弘光元年三月，清军在击败了李自成的农民军之后，开始将矛头指向南明。摄政王多尔衮下令，由豫亲王多铎率领大军，南下进攻南明。清军一路势如破竹，很快就攻占了徐州、宿迁等地，兵锋直指江北。
消息传到南京，朝野震动。百官们都惊慌失措，纷纷请求朱由崧拿出对策。朱由崧立刻召集百官议事，商议如何抵御清军南下。
文华殿内，气氛凝重。马士英站了出来，说道：陛下，清军势大，我军恐难以抵挡。臣以为，应当与清军议和，割让部分土地，换取和平。
他的话音刚落，立刻遭到了史可法派来的使者的反对。史可法的使者说道：陛下，史大人认为，议和乃是亡国之举。我南明拥有江南半壁江山，百万大军，只要团结一心，一定能够抵御清军南下。史大人恳请陛下立刻调遣京营兵马，支援江北！
阮大铖也站了出来，说道：陛下，史可法在江北督师多日，却未能挡住清军的进攻，反而让清军步步紧逼，可见他根本没有能力担任督师之职。臣以为，应当撤换史可法，另择贤能之人担任督师。
朱由崧知道，马士英和阮大铖是想借清军南下的机会，排挤史可法，夺取江北的兵权。他冷冷地说道：议和之事，绝不可行！我大明乃天朝上国，岂能向蛮夷割地求和？史爱卿忠心耿耿，在江北整军备战，颇有成效，撤换史爱卿之事，休要再提！
他顿了顿，继续说道：传朕旨意，任命袁继咸为京营总兵，率领京营精锐，即刻前往江北，支援史可法。同时，命令高弘图加快清查土地和追缴赋税的进度，确保军饷能够及时供应。另外，传旨给江北四镇总兵，要求他们务必听从史可法的调遣，同心协力，抵御清军！
是！臣遵旨！
百官们纷纷应道。虽然马士英和阮大铖心中不满，但也不敢再公然反对。
袁继咸接到旨意后，立刻率领京营精锐，日夜兼程地赶往江北。然而，就在京营兵马出发不久，江北就传来了坏消息。高杰被马士英和阮大铖拉拢，竟然率军背叛了南明，投降了清军。
高杰的投降，让江北的防御体系瞬间崩溃。清军在高杰的引导下，很快就攻占了淮安、扬州等地的外围防线，兵锋直指扬州城。扬州是江北的重镇，一旦扬州失守，南京就会直接暴露在清军的兵锋之下。
史可法得知高杰投降的消息后，悲愤交加。他立刻率领手下的军队，退守扬州城，准备死守扬州。他一边组织军队加固城墙，筹集粮草，一边派人向南京求援。
消息传到南京，朱由崧如遭雷击。他没想到，高杰竟然会如此轻易地投降清军，这无疑是给了南明沉重的一击。他立刻召集百官，再次商议对策。
马士英和阮大铖见机会来了，再次站出来发难。马士英说道：陛下，高杰投降清军，都是因为史可法指挥不力，未能约束好各镇兵马。如今扬州告急，南京危在旦夕，臣以为，应当立刻迁都武昌，以避清军锋芒。
阮大铖也附和道：陛下，马大人所言极是。武昌有左良玉的大军，可以保护陛下的安全。若再留在南京，恐怕会有性命之忧。
迁都？朱由崧心中冷笑。历史上，弘光帝就是因为在清军南下时选择了逃跑，才导致了南明的迅速覆灭。他绝不会重蹈覆辙！
朱由崧脸色一沉，说道：迁都之事，绝不可行！南京是大明的都城，是社稷的根本。若朕迁都，必然会动摇民心，让天下人失望。朕身为天子，应当与南京共存亡！
他顿了顿，继续说道：传朕旨意，命令刘良佐、刘泽清率领所部兵马，立刻前往扬州支援史可法。同时，命令袁继咸加快行军速度，务必尽快赶到扬州。另外，朕要亲自前往太庙，祭拜列祖列宗，表明朕与大明共存亡的决心！
陛下圣明！
史可法的使者和一些忠臣纷纷跪倒在地，大声呼喊道。他们被朱由崧的决心所感动，心中充满了敬意。
马士英和阮大铖见朱由崧态度坚决，知道迁都之事无法实现，心中很是失望。他们暗中商议，准备在清军攻破南京之后，投降清军，保全自己的性命和富贵。
朱由崧前往太庙，祭拜了列祖列宗。在太庙中，他发誓道：列祖列宗在上，朕朱由崧，今日在此立誓，定当与大明共存亡。若不能击退清军，收复失地，朕愿以死谢罪！
祭拜结束后，朱由崧回到了皇宫，开始亲自处理军务。他一边督促高弘图尽快筹集军饷，一边派人密切关注扬州的战况和刘良佐、刘泽清的动向。
然而，朱由崧再次失望了。刘良佐和刘泽清都是贪生怕死之辈，他们接到朱由崧的旨意后，不仅没有前往扬州支援史可法，反而率军逃跑了。刘良佐率军投降了清军，刘泽清则率军逃往了海上。
江北四镇，除了黄得功的军队还在坚守之外，其余三镇都已经背叛了南明。扬州城，彻底变成了一座孤城。
史可法在扬州城内，处境艰难。他手下的军队只有几千人，而清军则有十几万人。而且，粮草和弹药也越来越匮乏。但史可法并没有放弃，他亲自登上城墙，指挥军队抵抗清军的进攻。他激励士兵们道：将士们，扬州是大明的屏障，我们身后就是南京，就是我们的家乡和亲人。我们一定要坚守扬州，与扬州共存亡！
士兵们被史可法的爱国精神所感动，纷纷表示愿意与扬州共存亡。他们奋勇杀敌，多次击退了清军的进攻。但清军的攻势越来越猛烈，扬州城的防线也越来越脆弱。
袁继咸率领的京营精锐，在赶往扬州的途中，遭到了清军的伏击。京营兵马虽然精锐，但寡不敌众，损失惨重。袁继咸率领残部，拼死突围，终于赶到了扬州城外，但已经无法突破清军的包围圈，只能在城外与清军展开激战，试图牵制清军的兵力。
南京城内，朱由崧得知刘良佐、刘泽清投降，袁继咸被围的消息后，心中充满了绝望。他知道，扬州城已经很难守住了。但他并没有放弃，他立刻下令，将南京城内的所有可用兵力都组织起来，准备死守南京。
同时，他又派人前往武昌，联络左良玉，希望他能够率军前来支援。左良玉是明末的大将，拥有几十万大军，驻守在武昌。如果左良玉能够率军前来支援，或许还有一线生机。
然而，左良玉却以清君侧为名，率军东下，进攻南京。原来，左良玉与马士英、阮大铖素有矛盾，马士英和阮大铖暗中散布谣言，说左良玉想要谋反，导致左良玉对朝廷产生了不满。现在，清军南下，左良玉认为这是除掉马士英和阮大铖的好机会，于是率军东下。
左良玉的东下，让南明陷入了腹背受敌的境地。朱由崧得知消息后，彻底绝望了。内有左良玉的叛乱，外有清军的进攻，南明已经到了山穷水尽的地步。
弘光元年四月二十五日，扬州城被清军攻破。史可法率领士兵们与清军展开了殊死搏斗，最终壮烈殉国。清军攻破扬州后，为了报复扬州军民的抵抗，进行了惨无人道的大屠杀，史称扬州十日。
扬州失守的消息传到南京，南京城内一片混乱。官员们纷纷收拾行李，准备逃跑。马士英和阮大铖则早已做好了投降的准备，他们暗中与清军联络，准备献出南京，换取高官厚禄。
朱由崧站在皇宫的城墙上，望着北方，心中充满了悲痛和不甘。他已经尽力了，他重用史可法，整顿朝纲，整军备战，但最终还是无法挽救南明的命运。内患外忧，让这个风雨飘摇的王朝，最终走向了覆灭。
但他并没有放弃。他知道，只要他还在，大明就还有希望。他决定，率领剩下的军队，突围出去，前往江南各地，联络抗清力量，继续抵抗清军。