【1402年正月，朱棣率领燕军南下，绕过济南，直接进攻徐州，徐州守将不敢出战，朱棣率军继续南下，渡过淮河，攻克扬州、镇江等重镇，兵临南京城下。
南京是明朝的都城，城防坚固，守军有十余万人，但此时的南京已经人心惶惶，很多官员都知道南军大势已去，纷纷暗中投靠朱棣，朱允炆的亲信大臣齐泰黄子澄早已逃离南京，只有方孝孺等少数大臣还在劝说朱允炆坚守南京，等待援军。
1402年6月13日，朱棣率领燕军抵达南京金川门，负责守卫金川门的谷王朱橞和李景隆，他们打开金川门，迎接燕军进城。
燕军进城后，朱允炆得知消息，惊慌失措，他在宫中与方孝孺等大臣商议对策，方孝孺建议点火焚烧皇宫，以身殉国，朱允炆犹豫了，就在这时，宫中突然起火，火光冲天，浓烟滚滚。
朱棣率军赶到皇宫时，火势已经很大，他派人寻找朱允炆的下落，但只找到几具烧焦的尸体，无法辨认身份。
关于朱允文的下落，成为中国历史上的一大悬案，有人说他在宫中自焚而死，有人说他从皇宫的地道逃走，披发为僧，云游四方。
还有人说他逃到了海外，郑和下西洋就是为了寻找他的下落，朱棣虽然没有找到朱允炆的尸体，但他知道自己已经夺取了皇位。
1402年6月17日，朱棣在南京奉天殿即位，改4年为永乐元年，他站在龙椅上，望着跪拜的文武百官，眼中闪烁着胜利的光芒，4年的靖难之役，他终于成功了。
朱棣即位后，面临的第一个问题就是合法性危机，他是以藩王身份起兵夺取皇位的，很多人都认为他是篡位者，建文旧臣更是对他充满敌意。
为了巩固权力，朱棣不得不采取铁血手段。清洗建文旧臣，方孝孺是建文旧臣中的代表人物，他对朱允炆忠心耿耿，拒绝向朱棣投降。
朱棣召见方孝孺，让他写即位诏书，方孝孺不仅拒绝，还在朝堂上痛斥朱棣篡位，写下“燕贼篡位”四个大字。
朱棣大怒，下令将方孝孺侏十族，除了传统的九族，还包括方孝孺的门生故吏，方孝孺的家人、亲友、学生共873人全部被处死，流放者更是不计其数。
不过，关于朱棣是否真的诛杀了方孝孺十族，历史记载存在分歧，目前学术界普遍认为这一事件可能被后世夸大或虚构，原始史料中缺乏直接证据。
除了方孝孺，还有很多建文旧臣被处死或流放，比如齐泰、黄子澄被凌迟处死，诛三族，练子宁、卓静等大臣也被残酷杀害。
据统计，在朱棣即位后的几年里，被清洗的建文旧臣及其家属超过10万人，这种铁血手段，虽然巩固了朱棣的权力，却也让他留下了暴君的骂名。
很多后世史学家认为，朱棣的清洗过于残酷，违背了儒家的仁政思想，但也有学者认为，在当时的历史背景下，朱棣若不采取强硬手段，很难稳定朝局，毕竟建文旧臣的势力依然强大，为了摆脱篡位者的阴影，朱棣极力塑造自己的正统形象。
他效仿“周公辅成王”的故事，声称自己起兵是为了辅佐朱允炆，清除奸臣，但朱允文自焚而死，他不得不勉为其难即位，以延续大明江山。
他还多次强调自己是朱元璋的正统继承者，恢复朱元璋时期的制度，废除建文年间的苛政，比如减轻赋税，取消井田制，恢复朱元璋时期的官制，比如设立锦衣卫，恢复六部的权限，重修明太祖实录，删除其中对自己不利的内容，增加朱元璋曾想立自己为太子的记载，以证明自己即位的合法性。】
洪武年间的朝堂。
光屏上的画面跳转到金川门，朱元璋的目光骤然凝住。
那是李景隆，是保儿的儿子——他还拍过李景隆的肩膀，说他有乃父之风，能堪大用。可眼下呢？这小子竟敞敞亮亮开了城门，把燕军放进了南京城！旁边还站着个谷王朱橞，哦，是他的儿子！
朱元璋胸腔里的火气“腾”地一下就窜了上来，牙根咬得发酸。
几十万大军啊！朱允炆给李景隆拨了多少粮草兵马？白沟河、夹河、东昌，一仗仗打下来，输得一败涂地！他先前还只当这小子是蠢，是纸上谈兵的赵括，可这会儿再瞧——哪是蠢？怕从一开始就是老四的内应吧！不然怎会次次都败得那么“凑巧”，次次都能给老四留出生机？
朱元璋的眉头皱得更紧。
九江这孩子这是要把保儿的脸面丢尽了！保儿当年跟着他出生入死，骁勇善战，怎么就生了这么个孬种儿子？一门心思投了老四。
他心里骂着李景隆，却又硬生生把话头咽了回去——毕竟跟李景隆一起开门投降的还有他儿子，他咋好意思说别人。
画面又转到朱棣登基，转到那些建文旧臣被押赴刑场。
朱元璋的眼神淡了些，心里没什么波澜。
成王败寇，自古如此。他当年扫平群雄，登基之后清理那些骄兵悍将，手段何曾手软过？老四这么做，不过是为了稳江山，换作是他，也会这么办。没什么好苛责的。
可当光屏上跳出“诛方孝孺十族”的字眼时，朱元璋的眉头还是狠狠拧了起来。
他眯着眼打量那行字，眼底闪过一丝不屑。
十族？哼，定是那些文臣嚼舌根传出来的。老四的性子他清楚，杀伐果断是真，但这般出格的事，未必做得出来。不过也难怪，老四登基后，南征北战，下西洋通海外，哪一桩不是耗钱耗力的大事？那些文臣就喜欢捧着“仁政”的臭脚，见着老四这般强势，不受他们摆布，自然要往死里抹黑。
只是……看着后世史书上把老四写得这般暴戾，朱元璋心里还是有些不痛快。
他的老四，是驰骋沙场的雄鹰，不是什么滥杀无辜的暴君。这些酸儒，就会拿笔墨当刀，专挑这些事往史书上写。
再往后，看到朱棣重修《明太祖实录》，删改对自己不利的记载，还添上什么“太祖欲立燕王为太子”的话，朱元璋气得差点笑出声。
这蠢小子！
靖难都成功了，皇位都坐稳了，还弄这些欲盖弥彰的玩意儿做什么？他起兵夺位，本就是凭着一腔孤勇杀出的血路，是实打实的功绩。这般刻意粉饰，反倒落了下乘，让那些文臣更有话柄可抓。真是聪明一世，糊涂一时！
朱元璋重重地哼了一声，目光重新落回光屏上朱棣端坐奉天殿的身影，心里五味杂陈。
老四终究是成了皇帝，手段是狠了点，性子是犟了点，可这江山，终究还是姓朱。
朱元璋虽然没有说李文忠，但李文忠却垂着头，耳根却烧得滚烫。
方才朱元璋那道沉得能淬出火的目光扫过金川门画面时，他几乎是下意识地绷紧了脊背，恨不得找个地缝钻进去。九江！他的好儿子！竟做出这等开门献城的勾当！
当年他跟着陛下驰骋疆场，刀光剑影里拼出来的曹国公府荣光，竟被这孽子一朝败尽！
李文忠只觉心里头的火气一阵高过一阵。回去！回去定要扒了那臭小子的皮！他李文忠何时出过这等丢人现眼的子孙？几十万大军在手，竟不是领兵破敌，反倒是引狼入室！先前他还真当他是不善领兵呢，现在看来分明是早就存了二心！那些败仗，怕都是故意输的！
他能感觉到身侧同僚投来的目光，有好奇，有讥讽，还有些说不清道不明的打量，像是在说“原来曹国公的儿子，竟是这等货色”。那目光落在身上，比刀子刮着还难受。李文忠猛地吸了口气，又重重吐出，只觉得颜面尽失，连带着当年跟着陛下打天下的那些峥嵘岁月，都像是被蒙上了一层灰。
而那些百官们确实在心里暗自思索。
先前瞧着光屏上李景隆手握重兵却屡战屡败，还都暗叹一句“将门出了犬子”，只当是李文忠英雄一世，偏生养了个纸上谈兵的草包。谁能想到，这哪里是草包，分明是藏得最深的那一个！
几十万大军，白沟河的仓皇败退，夹河的不战自乱，东昌的损兵折将，原来都不是战术不济，而是步步为营的算计！众人暗地里交换着眼色，满是恍然大悟的惊叹。
好家伙，这李景隆看着憨直，竟是个扮猪吃老虎的主！一边拿着建文的俸禄，领着朝廷的兵马，一边却给燕王朱棣铺路搭桥，这心思，这隐忍，真是藏得够深！
有人暗暗咂舌，怪不得燕王能以区区八百人起兵，最后直捣金陵，原来朝廷里早就有了这么个得力的内应。还有人悄声思忖，怕是从燕王起兵那日起，李景隆就已经暗中投诚了吧，不然怎会次次败得都那般“恰到好处”，既不把燕王逼入绝境，又能瞒过建文君臣的眼睛。
一时间，朝堂上下的心思都活络起来，看向李文忠的目光，也越发复杂了。