面见崇祯帝的过程，比李明远预想的要顺利得多。
崇祯帝穿着一身浆洗得发白的龙袍，脸上布满了疲惫和焦虑。见到孙传庭，他眼中闪过一丝复杂的情绪，有期待，有猜忌，还有一丝不易察觉的愧疚。毕竟，是他亲手将这位能征善战的名将关入诏狱长达三年。
“孙卿，朕知道，这三年委屈你了。”崇祯帝的声音带着一丝沙哑，“但如今国事艰难，闯贼势大，除了你，朕实在无人可用了。”
李明远心中冷笑，面上却不敢表露分毫。他知道，崇祯帝这话说得冠冕堂皇，实则还是把他当成了镇压农民起义的工具。但现在的他，必须隐忍。
“陛下言重了。”李明远躬身行礼，语气恭敬地说道，“臣蒙陛下隆恩，得以出狱效力，肝脑涂地，在所不辞。只是，闯贼如今势大，占据河南，兵锋正盛。秦军经过前几年的征战，早已疲惫不堪，加之臣入狱三年，军中将士人心涣散，粮草器械也多有缺失。若想讨伐闯贼，必须给臣足够的时间，整顿军队，补充粮草，否则，仓促出战，恐难取胜。”
崇祯帝皱了皱眉，显然是对“足够的时间”感到不满。他现在最缺的就是时间，李自成在河南攻城略地，如入无人之境，再拖下去，恐怕整个河南都会落入李自成手中。
“孙卿，时间紧迫，闯贼可不会给我们太多准备的机会啊。”崇祯帝语气急促地说道，“你能不能尽快整军，出兵河南？”
李明远心中一紧，知道崇祯帝的急功近利又开始作祟了。他必须坚持自己的原则，不能被崇祯帝的催逼打乱节奏。
“陛下，兵者，国之大事，死生之地，存亡之道，不可不察也。”李明远语气坚定地说道，“仓促出战，不仅难以击败闯贼，反而可能损兵折将，动摇军心，甚至让闯贼趁机扩大势力。臣恳请陛下，给臣三个月的时间。三个月内，臣必能整顿好秦军，补充足够的粮草器械，到时候，臣必亲率大军，讨伐闯贼，收复河南，以报陛下隆恩。”
崇祯帝沉默了，他盯着李明远看了许久，似乎在判断他说的是真是假。最终，或许是实在没有其他办法，或许是被李明远的坚定所打动，他点了点头，说道：“好，朕就给你三个月的时间。三个月后，你必须出兵河南，若再拖延，休怪朕无情！”
“臣遵旨！”李明远心中松了一口气，连忙躬身应道。
随后，崇祯帝又赏赐了他一些银两和衣物，任命他为兵部右侍郎、三边总督，节制陕西、甘肃、宁夏三地的军务。李明远谢恩之后，便急匆匆地离开了京城，赶赴陕西。
陕西，是孙传庭的老根据地，也是秦军的发源地。这里的百姓对孙传庭有着深厚的感情，秦军将士也大多是孙传庭一手提拔起来的。但经过三年的时间，一切都已经物是人非。
当李明远抵达西安的时候，迎接他的秦军将领们，脸上大多带着复杂的情绪。有欣喜，有疑惑，还有一些人，因为这三年来受到的打压和排挤，心中带着一丝不满和戒备。
第一个上前拜见的，是秦军的老将高杰。高杰是孙传庭的老部下，勇猛善战，对孙传庭忠心耿耿。看到孙传庭归来，高杰激动得热泪盈眶，跪倒在地，说道：“大帅！您可算回来了！弟兄们都盼着您呢！”
李明远连忙上前扶起高杰，拍了拍他的肩膀，说道：“元勋，辛苦你了。这三年，多亏有你在，才保住了秦军的根基。”
高杰哽咽着说道：“大帅，您不在的这三年，弟兄们受了太多的委屈。杨嗣昌那奸贼，处处打压我们，克扣军饷，抽调兵力，现在的秦军，已经不是当年的秦军了。”
李明远点了点头，他当然知道这些情况。历史上，孙传庭出狱后，面对的就是这样一支残破的军队。他沉声说道：“元勋，过去的事，就不要再提了。现在，我回来了，我们要做的，是重整旗鼓，恢复秦军的威风。从今天起，你还是我的副将，协助我整顿军队。”
“末将遵命！”高杰精神一振，大声应道。
接下来，李明远又召见了秦军的其他将领，如贺人龙、郑嘉栋、牛成虎等人。这些将领中，有的忠心耿耿，有的则首鼠两端，还有的甚至已经暗中与农民军有了联系。
李明远凭借着自己对历史的了解，很快就分辨出了这些将领的忠诚度。对于忠心耿耿的，他加以重用；对于首鼠两端的，他加以敲打和监视；对于那些已经暗中通敌的，他则暂时不动声色，等待合适的时机将其清除。
整顿军队的第一步，就是严明军纪。李明远知道，一支没有纪律的军队，再勇猛也成不了气候。他颁布了严格的军规，严禁将士欺压百姓、抢掠财物、克扣军饷。对于违反军规的，无论官职大小，一律严惩不贷。
有一次，一个千户因为醉酒后殴打百姓，被李明远得知。他当即下令将那个千户绑到校场，当着全体将士的面，重打五十大板，然后削去官职，贬为普通士兵。这一下，整个秦军都震动了，将士们再也不敢像以前那样为所欲为了。
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紧接着，李明远又开始整顿军饷。军饷问题，是困扰明军多年的顽疾。由于朝廷财政困难，军饷常常被克扣，导致将士们军心涣散，战斗力低下。李明远知道，要想让将士们卖命，就必须解决军饷问题。
他一方面上书崇祯帝，请求朝廷尽快拨付拖欠的军饷；另一方面，他又在陕西境内推行了一系列的改革措施，增加财政收入。他严厉打击地方豪强和贪官污吏，没收他们的财产充作军饷；他鼓励农民开垦荒地，减免赋税，增加粮食产量；他还整顿了陕西的盐铁专卖制度，增加了盐铁的税收。
经过一个多月的努力，军饷问题终于得到了初步的解决。李明远按时足额地向将士们发放了军饷，还为将士们改善了伙食。将士们的积极性被充分调动起来，军心也逐渐稳定下来。
解决了军纪和军饷问题后，李明远开始着手补充兵员和粮草器械。他在陕西境内发布招募令，招募青壮年参军。由于孙传庭在陕西的威望很高，加上李明远推出的优厚待遇，很快就招募到了三万多名青壮年。
这些新兵大多是贫苦农民，身体素质不错，但缺乏军事训练。李明远将这些新兵编组成新的部队，由高杰等经验丰富的将领负责训练。他还根据自己对现代军事知识的了解，对秦军的训练方法进行了改进，增加了队列训练、体能训练和协同作战训练的比重，提高了军队的整体战斗力。
在补充粮草器械方面，李明远也是下足了功夫。他派人到陕西各地征集粮食，在西安、潼关等战略要地修建了大型的粮仓，储存了足够大军使用半年的粮食。同时，他还整顿了陕西的兵工厂，增加了火器和铠甲的生产。他还根据历史记载，提前派人到商洛山附近打探李自成的动向，收集情报。
时间一天天过去，三个月的期限越来越近。经过李明远的精心整顿，秦军的面貌焕然一新。将士们士气高昂，军纪严明，战斗力得到了极大的提升。粮草器械也准备得十分充足，已经具备了出战的条件。
这一天，李明远召集所有将领在校场集合。他骑着一匹高大的战马，穿着一身崭新的铠甲，威风凛凛地站在点将台上。
“将士们！”李明远的声音洪亮而有力，传遍了整个校场，“三年前，我们秦军威震天下，击败了高迎祥，打垮了李自成。三年后，闯贼卷土重来，作乱河南，残害百姓，践踏大明的疆土。现在，陛下给了我们平叛的重任，我们肩负着天下苍生的希望。我命令你们，三天后，全军出发，进军商洛山，讨伐闯贼！不灭闯贼，誓不还师！”
“不灭闯贼，誓不还师！”
三万多名秦军将士齐声呐喊，声音震天动地，响彻云霄。他们的眼中闪烁着坚定的光芒，充满了对胜利的渴望。
李明远看着台下士气高昂的将士们，心中充满了信心。他知道，这一次，他一定能够改变历史，击败李自成，为大明续命。
三天后，秦军主力在西安城外集结完毕，浩浩荡荡地向商洛山进发。李明远骑着战马，走在队伍的最前面，目光坚定地望向远方。他知道，一场恶战，即将开始。