三天后，汪直再次找到了沈砚。沈砚按照自己的决定，答应了与汪直合作，但也提出了一个条件：“汪公公，我可以帮你在陛下面前美言几句，但你不能伤害无辜的官员，也不能滥用职权，残害忠良。否则，我绝不会与你合作。”
汪直笑了笑：“沈编修放心，我只是想肃清朝纲，铲除奸邪，并不是要残害忠良。只要你帮我，我一定会遵守承诺。”
两人达成协议后，沈砚开始在宪宗面前有意无意地提到汪直。他称赞汪直“忠诚可靠，办事干练”，又说汪直“对陛下忠心耿耿，是陛下的得力助手”。宪宗本就对汪直十分信任，听了沈砚的话后，更加重用汪直，不仅让他负责管理御马监，还让他暗中侦伺外事。
汪直也没有食言，他利用自己的势力，保护了沈砚。梁芳几次想设计陷害沈砚，都被汪直暗中化解。沈砚也因此获得了喘息的机会，他开始利用自己查阅典籍的便利，搜集万贵妃和梁芳等人贪污受贿、滥用职权的证据，同时暗中联络一些正直的官员，培养自己的势力。
这日，沈砚在宫中典籍库查阅资料时，意外发现了一本密档。密档中记载，梁芳在负责修建宫殿时，贪污了大量的钱财，还将一些珍贵的木材和石料据为己有。更让沈砚震惊的是，密档中还记载，梁芳与万贵妃勾结，将一些宫女送给外廷官员，以此拉拢人心，安插亲信。
沈砚心中大喜，他知道这是扳倒梁芳和万贵妃的重要证据。但他也知道，仅凭这一本密档，还不足以扳倒他们。他必须找到更多的证据，同时等待合适的时机。
就在沈砚搜集证据的时候，京城又发生了一件大事——妖狐案的真凶终于落网了。经过顺天府的深入调查，发现所谓的“妖狐”，其实是一个名叫张少君的女子。张少君是一个江湖术士的弟子，精通易容术和一些旁门左道的功夫。她因为父亲被梁芳陷害致死，所以才易容成黑衣女子，杀害了一些与梁芳有关的官员，想要为父亲报仇。
张少君落网后，供出了梁芳的许多罪证，包括贪污受贿、陷害忠良、勾结外廷官员等。顺天府将这些罪证上报给宪宗，宪宗看后，勃然大怒。他没想到梁芳竟然如此胆大包天，竟敢在自己的眼皮底下胡作非为。
万贵妃得知消息后，连忙向宪宗求情，说张少君是因为怨恨梁芳，才故意诬陷他。但宪宗这次并没有相信万贵妃的话，他下令将梁芳关进天牢，严加审讯。
沈砚得知消息后，心中十分高兴。他知道，这是扳倒万贵妃和梁芳的绝佳时机。他立刻将自己搜集到的证据整理好，呈给宪宗。宪宗看了沈砚呈上来的证据后，更加愤怒，下令将梁芳的党羽一网打尽。
经过一段时间的审讯，梁芳的罪证确凿。宪宗下令将梁芳抄家，没收其全部财产，然后将他贬为庶民，流放边疆。梁芳的党羽也受到了相应的惩罚，有的被罢官，有的被流放，有的被处死。传奉官制度也被暂时废除，朝廷的风气为之一清。
万贵妃因为梁芳的事情，受到了宪宗的冷落。她心中十分怨恨沈砚，认为是沈砚在背后搞鬼。她暗中指使一些宫女和太监，想要陷害沈砚，但都被汪直暗中化解。
梁芳倒台后，汪直的势力进一步壮大。他利用这个机会，扩充了自己的亲信，同时向宪宗建议，设立一个专门的机构，负责侦伺外事，打击奸邪。宪宗因为妖狐案和梁芳的事情，对朝中的官员已经失去了信任，听了汪直的建议后，当即同意设立西厂，由汪直担任提督。
成化十三年正月，西厂正式设立。西厂的设立，标志着汪直的势力达到了顶峰。西厂的校尉遍布京城的各个角落，他们可以随意抓捕官员和百姓，严刑拷打，制造了大量的冤案。朝中的官员人人自危，不敢轻易说话。
沈砚看着汪直日益膨胀的势力，心中十分担忧。他知道，汪直已经成为了第二个梁芳，甚至比梁芳更加可怕。他必须尽快想办法，遏制汪直的势力，否则朝廷将会陷入更大的混乱。
这日，沈砚在翰林院见到了刘珝。刘珝因为梁芳倒台，心情好了许多，但看到汪直的势力日益壮大，又十分担忧：“沈贤弟，汪直现在权倾朝野，西厂横行不法，再这样下去，朝廷就完了。我们必须想办法，阻止汪直。”
“刘学士说得对。”沈砚点了点头，“汪直的势力已经严重威胁到了朝廷的安危，我们必须尽快想办法。但汪直深得陛下信任，又掌握着西厂的大权，想要扳倒他，难度很大。”
“我知道难度很大，但我们不能坐视不管。”刘珝说道，“我已经联络了一些正直的官员，准备联名上书，弹劾汪直，请求陛下废除西厂。沈贤弟，你是陛下信任的人，如果你能和我们一起上书，成功的几率会更大。”
沈砚陷入了沉思。他知道，联名上书弹劾汪直，风险很大。如果失败，他很可能会被汪直报复，性命不保。但如果不这样做，朝廷将会陷入更大的混乱。他来自五百年后，知道汪直最终会被罢黜，西厂也会被废除。他可以利用这个历史走向，帮助刘珝等人扳倒汪直。
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“刘学士，我愿意和你们一起上书。”沈砚说道，“但我们不能贸然行动，必须做好充分的准备。汪直的党羽遍布朝廷，我们必须小心行事，不能让他察觉到我们的计划。”
刘珝点了点头：“沈贤弟说得对。我们已经制定了一个详细的计划，我们会先收集汪直和西厂的罪证，然后再联名上书。而且我们还联系了东厂的尚铭，尚铭与汪直不和，他也愿意帮助我们。”
尚铭！沈砚心中一动。尚铭是东厂提督，与汪直同为“监派”，但两人之间一直有矛盾。如果能得到尚铭的帮助，扳倒汪直的几率会更大。
“太好了！有尚铭提督的帮助，我们成功的几率就更大了。”沈砚说道，“我们现在就开始收集汪直和西厂的罪证，一旦证据确凿，我们就立刻联名上书。”
接下来的一段时间，沈砚和刘珝等人开始秘密收集汪直和西厂的罪证。他们通过各种渠道，搜集到了汪直和西厂校尉滥用职权、残害忠良、贪污受贿的大量证据。尚铭也提供了一些重要的证据，包括汪直与一些边将勾结的证据。
成化十三年五月，沈砚和刘珝等人认为时机已经成熟，于是联名上书，弹劾汪直和西厂。奏章中列举了汪直和西厂的种种罪状，请求宪宗废除西厂，将汪直贬斥。
宪宗看了奏章后，心中十分犹豫。他既信任汪直，又对西厂的所作所为感到不满。万贵妃此时也趁机在宪宗面前吹风，说汪直权力太大，已经威胁到了皇权，请求宪宗废除西厂。
在沈砚、刘珝、尚铭等人的共同努力下，宪宗最终下定决心，废除西厂，将汪直调回御马监，不再负责侦伺外事。西厂的校尉也被遣散，一些罪大恶极的校尉被处死。
西厂的废除，让朝中的官员松了一口气。沈砚也因为在扳倒汪直的过程中发挥了重要作用，受到了宪宗的嘉奖，被提升为翰林院修撰。刘珝也因为此事，巩固了自己在内阁的地位。
但沈砚知道，这只是暂时的胜利。汪直虽然被调回御马监，但他的势力并没有被彻底铲除，他仍然在暗中积蓄力量，等待时机反扑。而且万贵妃的势力也没有被彻底削弱，她仍然在宫中影响着宪宗的决策。
果然，几个月后，汪直就开始反扑了。他暗中联络一些边将，向宪宗谎报军情，说鞑靼入侵边境，请求宪宗派他前往督战。宪宗本就想让汪直立功赎罪，听了他的话后，当即同意派他前往边境督战。
汪直前往边境后，利用手中的兵权，扩充自己的势力，同时打击异己。他还与一些边将勾结，贪污军饷，残害百姓。沈砚得知消息后，心中十分担忧。他知道，汪直一旦在边境立下战功，就会重新获得宪宗的信任，到时候他很可能会卷土重来，再次设立西厂。
沈砚立刻找到刘珝，商议对策。刘珝也十分担忧：“沈贤弟，汪直在边境手握兵权，如果他真的立下战功，我们就很难再控制他了。我们必须想办法，阻止他立功。”
“刘学士说得对。”沈砚说道，“我们可以派人前往边境，收集汪直和边将勾结的证据，然后上报给宪宗。同时，我们还可以建议宪宗，派一个正直的官员前往边境，监督汪直的行动。”
刘珝点了点头：“这个办法可行。我们可以推荐王恕前往边境，王恕为人正直，又有军事才能，一定能够监督好汪直。”
沈砚和刘珝当即向宪宗上书，推荐王恕前往边境监督汪直。宪宗同意了他们的建议，派王恕前往边境担任巡按御史，监督汪直的行动。
王恕前往边境后，很快就收集到了汪直和边将勾结的证据。他将这些证据上报给宪宗，宪宗看后，十分愤怒。但他因为汪直正在与鞑靼作战，也没有立刻治他的罪，只是下令让他尽快平定鞑靼，回京复命