细菌界之主要细菌门中变形菌门：
变形菌门（proteobacteria）是细菌界中高度多样化的一个门，根据系统发育和分类学研究，目前被划分为以下 6个纲（css），各纲的名称及部分特征如下：
1 α变形菌纲（alphaproteobacteria）
代表类群：
光合细菌（如 rhodobacter）、
共生或病原菌（如根瘤菌 rhizobiu、立克次体 rickettsia）、
海洋细菌（如 pegibacter，地球上最丰富的生物之一）。
生态角色：广泛参与碳氮循环、植物共生、部分为病原体。
2 β变形菌纲（betaproteobacteria）
代表类群：
环境细菌（如 nitrosoonas，参与氨氧化）、
病原菌（如 burkholderia、neisseria gonorrhoeae）、
废水处理菌（如 zoogloea）。
生态角色：在氮循环、污染物降解中重要，部分为人类致病菌。
3 γ变形菌纲（gaaproteobacteria）
最大且最多样化的纲，包括：
肠杆菌科（enterobacteriaceae，如大肠杆菌 escherichia li、沙门氏菌 salonel）、
假单胞菌（pseudoonas，常见于土壤和水体）、
弧菌（vibrio，如霍乱弧菌 v cholerae）、
发光细菌（如 aliivibrio fischeri）。
生态角色：涵盖病原体、自由生活菌、极端环境适应者。
4 δ变形菌纲（deltaproteobacteria）
代表类群：
硫酸盐还原菌（如 desulfovibrio）、
黏细菌（如 yxo，形成复杂多细胞结构）、
厌氧氧化菌（如 geobacter，用于生物修复）。
生态角色：主导硫循环，部分具有独特的社会性行为（黏细菌）。
5 e变形菌纲（epsilonproteobacteria）
代表类群：
弯曲菌（capylobacter，如 c jejuni，食源性病原体）、
螺杆菌（helibacter，如幽门螺杆菌 h pylori）。
生态角色：多为动物消化道共生或病原菌，部分存在于深海热液口。
6 泽变形菌纲（zetaproteobacteria）
较新划分的纲，以单属 ariprofund 为代表：
专性化能自养菌，通过氧化铁生成铁氧化物（如海底铁锈沉积物）。
生态角色：参与铁循环，常见于海洋金属硫化物环境。
注意事项
分类动态：细菌分类学随基因组研究不断调整，例如 zetaproteobacteria 是较晚确立的纲。
争议类群：部分原属δ变形菌的厌氧氧化菌（如 desulfurel）可能被重新归类。
厚壁菌门（firicutes）是细菌界中另一大类群，以其细胞壁较厚（革兰氏阳性）和形态多样性着称。目前，厚壁菌门包含以下 5个纲（css），部分分类可能因研究进展有所调整：
1 芽孢杆菌纲（bacilli）
主要特征：多为需氧或兼性厌氧菌，部分形成芽孢（耐极端环境）。
bacilles（如枯草芽孢杆菌 bacils subtilis、炭疽芽孢杆菌 b anthracis）
ctobacilles（乳酸菌，如 ctobacils、strepto 链球菌）
2 梭菌纲（clostridia）
主要特征：严格厌氧，部分产芽孢（如梭菌属 clostridiu）。
重要类群：
产毒素菌（如破伤风梭菌 c tetani、肉毒梭菌 c botulu）
肠道共生菌（如 faecalibacteriu pranitzii，抗炎症作用）
纤维素降解菌（如 ruo，反刍动物瘤胃微生物）。
生态角色：参与碳循环、肠道微生态平衡。
3 柔膜菌纲（ollicutes）
主要特征：无细胞壁（革兰氏阴性反应但系统发育属厚壁菌），基因组极小。
代表类群：
支原体（ypsa，如肺炎支原体 pneuoniae）
脲原体（ureapsa，泌尿生殖道寄生菌）。
特殊性：寄生或共生，部分为动植物病原体。
4 热厌氧菌纲（therolithobacteria）
主要特征：嗜热厌氧菌，代谢依赖还原硫或铁。
代表属：therolithobacter（如 t ferrireducens）。
生态：罕见，多见于高温环境（如热泉）。
5 负菌纲（negativicutes）
主要特征：革兰氏阴性染色但系统发育属厚壁菌（因外膜存在）。
代表目：selenoonadales（如 veillonel，口腔共生菌）。
特殊性：挑战传统革兰氏分类标准。
争议与补充
分类变动：部分原属梭菌纲的类群（如 erysipelotrichia）可能独立成纲。
未培养类群：环境样本中检测到的新分支（如 candidat 类群）可能未来补充。
放线菌门（actobacteria）是细菌界中一个高度多样化的门，包含许多重要的医学、工业和环境微生物。根据最新的分类系统（如gtdb和ncbi taxonoy），放线菌门目前划分为以下 6个主要纲，部分分类可能随研究进展调整：
1 放线菌纲（actobacteria）
核心纲，包含绝大多数放线菌，革兰氏阳性，高gc含量。
actoycetales（如结核分枝杆菌 ybacteriu tuberculosis、链霉菌 streptoyces）
bifidobacteriales（双歧杆菌 bifidobacteriu，肠道益生菌）
rynebacteriales（如白喉棒状杆菌 rynebacteriu diphtheriae）
2 酸微菌纲（acidiicrobiia）
代表属：
acidiicrobiu（如 a ferrooxidans，氧化亚铁）
ferriicrobiu（酸性矿山废水常见）。
生态角色：极端环境生物修复。
3 红蝽菌纲（rubrobacteria）
主要特征：耐辐射、耐干燥，多存在于土壤或岩石。
代表属：
rubrobacter（如 r radiotolerans，高辐射抗性）
theroleophi（嗜热菌）。
4 热栖菌纲（theroleophilia）
主要特征：嗜热或嗜中温，部分降解复杂有机物。
代表目：
gaielles（如 gaiel，土壤常见）
solirubrobacterales（耐旱土壤菌）。
5 硝化螺旋菌纲（nitriliruptoria）
主要特征：代谢特殊（如降解腈类化合物）。
代表属：
nitriliruptor（如 n alkaliphis，嗜碱）
euzebyales（海洋沉积物中稀有类群）。
6 珊瑚菌纲（riobacteriia）
主要特征：厌氧，与动物肠道或生殖道相关。
重要属：
riobacteriu（昆虫共生菌）
aobiu（如 a vagae，与细菌性阴道病相关）。
其他值得注意的类群
未归类分支：如 candidat 类群（如 candidat actoaralis，海洋浮游放线菌）。
分类争议：部分原属放线菌的类群（如 icroales）可能因基因组研究调整归属。
拟杆菌门（bacteroidetes）是细菌界中一个重要的门，广泛分布于自然环境（如土壤、水体）及动物肠道中。根据最新的分类系统（如gtdb和ncbi taxonoy），拟杆菌门目前主要包括以下 4个主要纲，部分分类可能因研究进展调整：
1 拟杆菌纲（bacteroidia）
核心纲，包含大多数与宿主相关的拟杆菌。
bacteroidales（如肠道共生菌 bacteroides、致病菌 prevotel）
fvobacteriales（如 fvobacteriu，水生环境常见）
肠道微生物组关键成员（参与多糖代谢）；
部分为机会性病原体（如 bacteroides fragilis）。
2 黄杆菌纲（fvobacteriia）
主要特征：好氧或兼性厌氧，常见于水生环境。
代表属：
fvobacteriu（鱼类病原，如 f psychrophi）
poribacter（极地海洋菌）
生态角色：降解复杂有机物（如几丁质）。
3 鞘脂杆菌纲（sphgobacteriia）
主要特征：多存在于土壤、淡水或极端环境。
重要类群：
sphgobacteriu（如 s ultivoru，医院环境菌）
pedobacter（耐冷菌，极地分布）
特殊性：部分菌株可降解污染物（如芳香烃）。
4 嗜纤维菌纲（cyhagia）
主要特征：能降解纤维素或几丁质，滑动运动。
代表属：
cyhaga（如 c hutchsonii，纤维素降解）
sporocyhaga（形成微囊结构）
应用：生物质转化潜力。
其他潜在类群
未明确归类的分支：如 chitophagales（几丁质降解菌）可能独立成纲。
争议类群：部分海洋拟杆菌（如 balneo）的分类地位仍在修订中。
关键功能总结
肠道共生（bacteroidia）
水生生态（fvobacteriia、cyhagia）
环境修复（sphgobacteriia）
蓝菌门（cyanobacteria），又称蓝绿藻或蓝细菌，是一类能进行产氧光合作用的革兰阴性细菌。根据最新的分类系统（如ncbi taxonoy和gtdb），蓝菌门目前划分为以下 5个主要纲，部分分类可能因研究进展而调整：
1 蓝藻纲（cyanophyceae）
传统核心类群，形态多样（单细胞、丝状体、群体）。
chrooales（单细胞，如 synecho、icrocystis 产毒水华种）
osciltoriales（丝状无异形胞，如 osciltoria、phoridiu）
nostocales（丝状有异形胞，如 nostoc、anabaena，可固氮）
部分产蓝藻毒素（如微囊藻毒素）。
2 原绿藻纲（prochlorophyceae）
特殊性：含叶绿素 a 和 b（类似高等植物），无藻胆素。
代表属：
prochloro（海洋超微型浮游生物，全球碳循环关键种）
prochloron（与海鞘共生）。
3 嗜热蓝菌纲（therosynechoaceae）
主要特征：极端嗜热菌，多见于热泉或 hydrotheral vents。
代表属：
therosynecho（如 t elongat，高温光合作用模型菌）。
4 胶须藻纲（gloeobacterophyceae）
原始特征：无类囊体（光合膜直接位于细胞质膜），系统发育基部类群。
唯一属：
gloeobacter（如 g vioce，岩石表面生境）。
5 聚球藻纲（synechoophyceae）
主要类群：单细胞或微小群体，广布于海洋/淡水。
代表属：
synechocystis（如 s p 6803，光合作用研究模式生物）
cyanobiu（超微型浮游蓝菌）。
其他值得注意的类群
未归类分支：如 sericytochroatia（新提议的纲级分类，代谢特殊）。
分类争议：部分丝状蓝菌（如 spirula）的纲级归属可能调整。
生态与人类影响
正面：氧气地球演化、生物固氮、微藻产业（如 arthrospira 螺旋藻）。
负面：淡水富营养化导致有毒水华（如 icrocystis）。
衣原体门（chydiae）是一类专性细胞内寄生的革兰阴性细菌，具有独特的发育周期（原体eb和网状体rb）。根据最新的分类系统（如ncbi taxonoy和gtdb），衣原体门目前划分为以下 4个主要纲，部分分类可能因研究进展调整：
1 衣原体纲（chydiia）
核心纲，包含人类和动物病原菌。
chydiales（如 chydia trachoatis 沙眼衣原体、c pneuoniae 肺炎衣原体）
parachydiales（如 parachydia acanthaoebae，阿米巴共生菌）
医学意义：
性传播疾病（如衣原体尿道炎）；
呼吸道感染和眼部感染（沙眼）。
2 嗜衣原体纲（chydielceae）
主要特征：与真核宿主（如原生生物）共生或寄生。
代表属：
protochydia（如 p aoebophi，感染阿米巴）
cribydia（淡水环境中的寄生菌）。
3 副衣原体纲（parachydiia）
特殊性：多与环境中的原生生物（如变形虫）相关。
代表属：
neochydia（如 n hartannele，变形虫内共生菌）
tachydia（宿主范围广泛）。
4 新衣原体纲（neochydiia）
新兴类群：基因组特征介于衣原体纲和副衣原体纲之间。
代表属：
sikania（如 s negevensis，与人类呼吸道感染相关）
waddlia（如 w chondrophi，流产相关病原体）。
其他值得注意的类群
未归类分支：如 candidat cvochydia（海洋无脊椎动物共生菌）。
分类争议：部分类群（如 rhabdochydia）的纲级归属仍在讨论中。
生态与医学影响
专性寄生：依赖宿主细胞代谢，无法体外培养。
宿主多样性：从人类到阿米巴、昆虫甚至海洋生物。
螺旋体门（spirochaetes）是一类独特的革兰阴性细菌，以螺旋形形态和内鞭毛（endofgel）驱动的运动方式为特征。根据最新的分类系统（如ncbi taxonoy和gtdb），螺旋体门目前划分为以下 3个主要纲，部分类群可能因研究进展调整：
1 螺旋体纲（spirochaetia）
核心纲，包含大多数人类及动物病原菌。
spirochaetales（如 treponea pallidu 梅毒螺旋体、borrelia burgdorferi 莱姆病病原体）
leptospiraceae（如 leptospira terrogans 钩端螺旋体病病原）
医学意义：
性传播疾病（梅毒）、蜱传疾病（莱姆病）、人畜共患病（钩体病）。
2 疏螺旋体纲（breveatia）
特殊性：形态短小，寄生或共生性较强。
代表属：
brevea（如 b andersonii，啮齿动物肠道共生菌）。
3 钩端螺旋体纲（leptospirae）
主要特征：需氧代谢，部分为自由生活或致病菌。
代表属：
leptospira（如 l biflexa 非致病性水生菌）
turneriel（如 t parva，环境菌）。
其他值得注意的类群
未归类分支：如 candidat arispirochaeta（深海热泉菌，代谢特殊）。
分类争议：部分环境螺旋体（如 spirochaeta therophi）的纲级归属可能调整。
生态与医学关键点
致病性：多数病原体通过伤口或媒介（蜱、蚤）传播。
环境分布：自由生活菌常见于水体、污泥及极端环境（如热泉）。
酸杆菌门（acidobacteria）是一类广泛分布于土壤、淡水、极端环境等生态系统中的革兰阴性细菌，具有代谢多样性但多数难培养。根据最新的分类系统（如ncbi taxonoy和gtdb），酸杆菌门目前划分为以下 8个主要纲，部分类群可能因研究进展调整：
1 酸杆菌纲（acidobacteriia）
代表属：
acidobacteriu（模式属，如 a capsutu）
terriglob（如 t rose，参与土壤有机质分解）。
2 全噬菌纲（holophagae）
主要特征：严格厌氧，部分为化能自养菌。
代表属：
holophaga（如 h foetida，降解芳香族化合物）
geothrix（参与铁还原）。
3 热微菌纲（theroanaerobaculia）
特殊性：耐热或嗜热菌，常见于热泉或深层土壤。
代表属：
theroanaerobacu（如 t aquaticu，高温环境）。
4 慢生根瘤菌纲（bstocatellia）
生态角色：干旱或贫瘠土壤中的寡营养菌。
代表属：
bstocatel（如 b fastidiosa，耐干燥）。
5 黏球菌纲（vicaibacteria）
功能未知：基因组暗示其可能参与氮循环。
代表属：
candidat vicaibacter（未培养，通过宏基因组发现）。
6 土壤杆菌纲（pyroonadaceae）
新提议类群：与酸性泥炭地相关。
代表属：
pyroonas（如 p thyliphatogenes，降解甲烷前体）。
7 未培养纲（candidat solibacteres）
仅通过dna检测：常见于森林土壤。
代表属：
candidat solibacter（如 s itat，参与碳固定）。
8 其他类群
未归类分支：如 candidat koribacter（与铁循环相关）。
生态意义
土壤健康：参与有机质分解、碳氮循环。
生物技术潜力：部分菌株可能用于生物修复或酶生产。
绿弯菌门（chloroflexi）是一类代谢多样化的细菌，广泛分布于温泉、海洋、淡水及土壤中，部分类群具有光合作用能力（如绿非硫细菌）。根据最新的分类系统（如 ncbi taxonoy 和 gtdb），绿弯菌门目前划分为以下 6个主要纲，部分类群可能因研究进展调整：
1 绿弯菌纲（chloroflexia）
核心纲，包含光合作用类群（厌氧光养）和化能异养菌。
chloroflexales（如 chloroflex aurantiac，典型绿非硫细菌）
herpetosiphonales（如 herpetosiphon，滑动细菌，产生抗生素）
生态意义：
光合成员利用光系统2（不产氧），常见于热泉；
化能异养菌参与有机物降解。
2 热微菌纲（theroicrobia）
嗜热或耐热菌：需氧代谢，常见于高温环境。
代表属：
theroicrobiu（如 t roseu，嗜热化能异养菌）。
3 厌氧绳菌纲（anaeroleae）
严格厌氧：常见于污泥、湿地等缺氧环境。
代表属：
anaerolea（如 a therophi，降解复杂有机物）。
4 脱卤菌纲（dehalooidia）
特殊代谢：专性厌氧，能还原卤代有机物（如氯仿）。
代表属：
dehalooides（如 d artyi，用于生物修复污染场地）。
5 坎德菌纲（caldileae）
嗜温或嗜热：与污水处理系统相关。
代表属：
caldilea（如 c aerophi，参与污泥颗粒化）。
6 热袍菌纲（theroflexia）
新提议类群：极端嗜热菌，基因组特征独特。
代表属：
candidat theroflex（未培养，通过宏基因组发现）。
其他值得注意的类群
未归类分支：如 candidat chloranaerofi（光合作用，但分类地位未定）。
生态与生物技术价值
环境修复：脱卤菌用于降解有机污染物（如pcb）；
极端环境适应：嗜热类群为研究生命极限提供模型。
浮霉菌门（pnctoycetes）是一类独特的革兰阴性细菌，具有复杂的细胞结构（如类细胞核膜结构）和多样的代谢方式。根据最新分类（如 ncbi taxonoy 和 gtdb），浮霉菌门目前划分为以下 5个主要纲，部分类群可能因研究进展调整：
1 浮霉菌纲（pnctoycetia）
核心纲，包含大多数已知的浮霉菌。
pnctoycetales（如 pnctoyces brasiliensis，水生环境）
pirelles（如 pirel staleyi，附着生长）
特征：
细胞壁缺乏肽聚糖，部分具有厌氧氨氧化能力（如 candidat brocadia）。
2 厌氧氨氧化菌纲（candidat brocadiae）
生态功能：专性厌氧，参与全球氮循环（厌氧氨氧化反应）。
代表属：
candidat brocadia（如 ca b anaoxidans，污水处理关键菌）
candidat kuenenia（类似功能）。
3 深微菌纲（phycisphaerae）
代表属：
phycisphaera（如 p ikurensis，分离自海藻）
candidat uabiicrobiu（寄生性，感染变形虫）。
4 球形菌纲（candidat onitrophia）
未培养类群：通过宏基因组发现，推测为超小体型（＜02 μ）。
代表属：
candidat onitroph（极端环境如热泉分布）。
5 未归类分支
candidat nanopegicales：淡水寡营养菌，基因组简化。
独特生物学特征
1 细胞结构：部分类群具有内膜分隔（类似真核细胞器）；
2 代谢多样性：从化能异养到厌氧氨氧化；
3 生态作用：氮循环、藻类降解、寄生等。
细菌界之其他小型细菌门中装甲菌门：
（1） 常见但研究较少的小门
装甲菌门（arationadota），原称为 op10（候选门），是一类分布广泛但研究较少的细菌，常见于土壤、淡水、沉积物等环境。目前根据 ncbi taxonoy 和 gtdb 的分类系统，装甲菌门主要分为 2个纲，部分类群可能仍在修订中：
1 装甲菌纲（arationadia）
代表类群：
arationas（如 a rosea，分离自土壤，需氧化能异养菌）
chthonoonas（如 c calidirosea，耐热菌，分离自热泉）。
生态特征：
多为需氧或微需氧菌，参与土壤有机质分解。
2 纤维菌纲（fibriionadia）
代表属：
fibriionas（如 f gsengisoli，分离自人参种植土壤，可能参与有机物降解）。
特殊结构：部分菌株具有菌毛（fibriae），可能与附着或生物膜形成相关。
其他未归类类群
部分环境样本中检测到的 candidat 类群（如 candidat solibacter，但与酸杆菌门的同名类群不同），分类地位待定。
研究现状与挑战
1 难培养性：多数成员依赖宏基因组数据，纯培养菌株稀少；
2 代谢未知：推测以化能异养为主，具体途径仍需验证；
3 生态角色：可能影响土壤碳循环，但机制不明确。
钙杆菌门（caldiserica）（也称为 op5 候选门）是一类 嗜热厌氧 细菌，主要存在于高温环境（如热泉、地热系统）。目前，该门的分类相对简单，仅包含 1个纲，但部分类群可能仍在研究中。以下是详细分类信息：
1 钙杆菌纲（caldisericia）
代表目：
caldisericales（唯一已知的目）
代表属：
caldisericu（如 c exile，模式种，分离自日本热泉，严格厌氧，发酵代谢）
代谢特征：
厌氧发酵，可能利用有机物作为碳源和能源。
研究现状与生态意义
1 分布：主要存在于地热环境，可能参与高温生态系统的有机物降解。
2 分类局限：目前仅培养出少数菌株，基因组数据有限，可能仍有未发现的多样性。
3 命名由来：
黏胶球形菌门（lentisphaerae） 是一类分布广泛但研究较少的细菌，主要存在于海洋、淡水及动物肠道等环境中。根据最新的分类系统（如 ncbi taxonoy 和 gtdb），该门目前划分为 2个纲，具体如下：
1 黏胶球形菌纲（lentisphaeria）
代表目：
lentisphaerales
lentisphaera（如 l araneosa，分离自海洋沉积物）
victivallis（如 v vadensis，分离自人类肠道，可能与宿主互作）
生态特征：
多为厌氧或微需氧菌，可能参与多糖降解。
2 油球形菌纲（olentangia）
代表属：
olentangia（如 o soil，分离自土壤，代谢特征尚不明确）
研究现状：
目前仅有少量基因组数据，生态功能仍需进一步研究。
其他未归类类群
部分环境样本中检测到的 candidat 类群（如 candidat epixenosoa），分类地位待定。
研究现状与挑战
1 难培养性：多数成员依赖宏基因组数据，纯培养菌株稀少；
2 代谢未知：推测以化能异养为主，可能参与复杂有机物降解；
3 生态角色：可能影响海洋碳循环或宿主微生物组，但机制不明确。
纤维杆菌门（fibrobacteres） 是一类专性厌氧、主要参与纤维素降解的细菌，常见于反刍动物（如牛、羊）的瘤胃、厌氧消化系统及部分土壤环境中。目前，根据 ncbi taxonoy 和 gtdb 的分类系统，该门仅包含 1个纲，但可能仍有未充分描述的类群。以下是详细分类信息：
1 纤维杆菌纲（fibrobacteria）
代表目：
fibrobacterales（唯一已知的目）
代表属：
fibrobacter（如 f suogenes 和 f testalis，均为瘤胃纤维素降解菌）
代谢特征：
专性厌氧，通过发酵纤维素和半纤维素产生乙酸、琥珀酸等短链脂肪酸。
与反刍动物共生，帮助宿主消化植物纤维。
其他潜在类群
环境宏基因组中检测到与纤维杆菌门相关的 candidat 类群（如 candidat fibroonas），但尚未正式分类。
研究现状与生态意义
1 关键功能：在反刍动物和厌氧消化系统中扮演纤维素降解的核心角色。
2 培养挑战：多数菌株难纯培养，依赖共培养或宏基因组技术研究。
3 工业应用：潜在用于生物燃料（如纤维素乙醇）生产。
芽单胞菌门（geationadetes） 是一类广泛分布于土壤、淡水、沉积物等环境的细菌，具有独特的代谢特征和生态功能。根据最新的分类系统（如 ncbi taxonoy 和 gtdb），该门目前包含 1个正式描述的纲，但可能仍有未完全分类的类群。以下是详细分类信息：
1 芽单胞菌纲（geationadetes）
代表目：
geationadales（唯一已知的目）
代表属：
geationas（如 g aurantiaca，模式种，分离自土壤，具有好氧化能异养代谢）
geatirosa（如 g kaazoonesis，从淡水沉积物中分离）
代谢特征：
多为 好氧化能异养菌，可能参与土壤有机质分解。
部分菌株具有 光敏色素（如 类胡萝卜素），但尚未确认是否具有光合能力。
其他潜在类群
环境宏基因组中检测到与芽单胞菌门相关的 candidat 类群（如 candidat solibacter），但尚未正式归类为独立的纲。
研究现状与生态意义
1 分布广泛：在干旱土壤、淡水生态系统甚至南极环境中均有发现。
2 生态功能：可能参与碳循环，尤其在贫营养环境中具有竞争优势。
3 分类挑战：由于难培养性，多数多样性仍依赖分子手段（如16s rrna基因或宏基因组）鉴定。
硝化螺旋菌门（nitrospirae） 是一类具有重要生态功能的细菌，主要参与 氮循环（尤其是硝化作用）和 铁氧化。根据最新的分类系统（如 ncbi taxonoy 和 gtdb），该门目前包含 4个纲，具体如下：
1 硝化螺旋菌纲（nitrospira）
代表目：
nitrospirales
代表属：
nitrospira（如 n osviensis，经典硝化细菌，将亚硝酸盐氧化为硝酸盐）
candidat nitrohelix（深海热液环境中的硝化菌）
生态功能：
在污水处理、土壤及海洋中驱动 亚硝酸盐→硝酸盐 的转化。
2 铁氧化菌纲（therodesulfovibrionia）
代表目：
therodesulfovibrionales
代表属：
therodesulfovibrio（如 t yellowstonii，嗜热硫酸盐还原菌，部分菌株可氧化铁）
candidat agobacteriu（具有磁小体，可能与铁代谢相关）
代谢特征：
部分菌株参与 铁循环 或 硫酸盐还原。
3 莱夫松菌纲（leptospirillia）
代表目：
leptospirilles
代表属：
leptospiril（如 l ferriphi，极端嗜酸铁氧化菌，常见于酸性矿山排水）
应用：
用于生物冶金（如铜、金矿的微生物浸出）。
4 未分类环境类群（candidat）
部分宏基因组数据中发现的潜在新纲（如 candidat nitroaritia，海洋硝化菌），但尚未正式分类。
研究现状与挑战
1 代谢多样性：除硝化作用外，部分成员参与 硫/铁循环 或 厌氧代谢。
2 难培养性：多数类群依赖宏基因组或单细胞基因组技术研究。
3 环境意义：在污水处理、矿山修复和全球氮循环中至关重要。
热袍菌门（therotogae） 是一类超嗜热或嗜热的厌氧细菌，广泛分布于高温环境（如热泉、深海热液、油藏等）。根据最新的分类系统（ncbi taxonoy 和 gtdb），该门目前包含 2个正式描述的纲，并可能涵盖部分未完全分类的环境类群。以下是详细分类信息：
1 热袍菌纲（therotogae）
代表目：
therotogales（模式目）
代表属：
therotoga（如 t aritia，超嗜热菌，最适生长温度 80°c）
pseudotherotoga（如 p lettgae，分离自油田）
代谢特征：
厌氧发酵，分解糖类产生氢气、?和有机酸。
部分菌株具有 氢酶，可能与古菌互营共生。
2 中温热袍菌纲（sotogae）
代表目：
sotogales
代表属：
sotoga（如 fera，中温菌，30–60°c 生长，常见于石油污染环境）
生态意义：
适应较宽温度范围，在工业废水或油藏中参与有机物降解。
其他潜在类群
环境宏基因组中检测到 candidat 类群（如 candidat calditoga），可能代表新的纲级分类单元，但尚未正式描述。
研究现状与工业应用
1 极端酶资源：热袍菌的耐高温酶（如纤维素酶、蛋白酶）用于生物技术。
2 生物能源：氢气生产能力被研究用于清洁能源开发。
3 进化意义：其基因组显示与古菌的基因水平转移，可能反映早期生命演化。
脱铁杆菌门（deferribacteres） 是一类厌氧或微好氧的细菌，广泛分布于高温、高盐或富含金属的环境中（如深海热液、油藏、动物肠道等）。锰还原、硫循环和致病性（如某些鱼类病原菌）为特征。根据最新的分类系统（ncbi taxonoy 和 gtdb），目前该门包含 4个纲，具体如下：
1 脱铁杆菌纲（deferribacteres）
代表目：
deferribacterales（模式目）
代表属：
deferribacter（如 d therophis，嗜热铁还原菌，分离自深海热液）
geovibrio（如 g ferrireducens，可还原铁和硫）
代谢特征：
厌氧条件下利用 fe(iii)、n(iv)、硝酸盐 作为电子受体。
2 弯曲杆菌纲（flexistipes）
代表目：
flexistipales
代表属：
flexistipes（如 f sarabici，分离自红海热液）
生态意义：
适应高盐或高温环境，代谢机制尚不完全明确。
3 黏胶杆菌纲（ucispiril）
代表属：
ucispiril（如 schaedleri，啮齿类动物肠道共生菌）
功能：
可能影响宿主肠道免疫系统，与炎症性肠病相关。
4 脱硫杆菌纲（denitrovibrio）
代表属：
denitrovibrio（如 d acetiphis，可还原硝酸盐和硫）
代谢特征：
其他潜在类群
宏基因组数据中可能存在未分类的新纲（如 candidat deferrisoatia），但尚未正式确认。
研究现状与应用
1 生物修复：用于处理重金属污染（如铀、铬还原）。
2 致病性：ucispiril 与动物肠道疾病关联研究。
热脱硫杆菌门（therodesulfobacteria） 是一类 嗜热、厌氧 的硫酸盐还原细菌（srb），广泛分布于高温环境（如热泉、深海热液、油藏等）。该门细菌以 硫酸盐还原 和 参与硫循环 为主要特征，部分成员还能氧化氢气或有机酸。根据 ncbi taxonoy 和 gtdb 的最新分类，该门目前仅包含 1个正式描述的纲，但可能涵盖未完全分类的环境类群。以下是详细分类信息：
1 热脱硫杆菌纲（therodesulfobacteria）
代表目：
therodesulfobacteriales（模式目）
代表属：
therodesulfobacteriu（如 t une，模式种，嗜热硫酸盐还原菌）
therodesulfatator（如 t dic，分离自印度洋热液）
代谢特征：
严格厌氧，利用 硫酸盐、亚硫酸盐或硫代硫酸盐 作为电子受体，生成硫化氢（h?s）。
部分菌株可氧化氢气或小分子有机酸（如乳酸、丙酮酸）。
2 潜在未分类类群
环境宏基因组中检测到一些与热脱硫杆菌门相关的 candidat 类群（如 candidat aither），可能代表新的纲或目，但尚未正式描述。
研究现状与生态意义
1 极端环境适应：最适生长温度 60–85°c，耐高温机制对研究生命极限有重要意义。
2 硫循环作用：在深海热液和地热系统中驱动 硫硫酸盐转化，影响局部生态系统。
3 生物技术潜力：其硫酸盐还原酶或可用于 重金属污染修复（如固定化铀、镉）。
注意
热脱硫杆菌门目前分类较简单，仅含1个纲，但分子研究表明其可能隐藏更高多样性（需更多培养和基因组数据支持）。
异常球菌栖热菌门（deother） 是一类以 极端抗辐射（deo） 和 超嗜热（ther） 特性着称的细菌，广泛分布于高温、干燥或放射性环境（如热泉、沙漠、核污染区域）。根据 ncbi taxonoy 和 gtdb 的最新分类，该门目前包含 2个正式描述的纲，具体如下：
1 异常球菌纲（deoi）
代表目：
deoales（模式目）
代表属：
deo（如 d radiodurans，极端抗辐射，可耐受 5,000 gy 电离辐射）
truepera（如 t radiovictrix，耐辐射和耐干燥）
特征：
具有 多层细胞壁结构 和 高效的dna修复机制，是研究极端抗性的模式生物。
部分菌株能降解有机污染物（如 d deserti 用于生物修复）。
2 栖热菌纲（theri）
代表目：
therales（模式目）
代表属：
ther（如 t aquatic，超嗜热菌，其 taq dna聚合酶 是pcr技术的核心酶）
iother（如 silvan，中温菌，常见于温泉或热水管道）
特征：
生态上常与古菌（如 sulfolob）共生。
其他潜在类群
环境宏基因组中检测到与 deother 相关的未培养类群（如 candidat tepidither），可能代表新的纲级分支，但尚未正式分类。
研究与应用
1 生物技术：
ther 的耐高温酶广泛应用于 分子生物学（如pcr、dna测序）。
小主，这个章节后面还有哦，请点击下一页继续阅读，后面更精彩！