原生生物界门下纲：
原生生物中sar超群之不等鞭毛门：
不等鞭毛门（heterokonhyta 或 stranopiles）是一个多样化的类群，包含光合作用和非光合作用的原生生物。其分类体系可能因研究进展而调整，但目前公认的主要纲如下：
1 光合作用的纲（含叶绿体，通常为藻类）
硅藻纲（bacilriophyceae）
单细胞或群体，细胞壁由硅质壳组成，海洋和淡水生态系统中重要初级生产者。
金藻纲（chrysophyceae）
多数为淡水种类，部分具硅质鳞片或鞭毛，如金藻（golden algae）。
黄藻纲（xanthophyceae）
淡水和潮湿土壤中常见，色素以叶绿素c和β胡萝卜素为主（如黄绿藻）。
褐藻纲（phaeophyceae）
大型多细胞海藻（如海带、昆布），含岩藻黄素，是重要的海洋生态系统组成。
定鞭藻纲（prynesiophyceae 或 haphyceae）
部分分类系统将其归入独立门，但传统属于不等鞭毛类，如颗石藻（olithophores）。
针胞藻纲（raphidophyceae）
淡水或海洋种类，部分有毒（如赤潮生物）。
2 非光合作用的纲（无叶绿体）
卵菌纲（ooycetes）
类似真菌但亲缘关系远，包括植物病原体（如马铃薯晚疫病菌 phyhthora）。
丝壶菌纲（hyphochytrioycetes）
寄生或腐生，菌丝体简单，与卵菌近缘。
蛙片菌纲（bisoecida）
自由生活的单细胞鞭毛虫，通常附着在基质上。
伪真菌纲（byrthuloycetes）
包括网黏菌（byrthu）和破囊壶菌（thratochytriu），部分产生oga3脂肪酸。
领鞭毛虫纲（choanofgellida，部分分类归入此处）
与动物界近缘，但形态学上曾归为不等鞭毛类。
其他争议或小纲
pegophyceae（浮游藻类，如褐胞藻）
etigahyceae（淡水或土壤中的微藻）
dictyochophyceae（硅鞭藻类，部分为化石种类）
注意事项
分类可能因分子系统学研究更新（如部分类群被重新划分）。
非光合作用的类群（如卵菌）曾长期被误认为真菌，现通过基因证据归入不等鞭毛门。
囊泡虫门（alveota）包括三个主要亚门：甲藻亚门（dofgelta）、顶复亚门（apiplexa） 和 纤毛虫亚门（ciliophora）。以下是各亚门的主要纲的分类（基于当前主流分类系统，可能因研究进展有所调整）：
1 甲藻亚门（dofgelta）
甲藻多为单细胞，部分具光合作用（如共生甲藻 sybiodiu），部分为异养或寄生。主要纲包括：
光合型甲藻（dophyceae 及相关类群）
dophyceae（甲藻纲）
包括许多赤潮生物（如 alexandriu、karenia）。
syndiophyceae（共甲藻纲）
寄生性甲藻，无叶绿体，如 aoebophrya（感染其他甲藻）。
非光合型甲藻
nocticiphyceae（夜光藻纲）
异养型，如 noctica sctilns（生物发光种类）。
bstodiphyceae（芽甲藻纲）
寄生在海洋无脊椎动物体内，如 bstodiu。
2 顶复亚门（apiplexa）
顶复类全部为寄生生物，具顶复合体结构（用于入侵宿主细胞）。主要纲包括：
传统分类
noidasida（锥状体纲）
idia（球虫纲）
细胞内寄生，如 eiria（禽类球虫）、toxopsa gondii（弓形虫）。
haeosporidia（血孢子虫纲）
由吸血昆虫传播，如 psodiu（疟原虫）、babesia（巴贝虫）。
anoidasida（无锥体纲）
无顶复合体锥状结构，如 piropsida（焦虫纲，包括 theileria）。
其他（近年调整）
gregaria（簇虫纲）
寄生在无脊椎动物肠道，如 gregara。
cryptosporidiidae（隐孢子虫科，有时独立分类）
如 cryptosporidiu parvu（人类腹泻病原体）。
3 纤毛虫亚门（ciliophora）
纤毛虫以纤毛运动，具大核和小核，种类繁多。主要纲（基于分子系统学调整）：
传统分类（部分已调整）
karyorelictea（核残纲）
大核不分裂，如 loxodes（淡水种类）。
heterotrichea（异毛纲）
纤毛复杂，如 stentor（喇叭虫）、blepharisa（赭纤虫）。
spirotrichea（旋毛纲）
包括：
oligotrichida（寡毛目）（如 strobidiu）
hypotrichida（下毛目）（如 euplotes、oxytricha）
choreotrichida（游毛目）（浮游种类，如 ttnidiu）
litostoatea（裸口纲）
胞口无复杂结构，如 didiu（掠食草履虫）、bantidiu li（人体寄生种类）。
phyllopharyngea（叶咽纲）
具叶状咽部，如 chilodonel（鱼类寄生虫）。
nassophorea（篮口纲）
如 nassu（摄食蓝藻）。
oligohynophorea（寡膜纲）
包括：
hynostoatida（膜口目）（如 tetrahyna）
peritrichida（缘毛目）（如 vorticel、钟虫）
apostoatida（离口目）（寄生甲壳动物）
prostoatea（前口纲）
胞口位于前端，如 leps。
分子系统学新分类
近年研究将纤毛虫分为 postciliodesahora（如异毛纲、核残纲）和 traacronucleata（其他大部分类群），但传统纲级分类仍广泛使用。
有孔虫门（foraifera）是一类具有钙质或有机质外壳（壳室）的海洋原生生物，广泛分布于现代和古代海洋沉积物中。根据壳质结构、形态和分子系统学研究，其分类体系不断更新。以下是目前公认的主要纲（css）和重要亚类群：
1 传统形态分类（基于壳质成分和结构）
(1) 有机质壳纲（allogroiida / allogroiia）
壳质类型：有机质（蛋白质或多糖），无矿物质。
代表：allogroia（原始有孔虫）。
生态：浅海或淡水环境。
(2) 胶结壳纲（texturiida / texturia）
壳质类型：胶结颗粒（如砂粒、矿物碎片）黏合而成。
代表：texturia、trochaa。
生态：常见于潮间带至深海。
(3) 钙质微孔壳纲（fulida?）
壳质类型：钙质（方解石），壳室复杂，已灭绝。
代表：fula（石炭纪二叠纪标准化石）。
生态：古生代海洋。
(4) 钙质透明壳纲（globothaa）
壳质类型：透明钙质（方解石），多房室。
rotaliida（轮虫目）：如 aonia、elphidiu（潮间带常见）。
globigerida（抱球虫目）：浮游种类，如 globigera（深海沉积重要组分）。
(5) 钙质不透明壳纲（tubothaa）
壳质类型：不透明钙质（文石或高镁方解石）。
iliolida（粟米虫目）：如 ququelocula、sorites（热带浅海常见）。
2 分子系统学新分类（21世纪更新）
近年分子研究表明，传统形态分类需调整，目前主流分为 2个主要纲：
(1) 球房虫纲（globothaa）
包含 rotaliida、globigerida 等，壳多为透明钙质
典型代表：globigeroides（全球大洋浮游种）。
(2) 管房虫纲（tubothaa）
包含 iliolida，壳为不透明钙质（文石）。
典型代表：peneroplis（珊瑚礁共生种）。
3 其他重要类群
onothaa（单房室纲）：
单室壳，如 astraa（胶结壳）和 groia（争议归属，部分归入rhizaria）。
xenophyophorea（巨型深海有孔虫）：
深海沉积物中的巨型种类（可达20），分类地位尚不明确。
4 生态与地质意义
化石记录：从寒武纪延续至今，是石油勘探的生物地层标志（如 fula、nuulites）。
争议与待定类群
“nodosariida”（节房虫目）：传统归入tubothaa，但分子证据可能需重组。
“genida”：部分学者视为独立目，壳为单列房室。
放射虫门（radioria）是一类具有硅质骨架或有机质骨架的海洋浮游原生生物，属于sar超类群中的囊泡虫类近缘分支（与有孔虫同属根足虫总门）。其分类体系复杂，传统上分为 2大类（基于骨架形态和细胞结构），现代分子系统学进一步细化。以下是目前公认的主要纲（css）和重要类群：
1 传统形态分类（两大纲）
(1) 多囊虫纲（polycystea）
特征：硅质骨架呈网格状、放射对称，细胞质分中央囊（central capsule）和外质层。
spulria（泡沫虫目）
骨架球形或放射对称，如 actoa、hexastys（常见于深海沉积物）。
nasselria（罩笼虫目）
骨架呈钟形或锥形，具极轴（如 cyrtocapsel、eucyrtidiu）。
llodaria（胶体虫目）
骨架退化或缺失，形成胶状群体（如 llozou）。
(2) 稀孔虫纲（phaeodarea / phaeodaria）
代表：aucantha、tcarora（深海种类）。
注：分子证据显示其可能不属于放射虫，需重新归类。
2 分子系统学新分类（21世纪调整）
近年研究将放射虫分为 3个独立纲（部分类群被移出）：
(1) 多囊虫纲（polycystea）
保留传统spulria、nasselria和llodaria。
分子标记：18s rrna支持其单系性。
(2) 稀孔虫纲（phaeodarea）?
可能属于cerzoa（丝足虫类），非真正放射虫。
(3) 棘刺虫纲（acantharea）
特征：骨架由硫酸锶（srso?）构成，星状或放射对称。
代表：acanthotra、lithoptera。
生态：热带海洋浮游，光合共生（与定鞭藻共生）。
3 其他争议类群
taxopodida（列足虫）：如 sticholonche，曾归入放射虫，现属heliozoa（太阳虫类）。
phaeogroida：稀孔虫的亚类，分类地位未定。
4 生态与地质意义
现代分布：热带大洋浮游，深度米（光合共生）或深海。
化石记录：从寒武纪延续至今，硅质骨架构成放射虫软泥（深海沉积物）。
古气候指标：如 cyrtocapsel 用于重建古海洋温度。
丝足虫门（cerzoa）是一大类形态多样的原生生物，属于 sar超类群 中的 根足虫类（rhizaria）。它们以 丝状伪足（filopodia） 为特征，广泛分布于淡水、海洋和土壤环境。根据分子系统学和形态学，cerzoa 的分类体系近年变化较大，以下是当前公认的主要 纲（css） 和重要类群：
1 核心分类（基于分子系统学）
(1) 丝足纲（filosa）
特征：具细长丝状伪足，无硬质骨架。
ibricatea（覆瓦纲）
部分种类具有机鳞片，如 euglypha（淡水种类，壳由硅质鳞片组成）。
thefilosea（鞘丝纲）
具有机或硅质外壳，如 tectofilosida（海洋底栖）。
ventrifilosa（腹丝纲）
伪足从细胞腹侧伸出，如 vapyrellida（“吸血鬼变形虫”，寄生藻类）。
(2) 内生粘菌纲（endoyxa）
特征：部分类群为寄生或腐生，伪足较短。
主要目：
psodiophorida（根肿菌目）
植物病原菌，如 psodiophora brassicae（甘蓝根肿病）。
phytoyxea（植粘菌目）
寄生藻类或植物，如 phagoyxa。
2 其他重要类群（部分归属未定）
(3) 网足虫纲（granofilosea）
特征：具颗粒状伪足，部分种类形成网状结构。
代表：leudictyon（海洋种类）。
(4) 太阳虫纲（helioonadida / helioonads）
特征：具放射状伪足，曾归类于太阳虫（heliozoa），现归入cerzoa。
代表：helioonas。
(5) 拟辐足纲（proteoyxidea）
特征：伪足形态介于丝足虫和变形虫之间。
代表：pseudospora（寄生藻类）。
(6) 原壳虫纲（chlorarachniophyceae）
特征：含叶绿体（二次内共生获得），伪足发达。
代表：chlorarachnion（海洋光合种类）。
3 争议类群
phaeodarea（稀孔虫）：传统归入放射虫，分子证据支持其属于cerzoa。
groiida（格罗米虫）：部分学者归入cerzoa，但可能属于有孔虫近缘类群。
4 生态与演化意义
多样性：从自由生活（如 euglypha）到寄生（如根肿菌）。
生态功能：海洋沉积物中的重要微生物捕食者，部分参与碳循环。
演化地位：与 有孔虫（foraifera） 和 放射虫（radioria） 同属 rhizaria，但伪足结构更简单。
原生生物中古虫界之眼虫门：
眼虫门（euglenozoa）是一大类具有显着运动特征的鞭毛虫类原生生物，广泛分布于淡水、海水及寄生环境中。其分类基于形态、超微结构及分子系统学，目前主要包括 4个主要纲，部分类群仍存在争议。以下是当前公认的分类体系：
1 核心分类（基于分子系统学）
(1) 眼虫纲（euglenida / euglenophyceae）
特征：
具 12根鞭毛，部分种类含叶绿体（二次内共生获得，如 euglena）。
细胞表面具 螺旋状条纹（pellicle），可变形运动。
主要类群：
光合型（光自养）：
euglena（眼虫，淡水常见）、phac（扁眼虫）。
异养型（吞噬或腐生）：
peranea（无叶绿体，捕食细菌）、heteronea。
寄生型：
astasia（类似眼虫但无色，寄生或腐生）。
(2) 动基体纲（kestea）
特征：
具 动基体（kest）（线粒体dna高度浓缩）。
鞭毛基部有 副鞭毛体（paraxial rod）。
主要类群：
自由生活：
bodo（淡水或海洋，捕食细菌）。
寄生重要病原体：
trypanosoa（锥虫，如 t brucei 致非洲昏睡病）。
leishania（利什曼原虫，致黑热病）。
(3) 双鞭毛纲（diplonea）
特征：
具 两条不等长鞭毛，线粒体嵴呈 盘状。
海洋浮游或寄生。
代表：
diplonea、rhynchop（寄生鱼类或无脊椎动物）。
(4) 副基体纲（postgaardea）
特征：
鞭毛系统高度特化，细胞后端具 “尾部”结构。
深海或极端环境分布。
代表：
postgaardi（深海沉积物中发现）。
2 争议或待定类群
sybiontida（共生虫纲）：
与双壳类动物共生的鞭毛虫，可能属于euglenozoa基部类群。
heistasia：
无叶绿体，分类地位未定，曾归入euglenida或独立分支。
3 生态与医学意义
光合贡献：淡水中的 euglena 是初级生产者。
病原体：
trypanosoa 和 leishania 是重要人类寄生虫。
trypanosoa cruzi 致南美恰加斯病。
生物指示：euglena 用于水质监测（富营养化指标）。
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后滴门（taonada）是一类缺乏典型线粒体的厌氧性原生生物，主要生活在低氧或厌氧环境（如动物肠道、淡水沉积物）。它们的运动通常依赖多鞭毛或轴杆（axostyle）结构，并通过氢化酶体（hydrogenoso）代替线粒体进行能量代谢。根据分子系统学和超微结构特征，后滴门目前分为 3个主要纲，部分类群的分类仍在调整中。以下是详细分类：
1 核心分类（基于分子系统学）
(1) 双滴虫纲（diploonadida）
特征：
双核结构（两个细胞核对称排列）。
具 4对鞭毛（8根），无高尔基体和线粒体。
通过氢化酶体代谢。
代表类群：
giardia（贾第虫）：人类肠道寄生虫，致贾第虫病（如 g blia）。
spironucle：寄生鱼类，致“旋核病”。
(2) 副基体纲（parabasalia / parabasa）
特征：
具 轴杆（axostyle）（微管组成的支撑结构）。
鞭毛数量多（通常4根以上），部分种类有副基纤维（parabasal fibers）。
含氢化酶体。
trichoonadida（毛滴虫目）：
trichoonas vagalis（阴道毛滴虫）：性传播病原体。
trichonypha：白蚁肠道共生，协助纤维素消化。
hyperastigida（超鞭毛目）：
鞭毛极多（数百根），如 ixotricha（与白蚁共生）。
(3) 锐滴虫纲（carpedieonadida）
特征：
单核，具 2根鞭毛（一根向前，一根向后）。
自由生活于淡水或海洋沉积物。
代表：
carpedieonas：无寄生性，形态简单。
2 争议或待定类群
retortaonadida（曲滴虫纲）：
曾归入后滴门，现部分研究认为其更接近 异鞭毛门（heterolobosea）。
代表：retortaonas（寄生蛙类肠道）。
anaeraoebidae：
无鞭毛的厌氧变形虫状生物，分类地位未定。
3 生态与医学意义
寄生与共生：
giardia 和 trichoonas 是重要人类病原体。
trichonypha 等与白蚁/蟑螂共生，协助木质素分解。
演化意义：
后滴门是真核生物早期分支（excavata超类群），保留原始特征（如无典型线粒体）。
副基体门（parabasalia或parabasa）是一类厌氧性原生生物，主要特征是具有氢化酶体（代替线粒体）、轴杆（axostyle）以及副基纤维（parabasal fibers）。它们通常具有多鞭毛，许多种类是共生或寄生的，生活在动物肠道或生殖道等厌氧环境中。
副基体门（parabasalia）的主要纲
目前，副基体门主要分为 2个纲，基于鞭毛数量、超微结构和分子系统学：
1 毛滴虫纲（trichoonadea）
特征：
具有副基纤维（parabasal fibers），支持鞭毛运动。
轴杆（axostyle）明显，由微管束组成，贯穿细胞。
主要类群：
毛滴虫目（trichoonadida）：
trichoonas vagalis（阴道毛滴虫）——人类性传播病原体。
trichoonas gallae（禽毛滴虫）——感染鸟类口腔和消化道。
dientaoeba fragilis（双核阿米巴，部分研究归入此类）——人类肠道寄生虫。
单毛滴虫目（onoceronadida）：
onoceronas——寄生爬行动物肠道。
2 超鞭毛纲（hyperastigia / hyperastigea）
特征：
鞭毛数量极多（数十至数百根），呈螺旋或簇状排列。
细胞较大，通常与白蚁或蟑螂共生，帮助消化纤维素。
无典型的副基纤维，但仍有氢化酶体。
主要类群：
旋毛滴虫目（spirotrichonyphida）：
spirotrichonypha——白蚁肠道共生。
多鞭毛目（polyastigida）：
ixotricha paradoxa（混合鞭毛虫）——白蚁共生，依赖细菌辅助运动。
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冠滴虫目（lophoonadida）：
lophoonas——蟑螂肠道共生。
争议或待定类群
cristaonadea（冠滴虫类）：
部分学者将其归入hyperastigia，但分子研究表明可能独立成纲。
代表：devesva（白蚁共生）。
trichonyphida（毛滴虫目近缘类群）：
部分研究认为应单独分类。
生态与医学意义
共生关系：
人类病原体：
trichoonas vagalis 是全球最常见的性传播寄生虫之一。
dientaoeba fragilis 可能导致人类腹泻。
异鞭毛门（heterolobosea）是一类形态多样的自由生活或寄生原生生物，以 变形虫态（aoeboid）与鞭毛态（fgelte）交替存在 为主要特征，部分种类可在厌氧环境中生存。其分类基于形态、超微结构及分子系统学，目前主要包括 3个主要纲，部分类群仍存在争议。以下是当前公认的分类体系：
1 核心分类（基于分子系统学）
(1) 裂核纲（schizopyrenida / vahlkapfiidae）
特征：
生活史含 变形虫态（无鞭毛）和鞭毛态（2根鞭毛）。
细胞核分裂方式特殊（核内纺锤体）。
部分种类可形成抗性包裹（cyst）。
主要类群：
自由生活：
naegleria（耐格里虫）：
n fowleri（福氏耐格里虫）——致原发性阿米巴脑膜脑炎（pa）。
n gruberi（格鲁伯耐格里虫）——非致病模式生物。
vahlkapfia（瓦氏变形虫）——淡水/土壤常见。
寄生或兼性寄生：
tetrait——部分种类寄生鱼类或两栖类。
(2) 咽膜纲（perloonadida）
特征：
鞭毛态为主，具 腹侧“咽膜（perbasal body）” 结构。
无典型变形虫态，但可形成伪足。
代表类群：
perloonas——淡水或海洋沉积物中的异养鞭毛虫。
(3) 尖毛纲（acrasida）
特征：
黏菌样生活史：变形虫态可聚集形成子实体（fruitg body）。
与真菌黏菌（yxoycetes）趋同演化，但无亲缘关系。
代表：
acrasis——土壤中的腐生性黏菌样原生生物。
2 争议或待定类群
psalterioonadida：
具单鞭毛的厌氧种类，部分研究归入异鞭毛门，但分类地位未定。
代表：psalterioonas（淡水沉积物）。
gruberellidae：
形态介于裂核纲与咽膜纲之间，可能独立成纲。
3 生态与医学意义
病原体：
naegleria fowleri 是致命性脑炎病原体（接触污染水体感染）。
生态角色：
自由生活种类（如 vahlkapfia）是土壤/淡水微生物群落的重要成员。
演化意义：
异鞭毛门与眼虫门（euglenozoa）同属 disba超类群，代表早期真核生物分支。
贾第虫门（taonada）是一个厌氧性原生生物类群，其成员通常缺乏典型的线粒体，依赖氢化酶体（hydrogenosos）或有丝分裂相关体（itosos）进行能量代谢。贾第虫门主要包括 3个主要纲，其中 双滴虫纲（diploonadida） 包含着名的 贾第虫（giardia），这也是该门名称的来源。
贾第虫门（taonada）的主要纲
1 双滴虫纲（diploonadida）
特征：
双核结构（两个细胞核对称排列）。
通常有 4对鞭毛（8根），但无高尔基体和典型线粒体。
通过氢化酶体进行厌氧代谢。
主要类群：
giardia（贾第虫）：
g blia（蓝氏贾第虫）——人类肠道寄生虫，致贾第虫病（腹泻）。
g uris（鼠贾第虫）——啮齿类寄生虫。
spironucle（旋核虫）：
s salonis——鱼类寄生虫，致“旋核虫病”。
hexaita（六鞭虫）：
h fta——鸟类和鱼类肠道共生或致病。
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2 副基体纲（parabasalia / parabasa）
特征：
具 轴杆（axostyle）（微管组成的支撑结构）。
鞭毛数量较多（4根以上），部分种类有副基纤维（parabasal fibers）。
含氢化酶体，部分种类与动物共生或寄生。
主要类群：
trichoonas（毛滴虫）：
t vagalis（阴道毛滴虫）——人类性传播病原体。
t gallae（禽毛滴虫）——鸟类致病。
trichonypha（毛滴虫样共生体）：
白蚁肠道共生，协助纤维素消化。
3 锐滴虫纲（carpedieonadida）
特征：
单核，具 2根鞭毛（1根向前，1根向后）。
自由生活于淡水或海洋沉积物，无寄生性。
代表类群：
carpedieonas（锐滴虫）——形态简单，无致病性。
争议或待定类群
retortaonadida（曲滴虫纲）：
曾归入贾第虫门，但部分研究认为其更接近 异鞭毛门（heterolobosea）。
代表：retortaonas（蛙类肠道寄生虫）。
anaeraoebidae（厌氧阿米巴类）：
无鞭毛的厌氧变形虫，分类地位未定。
生态与医学意义
人类病原体：
giardia blia 是全球常见的腹泻病原体（水源传播）。
trichoonas vagalis 是性传播疾病（滴虫病）的病原体。
共生关系：
trichonypha 等与白蚁共生，协助木质素分解。
原生生物中变形虫类之裸变形虫门：
裸变形虫门（aoebozoa）是一大类伪足运动的原生生物，包括自由生活、寄生及黏菌样（多细胞聚集）种类。根据最新的分子系统学研究，裸变形虫门主要分为 2个亚门 和 多个纲，以下是详细分类：
裸变形虫门（aoebozoa）的主要分类
1 叶足亚门（lobosa）
特征：具 叶状伪足（lobopodia），无鞭毛期，单核或多核。
特征：典型变形虫运动，伪足呈圆柱状。
代表类群：
aoeba（变形虫）——如 a prote（大变形虫）。
chaos（多核变形虫）——如 c carolense。
dictyosteliu（盘基网柄菌）——黏菌样，研究细胞分化的模式生物。
2 棘变纲（acanthopodida / dissea）
特征：扁平体态，伪足短而宽（扇形或片状）。
代表类群：
acanthaoeba（棘阿米巴）——
a castelnii（卡氏棘阿米巴）——可致角膜炎和脑炎。
vannel（扇形变形虫）——淡水常见。
3 鳞变纲（fbellea）
特征：体薄如片，伪足呈扇形扩展。
代表：
fbel——海洋沉积物中的扁平变形虫。
2 锥足亚门（nosa）
特征：伪足细长（丝状或锥形），部分类群有鞭毛期或黏菌样生活史。
4 黏菌纲（ycetozoa / euycetozoa）
特征：多细胞聚集形成子实体（黏菌）。
主要类群：
盘基黏菌目（dictyosteliida）——如 dictyosteliu（社会性黏菌）。
原柱黏菌目（protosteliida）——简单子实体，如 protosteliu。
绒泡黏菌目（physarida）——如 physaru（绒泡菌），研究智能行为的模式生物。
5 原变纲（archaoebea）
特征：厌氧生活，无典型线粒体（含氢化酶体）。
代表：
entaoeba（内阿米巴）——
e histolytica（痢疾阿米巴）——致阿米巴痢疾和肝脓肿。
astigaoeba（鞭毛变形虫）——具短暂鞭毛期。
6 细变纲（vapyrellida）
特征：伪足细长如丝，部分为寄生性。
代表：
vapyrel（吸血鬼变形虫）——穿透藻类细胞壁吸食内容物。
争议或待定类群
cutosea：
具坚硬表膜的海洋变形虫，分类地位未完全确定。
hiatisnida：
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如 chliopodiu（螺足虫），可能独立成纲。
生态与医学意义
病原体：
entaoeba histolytica（痢疾阿米巴）——全球第二大寄生虫致死病因。
acanthaoeba——致角膜炎（隐形眼镜使用者高风险）。
生态角色：
自由生活种类是土壤和水体中的关键微生物捕食者。
科研模型：
dictyosteliu 和 physaru 用于研究细胞分化及生物计算。
原生生物中原生藻类之灰藻门：
在原生生物分类系统中，“灰藻门”（guphyta）是一个独立的小门，属于原始色素体生物（archaepstida），与红藻门（rhodophyta）和绿色植物（viridipntae）共同构成光合真核生物的早期分支。灰藻门因其独特的蓝藻内共生体（蓝小体，cyanelles）而着名，保留了类似蓝细菌的细胞壁结构（含肽聚糖）。
灰藻门（guphyta）的分类
灰藻门物种稀少，目前仅确认 1个纲 和 少数几个属，具体如下：
1 灰藻纲（guphyceae）
特征：
含有蓝小体（cyanelles），其光合作用器类似蓝细菌，但受宿主调控。
细胞壁含肽聚糖（与蓝细菌类似，区别于其他真核藻类）。
无鞭毛（少数物种游动阶段具临时鞭毛）。
下属目与代表属：
1 灰藻目（gucystales）
灰藻属（gucystis）：淡水生，群体或单细胞，如 gucystis nostochearu。
蓝胞藻属（cyanophora）：游动单细胞，如 cyanophora paradoxa（模式生物）。
2 未定目（可能的新类群）
guonas：近年发现的微小游动种类。
灰藻门的系统学地位
演化意义：灰藻是研究内共生理论的关键类群，其蓝小体保留了部分蓝细菌特征（如肽聚糖壁），但基因组已显着缩减。
生态分布：主要生活在淡水环境（湖泊、溪流），罕见。
红藻门（rhodophyta）的分类
红藻门（rhodophyta）是一类无鞭毛、光合真核生物，属于原始色素体生物（archaepstida），与灰藻门（guphyta）和绿色植物（viridipntae）共同构成光合真核生物的早期分支。红藻主要分布在海洋环境，少数生活在淡水或潮湿陆地。
红藻门的分类（截至最新研究）
红藻门传统上分为 2个亚门（部分系统学修订可能调整），包含 7个纲，具体如下：
1 原红藻亚门（protoflorideae / cyanidiophyta）
特征：最原始的红藻，单细胞或简单多细胞，适应极端环境（如温泉、酸性水域）。
（1） 红球藻纲（cyanidiophyceae）
代表属：
cyanidioschyzon（红球藻，研究细胞周期的模式生物）
cyanidiu（嗜酸热泉红藻）
galdieria（耐高温、重金属污染）
2 真红藻亚门（eurhodophyta）
特征：大多数红藻属于此亚门，包括单细胞、丝状、叶状及钙化种类。
（2） 紫菜纲（bangiophyceae）
特征：简单多细胞或单细胞，部分具经济价值。
代表属：
porphyra（紫菜，如 porphyra yezoensis，用于制作“海苔”）
bangia（红毛菜）
（3） 真红藻纲（florideophyceae）
特征：复杂多细胞结构，具三阶段生活史（配子体、果孢子体、孢子体），多数海洋种类。
主要目及代表：
石花菜目（gelidiales）：gelidiu（石花菜，用于提取琼脂）
江蓠目（graciriales）：graciria（江蓠，食用及工业用）
珊瑚藻目（rallales）：ralla（钙化红藻，形成珊瑚礁）
红皮藻目（rhodyniales）：rhodynia（红皮藻）
（4） 复球藻纲（psopogonophyceae）
特征：淡水或半咸水红藻，细胞壁含特殊多糖。
代表属：psopogon（复球藻）
（5） 红枝藻纲（rhodellophyceae）
特征：单细胞或简单多细胞，部分种类具鞭毛（罕见）。
代表属：rhodel
（6） 隐红藻纲（styloneahyceae）
特征：微小丝状或单细胞，部分寄生或共生。
代表属：stylonea
（7） 拟红藻纲（porphyridiophyceae）
特征：单细胞或群体，无细胞壁或具胶质鞘。
代表属：porphyridiu（用于生物燃料研究）
原生生物中opisthokonta基础类群之领鞭毛虫门：
领鞭毛虫门（choanofgelta）的分类
领鞭毛虫门（choanofgelta）是一类单细胞或群体的原生生物，属于后鞭毛生物（opisthokonta），与动物界（anialia）和真菌界（fungi）亲缘关系密切。它们是研究动物起源的关键类群，因其形态与海绵动物的领细胞（choanocytes）高度相似。
领鞭毛虫门的分类（最新系统）
领鞭毛虫门目前分为 3个纲，依据细胞结构、生活方式和分子系统发育划分：
1 领鞭毛虫纲（choanofgeltea / craspedida）
特征：
单细胞或简单群体，具一圈微绒毛（领状结构） + 1根鞭毛。
自由生活，淡水或海洋环境。
主要目及代表属：
领鞭毛虫目（choanofgellida）
onosiga（单领鞭毛虫，模式生物）
salpgoeca（管领鞭毛虫，具胶质鞘）
proterospongia（群体领鞭毛虫，类似海绵胚胎）
2 阿坎托鞭毛纲（acanthoecida）
特征：
海洋为主，部分附着藻类或碎屑。
代表属：
acanthoeca（具刺状鳞片）
diaphanoeca（透明篮状结构）
stephanoeca（冠状领鞭毛虫）
3 原领鞭毛纲（proteroonadida，争议类群）
特征：
部分种类寄生或共生，鞭毛基体结构特殊。
分类地位未完全确定，可能独立于领鞭毛虫门。
代表属：
proteroonas（肠道共生鞭毛虫）
核形虫门（nucleariida）的分类
核形虫门（nucleariida）是一类无鞭毛、变形虫状的原生生物，属于后鞭毛生物（opisthokonta），与真菌界（fungi）亲缘关系极近，是研究真菌起源的重要类群。核形虫通常生活在淡水或潮湿土壤中，以吞噬细菌或有机物为生。
核形虫门的分类（最新系统）
核形虫门目前仅包含 1个纲，但根据分子系统学可能进一步细分：
1 核形虫纲（nucleariida）
特征：
无细胞壁，依靠伪足（丝状或叶状）运动与摄食。
细胞核显着，线粒体具扁平嵴（类似真菌）。
自由生活，部分种类可能共生或寄生。
主要属：
nuclearia（模式属，淡水变形虫状）
nuclearia therophi（耐高温种类）
nuclearia delicatu（常见于淡水）
fonticu（群体黏菌样，形成子实体）
fonticu alba（研究多细胞演化的模型）
鱼孢菌门（ichthyosporea）的分类
鱼孢菌门（ichthyosporea，或称 soycetozoea）是一类寄生或共生的后鞭毛生物（opisthokonta），介于动物界（anialia）和真菌界（fungi）之间，主要感染鱼类、两栖类和无脊椎动物。
鱼孢菌门的分类（最新系统）
目前，鱼孢菌门分为 2个纲，依据宿主类型、生活史和分子系统发育划分：
1 鱼孢菌纲（ichthyophonida）
特征：
专性寄生，主要感染鱼类（如鲑鱼、鳕鱼），引起“鱼孢菌病”（ichthyophoniasis）。
生活史复杂，包括多核变形体（psodiu）和厚壁孢子阶段。
代表属：
ichthyophon（模式属，如 ichthyophon hoferi，危害渔业）
creoliax（感染海洋无脊椎动物）
2 外毛菌纲（erida）
特征：
寄生在甲壳类、昆虫和环节动物的肠道或体表。