孙传庭率领秦军返回陕西之后，立刻展开了对李自成农民军的围剿。秦军刚刚在京畿之战中击败清军，士气正盛，战斗力强悍。李自成的农民军虽然在陕西恢复了一些实力，但与秦军相比，还是稍逊一筹。
在孙传庭的指挥下，秦军先后攻克了李自成农民军占据的多个州县，斩杀了大量的农民军士兵。李自成被迫率领残部，向陕西南部的商洛山区撤退。
“陛下，孙传庭将军传来捷报，秦军已经攻克了李自成农民军占据的西安、宝鸡等地，李自成率领残部逃往商洛山区。”王承恩将孙传庭的捷报，呈给了李明。
“好！孙传庭果然没有让朕失望！”李明大喜过望，“传朕旨意，嘉奖孙传庭和秦军将士，赏白银二十万两，绸缎两万匹。同时，命孙传庭率领秦军，继续追击李自成的残部，务必将其彻底消灭，永绝后患！”
“老奴遵旨。”王承恩躬身退下。
然而，就在孙传庭准备率领秦军追击李自成残部的时候，陕西地区突然爆发了大规模的瘟疫。瘟疫迅速蔓延，秦军中有很多将士都感染了瘟疫，战斗力受到了严重的影响。
“陛下，陕西爆发瘟疫，秦军将士大量感染，孙传庭将军请求陛下派遣太医前往陕西，救治将士，同时调拨药材，控制瘟疫的蔓延。”兵部尚书再次跪倒在地，神色慌张地奏报。
李明的心一下子沉了下去。瘟疫是古代战争中最可怕的敌人之一，一旦控制不好，不仅会影响军队的战斗力，还会蔓延到民间，造成更大的灾难。
“传朕旨意，命太医院院长率领一批医术高明的太医，立刻前往陕西，救治秦军将士。同时，命户部调拨大量的药材，运往陕西，控制瘟疫的蔓延。另外，命陕西地方官员，组织百姓，做好防疫工作，防止瘟疫扩散。”李明沉声道。
“臣遵旨！”兵部尚书躬身退下。
太医和药材很快就被运往了陕西。在太医的救治和地方官员的努力下，瘟疫的蔓延终于得到了控制。秦军将士的病情也逐渐好转，战斗力开始恢复。
孙传庭见将士们的病情好转，立刻率领秦军，再次向商洛山区进发，追击李自成的残部。
商洛山区地形复杂，易守难攻。李自成的残部凭借着有利的地形，与秦军展开了周旋。秦军虽然战斗力强悍，但在山区作战中，却受到了很大的限制，进展缓慢。
“陛下，孙传庭将军传来消息，商洛山区地形复杂，李自成的残部凭借有利地形负隅顽抗，秦军进展缓慢，请求陛下指示。”王承恩再次将孙传庭的奏报，呈给了李明。
李明皱了皱眉。他知道，商洛山区确实地形复杂，不利于大规模军队作战。如果秦军一味地追击，只会陷入消耗战，损失惨重。
“传朕旨意，命孙传庭暂停追击，率领秦军驻守商洛山区外围，封锁所有进出商洛山区的通道，切断李自成残部的粮草供应。同时，命陕西地方官员，加强对商洛山区周边百姓的管理，防止百姓向李自成的残部提供粮食和物资。”李明沉声道。
他决定采用围而不攻的策略，将李自成的残部困在商洛山区，等到他们粮草断绝，弹尽粮绝的时候，再一举将其消灭。
孙传庭接到旨意后，立刻按照陛下的指示，率领秦军驻守商洛山区外围，封锁了所有进出商洛山区的通道。同时，陕西地方官员也加强了对周边百姓的管理，严禁百姓向李自成的残部提供粮食和物资。
时间一天天过去，李自成的残部在商洛山区内，粮草逐渐断绝，士兵们开始出现了饥饿和恐慌的情绪。很多士兵都纷纷逃离了农民军，向秦军投降。
李自成见大势已去，知道再坚持下去也没有意义。于是，他率领少数亲信，试图突围，但被秦军发现。秦军立刻展开了追击，最终，李自成在突围过程中，被秦军斩杀。
“陛下，大喜！孙传庭将军传来捷报，李自成已经被斩杀，其残部也已经被彻底消灭！”王承恩兴奋地跑到李明面前，大声喊道。
“太好了！”李明猛地站起来，激动得浑身发抖。李自成的农民军，这个困扰大明多年的心腹大患，终于被彻底消灭了！这对于大明来说，是一个天大的好消息。
“传朕旨意，加封孙传庭为太傅，世袭罔替，赏白银五十万两，绸缎五万匹。同时，嘉奖秦军全体将士，每人赏白银十两，阵亡将士的家属，由朝廷负责赡养。另外，昭告天下，庆祝剿灭李自成匪患，让天下百姓都知道，大明已经消除了一个心腹大患！”李明沉声道。
旨意一下，朝野上下一片欢腾。百姓们也纷纷走上街头，庆祝这一胜利。大明的局势，终于开始朝着好的方向发展了。
剿灭李自成的农民军之后，李明终于可以将全部的精力，放在对付关外的清军和发展国内经济上了。他下旨，减免陕西、河南等地的赋税，让百姓们能够休养生息，恢复生产。同时，他还鼓励商人发展商业，加强与外国的贸易往来，增加朝廷的财政收入。
在军队建设方面，李明命孙传庭对秦军进行整顿和扩充，将其打造成一支精锐之师。同时，他还命兵部选拔一批年轻有为的将领，送到秦军中，跟随孙传庭学习军事指挥经验。另外，他还下旨，改进军队的武器装备，引进西方的先进技术，制造更加先进的火炮和火枪。
在李明的努力下，大明的经济逐渐恢复，军队的战斗力也得到了很大的提升。辽东的防御也得到了加强，清军再也不敢轻易入关劫掠了。
然而，李明并没有放松警惕。他知道，清军的实力依然很强，想要彻底打败清军，收复辽东失地，还需要很长的路要走。同时，大明内部还有很多问题需要解决，比如官员的腐败问题，虽然经过了整顿，但依然存在；百姓的生活虽然得到了一定的改善，但依然困苦。
这天，李明正在批阅奏折，王承恩走进来说道：“陛下，内阁大学士贺逢圣求见。”
“让他进来。”李明说道。
贺逢圣走进乾清宫，跪倒在地，说道：“陛下，臣有一事启奏。如今大明的局势已经逐渐稳定，百姓安居乐业，军队战斗力也得到了提升。臣恳请陛下，册立太子，以稳定国本。”
册立太子？李明愣了一下。他穿越成崇祯之后，一直忙于处理政务，挽救大明的危局，竟然忘记了这件事情。崇祯皇帝原本有几个儿子，但大多夭折了，只剩下太子朱慈烺。
“贺大学士所言极是。”李明点了点头，“如今大明局势稳定，册立太子，确实有利于稳定国本。传朕旨意，册立朱慈烺为太子，择日举行册封大典。”
“谢陛下圣明！”贺逢圣跪倒在地，恭敬地说道。
册立太子的消息传出后，朝野上下一片赞同。百姓们也纷纷表示支持，认为陛下此举，是为大明的长治久安着想。
册封大典举行的那天，北京城内张灯结彩，热闹非凡。李明亲自为太子朱慈烺举行了册封仪式，将太子印玺交到了他的手中。
看着眼前的太子朱慈烺，李明心中充满了感慨。他知道，自己的使命还没有完成。他要将这个风雨飘摇的王朝，打造成一个强大的帝国，让太子朱慈烺能够继承一个繁荣昌盛的大明。
册封大典结束后，李明回到乾清宫，感觉心中的一块大石终于落了地。他知道，接下来的日子，他将更加努力，为大明的未来而奋斗。