史可法前往江北之后，立刻着手统筹各镇兵马。江北共有四镇兵马，分别是高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清。这四镇总兵都是明末的军阀，拥兵自重，互相猜忌，不听朝廷调遣，是江北防御的一大隐患。
史可法首先来到了高杰的军营。高杰是个身材高大、性格暴躁的武将，原本是李自成的部下，后来投降了明朝。他的军队战斗力较强，但军纪涣散，经常骚扰百姓。见到史可法前来，高杰并不怎么热情，只是敷衍地拱了拱手，说道：史大人远道而来，辛苦了。不知史大人此次前来，有何指教？
史可法知道高杰的性格，也不跟他计较，开门见山地说道：高将军，如今清军虎视眈眈，江北乃是朝廷的屏障，必须团结一心，才能抵御清军南下。陛下任命我为督师，统筹江北各镇兵马，希望高将军能够听从我的调遣，整顿军纪，加强训练。
高杰撇了撇嘴，说道：史大人，不是我不给你面子。我手下的兄弟们，都是跟着我出生入死的，要让他们听从你的调遣，恐怕没那么容易。而且，军饷问题不解决，兄弟们也无心训练。
史可法早就料到高杰会提出军饷问题，他说道：高将军放心，军饷问题，朝廷已经在着手解决。陛下已经下旨，让户部清查土地，追缴赋税，很快就会有军饷拨下来。至于听从调遣之事，这是陛下的旨意，若高将军抗旨不遵，后果自负。
听到陛下的旨意四个字，高杰的脸色微微一变。他虽然拥兵自重，但也不敢公然抗旨。而且，他也知道，如今清军势大，单凭他一镇兵马，根本无法抵御。他沉吟了片刻，说道：既然是陛下的旨意，我自然不敢违抗。但我有一个条件，我的军队，必须由我亲自指挥，史大人只能调遣，不能干涉我的内部事务。
史可法知道，想要一下子完全掌控高杰的军队是不可能的，只能先妥协。他点了点头，说道：可以。但你必须保证，严格整顿军纪，严禁军队扰民，否则，我绝不姑息。
高杰道：这个没问题。只要军饷到位，我保证军纪严明。
安抚好高杰之后，史可法又前往黄得功的军营。黄得功是个忠心耿耿的武将，为人正直，军纪严明。见到史可法前来，他立刻亲自出营迎接，恭敬地说道：史大人前来，末将有失远迎，还请史大人恕罪。
史可法连忙扶起他，说道：黄将军不必多礼。陛下任命我为督师，统筹江北各镇兵马，希望黄将军能够一如既往地忠于朝廷，听从调遣。
黄得功道：史大人放心，末将深受皇恩，定当忠于朝廷，听从史大人的调遣。只要能够抵御清军，保卫大明，末将万死不辞！
得到了黄得功的支持，史可法心中大定。随后，他又前往刘良佐和刘泽清的军营。刘良佐和刘泽清都是贪生怕死之辈，见到史可法带着陛下的旨意前来，又有高杰和黄得功的先例，也不敢公然反抗，表面上答应了听从调遣，但暗地里却阳奉阴违，并不愿意真正地整顿军队。
虽然过程并不顺利，但史可法总算是初步统筹了江北四镇兵马。接下来，他开始制定防御计划，加固城池，训练军队，准备抵御清军南下。
而在南京，朱由崧也遇到了麻烦。高弘图组建的清查小组，在清查藩王和官绅的土地时，遭到了强烈的抵制。一些藩王和官绅，要么闭门不见，要么拖延时间，要么甚至暗中指使家丁对抗清查小组。
更让朱由崧头疼的是，马士英和阮大铖开始暗中散布谣言，说朱由崧重用东林党人，想要排挤非东林党官员，还说清查土地是为了充实自己的腰包，引起了很多官员的不满。一些原本支持朱由崧的官员，也开始动摇起来。
这一天，朱由崧正在御书房批阅奏章，王承恩急匆匆地跑了进来，说道：陛下，不好了！清查小组在清查福王的土地时，遭到了福王家丁的围攻，好几名清查官员都被打伤了！
福王？朱由崧皱了皱眉头。这里的福王，应该是指他的堂兄弟，原来的福王世子朱由崧死后，继承福王爵位的人。没想到，连自己的本家都敢公然对抗清查小组，看来这些藩王和官绅的势力，远比他想象的要强大。
朱由崧脸色一沉，说道：岂有此理！传朕旨意，立刻派锦衣卫前往福王府，将围攻清查官员的家丁全部捉拿归案，从严惩处！同时，传福王进宫，朕要亲自问问他，到底想干什么！
是！奴才遵旨！王承恩连忙应道，转身跑了出去。
没过多久，福王朱由崧就被召进了宫。他是一个身材肥胖、面色苍白的年轻人，见到朱由崧，连忙跪伏在地，说道：臣弟朱由崧，叩见陛下！不知陛下召臣弟进宫，有何吩咐？
朱由崧看着他，冷冷地说道：朱由崧，你可知罪？
福王一愣，说道：陛下，臣弟不知何罪之有？
朱由崧道：朕派清查小组清查你的土地，你竟然指使家丁围攻清查官员，打伤朝廷命官，这难道不是罪吗？你身为藩王，不思报效国家，反而对抗朝廷，你眼里还有朕，还有大明吗？
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福王脸色一变，连忙辩解道：陛下，冤枉啊！臣弟并没有指使家丁围攻清查官员，一定是有什么误会！那些家丁都是一时糊涂，才做出了这样的事情，臣弟已经严厉训斥过他们了。
朱由崧冷笑一声，说道：误会？好几名官员都被打伤了，这难道是误会？你以为朕是那么好糊弄的吗？他顿了顿，继续说道：朕知道，清查土地触及了你的利益，但如今国难当头，人人都应为国分忧。你若识相，就乖乖配合清查小组的工作，缴纳拖欠的赋税。否则，休怪朕不念亲情！
福王见朱由崧态度坚决，知道无法蒙混过关，只能硬着头皮说道：臣弟遵旨！臣弟一定配合清查小组的工作，缴纳拖欠的赋税。
朱由崧道：很好。你回去吧，好好管教你的家丁，不要再做出任何对抗朝廷的事情。
是！臣弟遵旨！福王连忙应道，起身匆匆地退了出去。走出皇宫，他的脸色变得阴沉起来，心中对朱由崧充满了怨恨。
解决了福王的问题后，朱由崧以为能够震慑住其他的藩王和官绅。但他没想到，这只是一个开始。随后，又有好几处地方发生了藩王和官绅抵制清查小组的事情，甚至还有人暗中联络马士英和阮大铖，想要共同对抗朱由崧。
马士英和阮大铖见机会来了，开始更加积极地活动起来。他们暗中联络那些对朱由崧不满的官员和藩王，准备在朝堂上对朱由崧发难。
这一天，朝堂之上，马士英突然站了出来，说道：陛下，如今清查小组在各地清查土地，引起了很大的民怨。很多藩王和官绅都是朝廷的忠臣，为朝廷做出了很大的贡献，如今却被清查小组百般刁难，实在是让人心寒。臣以为，清查土地之事，应当暂缓。
他的话音刚落，立刻有十几个官员站了出来，纷纷附和道：陛下，马大人所言极是！清查土地之事，确实引起了很大的民怨，应当暂缓！
朱由崧看着这些官员，心中冷笑。他知道，这些人都是马士英的亲信，或者是被马士英拉拢的。他目光锐利地扫视着他们，说道：民怨？朕怎么没听到？朕只知道，那些藩王和官绅占有大量土地，拖欠赋税，逃避义务，才是真正地损害了百姓的利益！清查土地，追缴赋税，是为了充实国库，整顿军备，保卫国家，这有什么错？
马士英道：陛下，话虽如此，但如今正是团结人心之际，若继续清查土地，恐会让藩王和官绅寒心，不利于国家的稳定。
朱由崧道：团结人心，不是靠纵容和妥协，而是靠公平和正义！那些真正为国家做出贡献的藩王和官绅，朝廷自然会善待他们。但那些贪得无厌、损害国家利益的人，朕绝不姑息！清查土地之事，绝不能暂缓！
就在这时，阮大铖站了出来，说道：陛下，臣有一事启奏。近日，有传言说，史可法在江北督师期间，暗中勾结东林党人，想要拥兵自重，图谋不轨。请陛下明察！
这是赤裸裸的诬陷！朱由崧心中大怒。史可法忠心耿耿，一心为国，怎么可能图谋不轨？这分明是马士英和阮大铖想要诋毁史可法，动摇他的根基。
朱由崧脸色一沉，说道：阮爱卿，你可有证据？
阮大铖道：陛下，这只是传言，但无风不起浪。为了朝廷的安危，还请陛下派人前往江北，调查此事。
朱由崧道：史爱卿忠心耿耿，朕信得过他。仅凭传言，就怀疑忠臣，这会让天下的忠臣寒心！此事，朕不准！
马士英和阮大铖见朱由崧不相信他们的话，心中很是不满，但也不敢再继续纠缠。他们知道，现在还不是和朱由崧彻底撕破脸的时候。
朝堂议事结束后，朱由崧回到了御书房。他知道，马士英和阮大铖已经开始对他发难了，而且还联合了很多官员和藩王。如果不尽快解决这些内患，恐怕会影响到整军备战的大局。
王承恩走了进来，说道：陛下，刚才那些反对清查土地的官员，都是马士英和阮大铖的亲信。而且，奴才还查到，马士英和阮大铖暗中联络了好几个藩王，想要共同对抗陛下。
朱由崧点了点头，说道：朕知道了。看来，马士英和阮大铖，已经成为了朝廷的大患。必须想办法除掉他们。
王承恩道：陛下，马士英和阮大铖势力庞大，党羽众多，想要除掉他们，恐怕没那么容易。
朱由崧道：朕知道。但我们不能坐以待毙。你继续暗中调查马士英和阮大铖的罪证，尤其是他们贪污受贿、勾结藩王、图谋不轨的证据。只要掌握了足够的证据，朕就能名正言顺地除掉他们。
奴才遵旨！王承恩连忙应道。
朱由崧又说道：另外，你派人给史可法送一封信，告诉他，朕绝对信任他，让他安心在江北整军备战，不要被朝堂上的谣言所影响。同时，让他密切关注江北各镇兵马的动向，尤其是高杰、刘良佐、刘泽清这三个人，防止他们被马士英和阮大铖拉拢。
是！奴才这就去办！
王承恩退出去后，朱由崧靠在椅子上，陷入了沉思。内患未除，外有强敌，南明的局势依然岌岌可危。他必须尽快找到解决内患的办法，否则，一旦清军南下，南明就真的回天乏术了。
而此时，江北的局势也出现了变化。高杰虽然表面上答应了史可法的要求，整顿军纪，但暗地里却依然我行我素，他的军队依然经常骚扰百姓。而且，马士英和阮大铖也派人暗中联络高杰，许诺给他高官厚禄，让他脱离史可法的掌控，听从他们的调遣。高杰是个见利忘义之人，被马士英和阮大铖的许诺所诱惑，开始动摇起来。
史可法察觉到了高杰的变化，心中很是担忧。他知道，高杰的军队是江北四镇中战斗力最强的，如果高杰被马士英和阮大铖拉拢，江北的防御就会出现很大的漏洞。他连忙派人劝说高杰，希望他能够认清形势，不要被马士英和阮大铖所迷惑。但高杰却置若罔闻，依然和马士英、阮大铖暗中勾结。
南明的内患，已经开始影响到了江北的防御。朱由崧和史可法，面临着前所未有的挑战。