雪临摹的挂画上好像也是她们俩。”
仙舟罗浮——
丹鼎司内，灵砂自上次逗弄青雀时知晓了崩坏系列的这两款游戏，便也在闲暇时玩玩游戏当做消遣。
“丹朱…《第二次崩坏》中见到时，只道是容貌相似，未曾想，竟真的是与妾身的同位体。”
她轻声自语，若有所思。
“地球的前文明纪元吗…如此算来，竟是比妾身今世还要年长。”
回到漫画中——
五万年后，人类文明在这片名为「神州」的大地上再次诞生，而崩坏…也再一次苏醒。
两个少女从沉睡中醒来，经历了漫长的旅途，她们终于找到了能继承轩辕剑的战士。
名为姬麟的少女在拿起轩辕剑的那一刻，烙印在他血脉中的圣痕觉醒了。
憎恨人类的崩坏与憎恨崩坏的人类，命运的战争再次拉开了帷幕。
这一次，这场战争将持续数千年。
“诶，你们说在前文明之前，会不会还有更多的文明纪元？”
“前文明之前可能还会有更多文明，但有更多文明不太可能。”
“楼上的脑袋怎么尖尖的。”
天火圣裁篇——
用炎之律者核心制造的「天火圣裁」即使在神之键中，也有着首屈一指的破坏力，为了限制其威力，平时炎之律者的核心都被平分为两块碎片，置于双枪之中。
当双枪合一变形成大剑之时，碎片会重新组合成律者核心，解放真正的力量，在大剑卷起的烈焰风暴中，就算是帝王级崩坏兽，也难逃毁灭的命运。
然而，即使是身处烈焰中心的使用者，也难逃被吞噬的命运…
在故事的开端，第三律者还未诞生，世界上大部分人还活在虚假的和平中。
在极东之地的长空市，有一所名为「千羽学园」的学校，来自欧洲的kev在三个月前转入了这所学校。
英俊帅气、运动能力超群的他很快就成为了学校女生心目中的王子大人。
“凯文王子，太帅了！”
“气质和现在也不同，现在的凯文…是那种遍历沧桑，无欲无求的样子，王子凯文还是朝气蓬勃少年。”
“应该是因为崩坏带走了太多同伴，导致心态有转变吧。”
“我还有个好奇的点，前文明纪元在极东也有长空市就算了，为什么学校也是一样的千羽学园？”
“难不成建筑和地名也有同位体？”
凯文拥有过无数的追求者，但王子大人却对她们毫无兴趣。
因为就在3个月前，在他转学进入这个学校的那一天…他已经找到了一生所爱——被班里同学称为书呆子的i。
“从《第二次崩坏》中第一次看到她就觉得她很像芽衣…”
“难不成同一个星球在几万年后也会诞生同位体？”
“虽然有点难以相信，但好像的确是这样，米游社里芽衣的介绍中她的英文名是raideni，这应该是地球上的通用语言之一。”
梅的父亲是世界着名的电磁物理学家，她也把成为科学家当做自己的奋斗目标。
因此梅只专注于学习，对其他事情都没有兴趣——其中自然包括「恋爱」这件小事，无论凯文这位王子大人使出何种手段，梅都能完美地无视他。
在梅努力的躲开凯文的同时，凯文也在努力的走入梅的心，只不过他的行为…偶尔会有些幼稚…
如果和平的日子能够持续下去…王子大人和书呆子少女或许会迎来美好的结局…可惜的是，这份平静在这一天被打破了…
画面中，面对凯文的搭讪，梅显得颇为无奈，仿佛已对此习以为常，只得将脸埋进书本里。
见她这副模样，凯文不禁觉得有趣，伸手摘掉了她的眼镜，跑到一旁，梅试图追赶他拿回眼镜，但凯文始终保持着微妙的距离，让她怎么也够不着。
被这样一番逗弄，梅的脸颊泛起红晕，气鼓鼓地别过头去。
或许是因为近视，在她的视野中，窗外的天空正泛起诡异的红光，随之而来的是剧烈的爆炸声。
——第三次崩坏在长空市爆发了。
“这也太巧合了吧…”
“长空市…千羽学园…第三次崩坏…雷之律者…甚至还都有芽衣。”
“个别几个一样的话，可以称之为巧合，而巧合多了，就不一样了。”
“咱感觉像是前文明的人们做了什么努力，才导致现文明出现的律者什么的，和前文明高度类似。”
在警报声中，人们慌乱的涌向避难所，人群中，凯文保护着梅，试图逃离这个地狱。
然而就在这时，他们遇到了一个黑衣人，他的目标是找到并保护梅，同时邀请她以科学家的身份加入人类对抗崩坏的战斗之中。
黑衣人自称来自「逐火之蛾」，是联合国下属的对崩坏组织。
就在半年前，梅发表了关于量子力学的论文，这引起了组织的注意，并判断她为百年一见的天才。
不愿意离开梅的凯文，也请求以士兵的身份加入「逐火之蛾」，就这样，少年和少女的命运被悄悄地绑在了一起。