当朝堂与报界为“言路”尺度与“辩论伦理”争执不休时，在帝国一些相对超然的角落里——主要是格致院及其附属机构、新式大学堂、以及少数由开明官员、商人资助的私立研究机构和学会中，一股专注于自然奥秘、不直接触及敏感政治的“学术自由”之风，正在悄然形成，并结出了丰硕的科学技术进步之果。
这股风气的兴起，得益于多重因素的共同作用：朝廷对“实学”、“格致”的长期提倡与资源投入；留学归国人员带来的最新科学知识、研究方法与求真精神；相对宽松的“开放言路”政策对非政治性学术讨论的默许；以及一批杰出科学家、工程师淡泊名利、孜孜以求的献身精神。
学术自由风的体现：
1 研究机构的相对独立性：格致院 作为帝国最高学术机构，在历任院长的经营和朝廷的重视下，逐渐形成了相对独立的学术传统和研究氛围。
其经费有专项保障，研究人员（“待诏”、“博士”）的考核更注重研究成果（论文、专利、实物）而非官场应酬。
院内各“所”（如算学、天学、地学、化学、重学、电学、农学、医学等）拥有一定的自主研究选题权，只要不偏离“经世致用”的大方向，可进行相当程度的自由探索。
在大学堂，特别是京师大学堂格致学院、南洋公学等，也开始形成主导、重视实验与研究的学风。
2 学术交流平台的建立：《格致汇编》 作为格致院的机关刊物，持续刊载国内外最新科学研究报告、实验记录、学术争鸣文章，是科学共同体的核心交流平台。
此外，还出现了《算学报》、《农学报》、《医学报》等更专业的期刊。
一些学术团体，如“中国地学会”、“中华医药学会”继成立，定期召开研讨会，交流心得，辩论学术问题。
在这些平台上的争论，通常能遵循“就事论事，以实验和数据说话”的原则，政治干预较少。
3 国际学术交流的加强：通过持续派遣留学生、邀请外国专家来华讲学、参加国际学术会议、订阅外文学术期刊等方式，中国科学家得以紧跟世界科学前沿。
虽然仍有语言、资料、设备的限制，但交流渠道已非昔日可比。
4 “为科学而科学”精神的萌芽：尽管主流仍强调“经世致用”，但少数顶尖科学家已开始认识到基础研究的重要性。
他们从事纯数学、理论物理、天体运行、古生物化石 等领域的研究，可能短期内看不到实用价值，但因其对自然规律的探索本身而乐在其中。晓税s 耕欣醉哙
这种纯粹求知的兴趣，得到了格致院内部分开明官员的包容甚至鼓励。
科技大进步的标志性成果：
在相对自由的学术氛围和持续投入下，“启明”中后期的科学技术取得了令人瞩目的进步，许多领域达到了亚洲领先，甚至世界前列水平。
1 数学：在消化吸收微积分、解析几何 等西方数学成果的基础上，中国数学家在某些领域做出了独立贡献。
如在数论、方程论 方面有突破，对椭圆函数 的研究也开始起步。
算学馆培养了大批数学人才，为各领域提供了计算基础。
2 天文学：钦天监在格致院协助下，拥有当时东亚最精良的望远镜和观测设备。
不仅精确编制《启明历》，还独立发现了数颗小行星 和彗星，对太阳黑子、行星运行 的观测记录详实。
在天体力学 计算方面也达到较高水平。
3 物理学：力学 方面，对刚体运动、流体力学（特别是与船舶、水利相关）的研究深入。
声学、光学（透镜设计、光谱初步分析）有实用进展。
电学是热点，在电报应用推动下，对电磁理论、电路设计、电池改进的研究活跃，并开始探索电灯、电话的可能性。
热学 与蒸汽机改进紧密结合。
4 化学：这是进展最快的学科之一。
建立了系统的定性、定量分析方法。
在无机化学方面，能制备多种酸、碱、盐，对元素性质的认识深化。
有机化学开始起步，对染料、药物 的合成进行探索。
工业化学成果显着：制碱、制酸、火药改良、冶金、石油初步分馏等，都有长足进步。
化学实验室 成为大学和格致院的标准配置。
5 地学与博物学：地质学 在矿产勘探需求推动下迅速发展，开展了大规模的地质调查和测绘，初步建立了地层序列，发现了许多重要矿藏。
地理学与测绘结合，绘制了更精确的全国及分省地图。
动植物学方面，进行了大规模的标本采集、分类学研究，出版了多部大型图谱和志书。
古生物学因化石发掘而兴起，对恐龙、哺乳动物化石 的研究引起了国际关注。
6 工程与技术：这是应用科学的集大成领域。
蒸汽机不断改进，功率和可靠性提高，应用于铁路、轮船、矿山、工厂。
内燃机 开始引进研究。
钢铁 产量和质量提升，能轧制钢轨、船用钢板。
电气工程 随电报、电灯实验而发展。
土木工程 在铁路、桥梁、港口建设中积累丰富经验。
造船 已能自主设计建造中小型铁甲舰 和商船。
学术自由风，科技大进步。
这段时期科学技术的发展，固然有“师夷长技”的实用目的驱动，但“学术自由”风气的滋养至关重要。
它使得一部分最优秀的头脑能够相对专注地探索自然规律，进行原创性思考，而不仅仅满足于技术模仿。
科技领域的成就，不仅直接增强了国家的军事与经济实力，也潜移默化地改变着人们的世界观——一种基于观察、实验、逻辑推理 的理性思维方式，开始在知识阶层中扎根。
然而，科学的步伐不会永远停留在不触及根本观念的“安全区”。
当一些科学理论，特别是那些与传统宇宙观、生命观乃至宗教信仰发生直接冲突的理论传入并传播时，刚刚形成的、脆弱的“学术自由”共识，将面临前所未有的严峻挑战。
一场由生物进化论 引发的、席卷学术、思想、宗教乃至政治领域的巨大风暴，正在地平线上积聚着乌云。