贞元十六年，公元800年春季正月乙巳日，恒冀、易定、陈许、河阳四镇军队与吴少诚交战，全都失利退兵。神策军中尉窦文场因韩全义出身神策军，向来对他厚爱有加，便向德宗举荐，让他统领各路兵马讨伐吴少诚。二月乙酉日，朝廷任命韩全义为蔡州四面行营招讨使，十七道兵马都受他指挥调度。
宣武军自刘玄佐死后，总共发生过五次兵变，士兵越发骄横放纵，轻视主帅。韩弘到任理政几个月，摸清了所有带头作乱者的底细。有个郎将叫刘锷，经常是兵变的主谋。三月，韩弘在军府衙门前列兵布阵，召来刘锷及其党羽三百多人，斥责他们“屡次参与叛乱，还自以为有功”，随后将他们全部斩首，鲜血流遍了门前的道路。从此直到韩弘入朝的二十一年里，宣武军士兵没有一个人敢在城里大声喧哗。
义成军监军薛盈珍深得德宗宠信，想要夺取节度使姚南仲的军政大权，姚南仲不肯依从，两人因此产生嫌隙。薛盈珍诬陷姚南仲的幕僚，导致此人被贬为泉州别驾。福建观察使柳冕想杀害此人来讨好薛盈珍，便派幕僚宝鼎人薛戎代理泉州事务，命他罗织罪名构陷此人，薛戎却为其辩白，证明他是无辜的。柳冕大怒，召来薛戎将他囚禁，还让看守的士兵肆意凌辱他。就这样过了好几个月，柳冕慢慢诱导薛戎诬陷此人，薛戎始终不肯依从，此人因此得以幸免。柳冕是柳芳的儿子。薛盈珍屡次在德宗面前诋毁姚南仲，德宗渐渐对姚南仲产生猜疑。薛盈珍又派小吏程务盈乘坐驿马进京，诬告姚南仲有罪。义成军牙将曹文洽当时也正要去长安奏事，得知了这件事，便日夜兼程赶路，在长乐驿追上了程务盈，和他同住一间驿舍。半夜时分，曹文洽杀死程务盈，把薛盈珍的诬告奏章扔进厕所，随后自己写了一道奏表，为姚南仲辩冤，并且坦白了擅自杀人的罪责，又写了一份状纸告诉姚南仲事情经过，之后便自杀身亡。第二天一早，驿舍的门迟迟不开，驿吏推门进去，在曹文洽的尸体旁发现了奏表和状纸。德宗得知此事后很是诧异，便征召薛盈珍入朝。姚南仲担心薛盈珍会在朝中进一步诋毁自己，也请求入朝。夏季四月丙子日，姚南仲抵达京城，前往金吾卫府衙待罪。德宗下诏赦免了他，并召见了他。德宗问：“薛盈珍侵扰你吗？”姚南仲回答：“薛盈珍并没有侵扰我，只是在败坏陛下的法度罢了。况且天下像薛盈珍这样的人，数不胜数！就算是让羊祜、杜预这样的贤臣复生，也无法推行仁政，建立攻城略地的功绩啊。”德宗听后沉默不语，最终没有治薛盈珍的罪，仍然让他掌管机要事务。薛盈珍又对德宗说：“姚南仲那些败坏政事的举措，都是他的幕僚马少微怂恿的。”德宗下诏将马少微贬到江南做官，还派宦官使者押送他，使者在途中把马少微推到江里淹死了。
黔中观察使韦士宗政令严苛刻薄。丁亥日，牙将傅近等人起兵驱逐了他，韦士宗出逃投奔施州。
这时，新罗王金敬则去世。庚寅日，朝廷册封他的嫡孙金俊邕为新罗王。
韩全义向来没有勇武谋略，全靠奸猾谄媚、贿赂宦官才得以担任统帅。每次商议军事，几十名担任监军的宦官坐在军帐里争论不休，议论纷纷却难以做出决断，最后只能不了了之。天气渐渐炎热，士兵们长期驻扎在低洼潮湿的地方，很多人染上瘟疫，韩全义却从不体恤安抚，军心渐渐涣散。五月庚戌日，韩全义与吴少诚的部将吴秀、吴少阳等人在溵水南岸的广利原交战，还没等双方兵刃相接，各路军队就纷纷溃败。吴秀等人趁机追击，韩全义退守到五楼。吴少阳是沧州清池人。
山南东道节度使于頔借着讨伐吴少诚的名义，大肆招募士兵，修缮铠甲、磨砺兵器，聚敛财物，肆意诛杀，有割据汉水以南的野心，专门做些对上轻慢无礼、对下欺凌压迫的事。德宗当时正一味姑息藩镇，明知于頔的所作所为，却也无可奈何。于頔诬陷邓州刺史元洪犯有贪赃罪，朝廷迫不得已，将元洪流放端州，还派宦官使者押送他到枣阳。于頔派兵在半路劫持元洪，把他带回襄州，宦官使者只好逃回京城。于頔又上表说对元洪的责罚太重，德宗于是又任命元洪为吉州长史，这才打发他动身。于頔又忌恨判官薛正伦，上奏将他贬为峡州长史。等朝廷的敕令下发时，于頔的怒气已经消了，又上奏请求留任薛正伦为判官，德宗对他的请求一一依从。
徐、泗、濠节度使张建封镇守彭城十多年，军府政务清明整肃。张建封病重后，多次上表朝廷，请求派人接替自己的职位。辛亥日，朝廷任命苏州刺史夏卿为徐、泗、濠行军司马。敕令下达时，张建封已经去世。夏卿是韦执谊的堂兄。徐州判官郑通诚代理留后事务，担心士兵发动兵变，恰巧此时浙西的军队路过彭城，郑通诚便想把他们召进城内作为援兵。士兵们得知后大怒，壬子日，几千名士兵用斧头劈开军械库的大门，取出铠甲兵器穿戴起来，包围了节度使的官署，劫持了张建封的儿子、前虢州参军张愔，强迫他主持军府事务，还杀死了郑通诚以及大将段伯熊等好几个人，将监军用刑具拘禁起来。德宗得知此事后，任命吏部员外郎李鄘为徐州宣慰使。李鄘径直抵达徐州军中，召集将士宣读朝廷的旨意，向他们讲明利害关系，并为监军解开刑具，让他官复原职，叛乱的党羽不敢再轻举妄动。张愔上奏朝廷，自称兵马留后，李鄘认为这不是朝廷的任命，因此拒不接受，让他删去这一称谓，之后才接受奏章返回京城。
丙寅日，韦士宗重新回到黔中任职。
湖南观察使、河中府人吕渭上奏揭发永州刺史阳履贪赃受贿，阳履上表声称自己搜刮的财物都是准备进献给朝廷的。德宗召阳履前往长安，丁丑日，命令三司使审讯他，追问他搜刮的财物都用在了什么地方。阳履回答：“已经买成马匹进献给朝廷了。”三司使又追问：“卖马的人是谁？马匹的年龄有多大？”阳履回答：“卖马的人来自四面八方，现在已经不知道他们在哪里了。依照《礼记》的规定，窥探君主所乘马匹的年龄是要被治罪的，所以我不知道马匹的年龄。”阳履的回答大都是诸如此类的话。德宗听了他说进献朝廷的话，心里很高兴，便赦免了他，只是免去了他的官职。
丙戌日，朝廷加封淄青节度使李师古为同平章事。
徐州发动兵变的士兵替张愔上奏朝廷，请求授予他节度使的旌节，朝廷没有应允。德宗加封淮南节度使杜佑为同平章事，兼任徐、濠、泗节度使，派他率军讨伐张愔。杜佑大规模建造战船，派牙将孟准担任前锋。孟准率军渡过淮河后便战败了，杜佑因此不敢再进兵。泗州刺史张伾出兵攻打张愔，也大败而归。朝廷迫不得已，任命张愔为徐州团练使，任命张伾为泗州留后，任命濠州刺史杜兼为濠州留后，仍然加封杜佑兼任濠泗观察使。杜兼是薛正伦的五世孙，生性狡猾阴险、强悍固执。张建封病重时，杜兼暗中图谋接替他的职位，从濠州日夜兼程赶往彭城的节度使官署。幕僚李籓和同僚们进去探望张建封的病情，出来后见到杜兼，哭着说：“张仆射病得这么重，您本该留在濠州镇守防备，现在却丢下州事赶来这里，想要做什么！您应该赶紧回去，不然的话，我就要上奏朝廷了。”杜兼没料到李籓会这么说，仓促之间很是惊愕，只好直接返回濠州。张建封去世后，李籓返回扬州，杜兼趁机上奏诬陷李籓，说他在张建封去世后动摇军心，德宗大怒，秘密下诏命杜佑杀死李籓。杜佑向来器重李籓，把诏书揣在怀里，十天都不忍心拿出来。他趁机把李籓叫来谈论佛经，说：“佛家讲因果报应，真的有这回事吗？”李籓回答：“有的。”杜佑说：“如果真的是这样，那您遇事就不用害怕了。”于是拿出诏书给李籓看。李籓看后神色镇定，说：“这正是我的报应啊。”杜佑说：“您千万别把这件事说出去，我已经秘密上奏朝廷，用我全家百口人的性命担保您是无辜的了。”德宗仍然对李籓心存疑虑，召他前往长安。等见到李籓后，见他仪态端庄安详，便说：“这哪里像是作乱的人啊！”当即任命李籓为秘书郎。
这时，新罗王金俊邕去世，国人拥立他的儿子金重熙为王。
秋季七月，吴少诚率军前往五楼进攻韩全义，各路军队再次大败。韩全义连夜逃走，退守溵水县城。
卢龙节度使刘济的弟弟刘源担任涿州刺史，拒不服从刘济的命令，刘济率军攻打并擒获了他。九月癸卯日，义成节度使卢群去世。甲戌日，朝廷任命尚书左丞李元素接替他的职位。贾耽说：“凡是在军中就地任命节度使，军中将士必定会有亲疏好恶的分别，一半人欢喜、一半人畏惧，所以军心大多会动荡不安。从今往后，希望陛下只从朝廷直接任命节度使，这样或许就不会发生变故了。”德宗认为他说得很对。
中书侍郎、同平章事郑馀庆与户部侍郎、判度支于颀向来交好，于颀上奏的事情，郑馀庆大多会劝说德宗依从。德宗认为他们结党营私，庚戌日，将郑馀庆贬为郴州司马，将于颀贬为泉州司户。于颀是于頔的哥哥。
癸丑日，吴少诚率军进逼到距离溵水县城只有几里的地方安营扎寨，韩全义再次率领各路军队退守陈州。宣武、河阳两镇的士兵擅自逃回本镇，只有陈许军将领孟元阳、神策军将领苏光荣所率领的部队留守溵水。韩全义用欺诈的手段诱骗昭义将领夏侯仲宣、义成将领时昂、河阳将领权文变、河中将领郭湘等人前来，将他们全部斩首，想用这种手段威慑众将。韩全义抵达陈州后，陈州刺史刘昌裔登上城楼对他说：“天子命令您讨伐蔡州的叛贼，您现在却来到这里，我不敢让您进城，请您在城外安营扎寨吧。”不久之后，刘昌裔又带着牛肉和美酒来到韩全义的军营犒劳将士，韩全义又惊又喜，从此对刘昌裔心悦诚服。己未日，孟元阳等人率军与吴少诚交战，斩杀敌军两千多人。
庚申日，朝廷任命太常卿齐抗为中书舍人、同平章事。癸亥日，朝廷任命张愔为徐州留后。
冬季十月，吴少诚率军返回蔡州。此前，韦皋听说各路军队讨伐吴少诚毫无成效，便上奏朝廷说：“请陛下任命浑瑊、贾耽为元帅，统领各路军队。如果陛下不忍心烦劳这些元老重臣，那么臣请求率领一万精锐兵马，从巴峡出兵，经过荆楚地区，前去剿灭叛贼。如果这两种办法都不行，那就趁着吴少诚请罪的时候赦免他，遣散两河地区的各路军队，让朝廷和百姓都能休养生息，这也是仅次于前两种的策略。如果吴少诚有朝一日恶贯满盈，被他的部下杀死，朝廷又要把节度使的爵位授予杀害他的人，这不过是除掉一个吴少诚，又生出一个吴少诚，会留下无穷无尽的祸患啊。”贾耽也对德宗说：“叛贼的本意大概也是希望朝廷能够赦免他，恐怕还是要给他留一条生路。”德宗认为他们说得有道理。恰巧此时吴少诚给各路军队的监军送去书信和财物，请求为自己洗刷罪名，监军们将此事上奏给了朝廷。戊子日，德宗下诏赦免吴少诚以及彰义军的将士，恢复了他们的官职爵位。
己丑日，河东节度使李说去世。甲午日，朝廷任命他的行军司马郑儋为河东节度使。德宗挑选可以接替郑儋担任行军司马的人选，因刑部员外郎严绶曾经以幕僚的身份向朝廷进献过财物，德宗记着他的名字，便直接任命他为河东行军司马。
吐蕃军队屡次被韦皋击败，同年，吐蕃的曩贡、腊城等九节度婴、笼官马定德率领他的部落前来投降。马定德有勇有谋，吐蕃的各位将领行军打仗，都要遵照他的计谋策略，他还经常乘坐驿马为吐蕃赞普谋划军国大事。到这时，因吐蕃军队多次战败，马定德担心自己会被治罪，于是前来投奔唐朝。