开张风波后，“妙手仁心馆”并未沉寂，反而在苏晓晓和胡大夫的坚持下，更加有条不紊地运转起来。前来看诊的患者虽不如开张首日那般汹涌，却也渐渐恢复了正常流量。苏晓晓每日坐诊、指导学徒、研究医案、改良药方，同时协助南宫曜分析“影阁”遗留的线索，日子忙碌而充实。
南宫曜则动用了更多明暗力量，追查“甲三”备用点、“养尸地”以及三皇子与“影阁”可能存在的联系。影七带人如同猎犬般在偌大的王都地下和阴影中搜寻，赵锋则配合朝廷力量，清查可疑场所和人口。然而，“影阁”隐藏极深，留下的线索断断续续，进展缓慢。
就在这看似胶着的平静（实则暗流汹涌）中，王都西城突然爆发了一场不大不小的“时疫”。
最初只是西城“柳条巷”的几户人家，陆续有人出现发热、咳嗽、身上起红疹的症状，起初以为是普通的风寒或疹子，但很快，病情迅速恶化，高烧不退，红疹溃烂流脓，传染性极强，短短两三日，便蔓延了小半个西城，已有数十人病倒，数名体弱者不治身亡。
京兆尹衙门和太医院立刻介入，将发病区域隔离，派出医官诊治。但此次疫病症状诡异，与常见的伤寒、天花、鼠疫等皆不相同，且对常规药物反应不佳，太医院一时也束手无策，疫情有扩散趋势，西城人心惶惶。
消息传到清漪园时，苏晓晓正在药房指导学徒分辨几味易混淆的药材。听闻疫情描述，她心头猛然一跳，某种不祥的预感涌上心头。
“胡大夫，您怎么看？”她询问一旁同样面色凝重的胡守仁。
胡大夫捋着胡须，眉头紧锁：“发热、红疹、溃烂、传染……听起来确实罕见。但据报，患者并未出现大规模的吐泻或咳血，与烈性疫病又有些差异。老夫需亲眼看过病人，方能判断。”
“我去看看。”苏晓晓当即决定。她并非圣母心泛滥，而是直觉此事可能与“影阁”或教廷的阴谋有关。那些邪恶的实验和药剂，难保不会制造出新型的“生物武器”。而且，疫区在西城，距离清漪园和之前发现的“影阁”地下活动区域并不算远。
南宫曜得知后，虽担心她的安危，但也明白事情的严重性，立刻安排了严密的护卫，并征得太医院和京兆尹的同意（皇帝也暗中默许），让苏晓晓以“民间医者协助”的身份，进入疫区外围（被隔离的街区外设立的临时医棚）进行探查。
次日，苏晓晓带着胡大夫、阿墨（阿墨强烈要求跟随，苏晓晓考虑他对异常气息的敏感或许有用，且已做好周全防护）以及几名胆大心细的学徒，在赵锋和一小队东宫侍卫的保护下，来到西城疫区外围的临时医棚。
医棚内气氛压抑，弥漫着浓重的药味和绝望的气息。几名太医院的医官正焦头烂额地忙碌着，见到苏晓晓一行人，得知是太子派来协助的，虽有些惊讶于苏晓晓的年纪和性别，但此时也顾不得许多，简单介绍了情况。
苏晓晓仔细询问了发病过程、症状细节、用药反应，又查看了几位症状较轻的患者（重症者已单独隔离）。患者面赤发热，身上红疹密布，有些已经破溃，流出黄绿色的脓液，散发着一种淡淡的、难以形容的腥甜与腐败混合的气味。患者精神萎靡，但神志尚清，痛苦呻吟。
她戴上特制的口罩和手套（用多层细棉布浸过药液制成），小心地为一名患者诊脉。脉象浮数而滑，但内里却有一股阴寒滞涩之感，邪气并非单纯外感，更像是从内而发，且盘踞极深。
她又仔细检查了破溃的皮疹，用银针（消毒后）挑取了一点脓液，放在特制的琉璃片上观察（利用系统兑换的简易显微镜功能辅助）。脓液在微观视野下，呈现出一种不正常的暗绿色，其中活跃着大量形态怪异的微小生物（细菌？），与她所知的任何常见致病菌都不同，且这些微生物似乎对阳光（她让助手将样本移至窗边）有极其轻微的不适反应。
“不是天然疫病。”苏晓晓心中有了初步判断，“更像是……人为制造的毒素或病原体感染。”她想起“影阁”实验记录中提到的“腐化之血”和那些邪恶的药剂。
“阿墨，你有什么感觉？”她低声问身边全副武装、只露出眼睛的阿墨。
阿墨小脸绷得紧紧的，隔着口罩闷声道：“姐姐，这些人身上……有很淡很淡的，和那天后院那个大坏蛋（指怪物）有点像的‘坏味道’，但混在病气里，很难闻出来。还有……地下面，好像有东西在‘漏’，那种‘坏味道’就是从一些地方慢慢‘漏’上来的，但很慢很慢。”
地下？泄露？苏晓晓和胡大夫对视一眼，都想到了某种可能——“影阁”的地下巢穴或“养尸地”发生了泄漏，污染了地下水或土壤？或者，他们故意释放了某种东西？
苏晓晓立刻将这个发现和猜测告知了在场的太医院医官和京兆尹官员。众人闻言皆是大惊失色。若真是人为投毒或地下污染，那性质就完全不同了！
京兆尹立刻加派人手，一方面继续隔离救治，另一方面开始排查疫区及周边的水井、沟渠、土壤，寻找污染源。太医院的医官们也开始按照“中毒或邪毒感染”的思路调整用药，苏晓晓提供了几种强效的解毒清瘟药方（融合了涅盘之力理念），虽不能根治，但似乎能延缓病情恶化。
然而，疫情尚未找到源头，新的波澜又起。
不知从何处传出的谣言，迅速在西城乃至整个王都扩散开来：这场诡异的时疫，是“妙手仁心馆”带来的！理由是医馆开张那日出现了怪物和毒药，引来了“不祥”，而且苏晓晓用的“奇术”扰乱了地气，才导致疫病爆发！更有甚者，谣言直指苏晓晓本人是“灾星”、“妖女”，所到之处必生祸患！
这谣言恶毒至极，将医馆的功劳扭曲为祸根，将苏晓晓的医术污蔑为妖术，试图将民间的恐慌和怒火引向她和医馆。虽然理智者未必全信，但在恐慌情绪蔓延下，仍有许多人将信将疑，甚至开始对“妙手仁心馆”和苏晓晓产生排斥和敌意。
清漪园外，开始出现零星的抗议和投掷石块的行为，虽被侍卫驱散，但影响恶劣。医馆内的学徒们外出采买时，也常遭遇白眼和非议，士气受到打击。
“是三弟和教廷的手笔。”南宫曜脸色铁青，“他们想借疫病之机，彻底搞臭晓晓和医馆，甚至可能想引发民变，逼父皇处置晓晓！”
苏晓晓反而比之前更加冷静。她深知，此时慌乱和辩解都无济于事，唯有找到疫病真正的源头并解决它，同时用事实反击谣言，才能破局。
她加大了在疫区的投入，不仅提供药方，更亲自带着胡大夫和学徒，冒着风险进入隔离区内部，为重症患者诊治，用涅盘之力尝试驱除他们体内那股阴寒邪毒。虽然无法大规模使用，且对自身消耗极大，但效果是显着的——几位濒危的重症患者在经过她全力救治后，病情竟奇迹般地稳定下来，溃烂处开始收口！
与此同时，京兆尹和影七的排查也有了突破性发现！
在疫区中心“柳条巷”一口废弃多年的老井深处，发现了人为填埋的痕迹。挖开之后，在井底淤泥中，找到了十几个破碎的黑色陶罐残片，上面残留着与那怪物身上、以及“影阁”实验记录中相似的邪恶气息和暗红色污渍！经检验，井水已被严重污染，且污染源正是这些陶罐中泄漏的、不知名的诡异液体！
不仅如此，顺着这口老井的地下水流向和土壤污染痕迹追踪，影七的人竟然发现了一条极其隐蔽的、通往地下深处的狭窄通道！通道入口被巧妙伪装，位于巷尾一间早已无人居住的破屋灶台下！
通道下方，连接着的正是之前发现的那个“影阁”西北暗河“工坊”的另一个出口！而且，从通道壁上的痕迹和残留物判断，近期有人通过这里，将那些破碎的陶罐废弃物，偷偷运上来，丢弃在了老井中！
人为投毒，证据确凿！投毒者利用“影阁”废弃的地下通道，将实验产生的邪恶毒物废弃物，故意倾倒在人口密集区的饮水源中，制造了这场“时疫”！
消息层层上报，直达天听。皇帝南宫擎震怒，严令彻查，揪出幕后黑手。
真相似乎即将大白，然而，当影七带人顺着通道反向追踪，试图直捣那个“工坊”时，却发现通道深处已被人从内部炸塌堵塞，且设置了恶毒的陷阱，强行挖掘风险极大。而那个“工坊”本身，似乎也已在更早之前被转移或废弃。
投毒的直接执行者渺无踪迹，幕后指使者依旧隐藏在迷雾之后。
但无论如何，疫病的源头找到了，并且与“妙手仁心馆”和苏晓晓毫无关系，反而是苏晓晓在救治中起到了关键作用！京兆尹和太医院联名发布公告，澄清事实，表彰苏晓晓和胡大夫的功绩。皇帝也再次下旨褒奖，并严厉申斥散布谣言者。
谣言在铁证和官方定调下，迅速溃散。百姓们在庆幸找到病源、疫情有望控制的同时，也对之前误解苏晓晓和医馆感到愧疚，转而更加感激和信赖“妙手仁心馆”。
一场危机，似乎化为了转机。
然而，苏晓晓和南宫曜心中却无半分轻松。
“投毒……这是‘影阁’的报复？还是……他们计划的一部分？”苏晓晓看着手中一块从井底找到的、尚未完全破碎的陶罐碎片，上面有一个模糊的、像是被刻意抹去一半的印记，那印记的轮廓，竟与之前在三皇子府管事私印拓本上看到的抽象兽形，有几分神似！
“他们的目的，不仅仅是破坏医馆和污蔑你。”南宫曜声音冰冷，“制造恐慌，分散朝廷注意力，试探我们的反应和能力，甚至……可能是在为某个更大的行动做铺垫或掩护。那个被炸塌的通道和转移的‘工坊’就是明证。”
他看向窗外阴沉的天空：“三弟……教廷……‘影阁’……他们究竟想干什么？这场‘时疫’，恐怕只是序曲。”
苏晓晓握紧了手中的陶片。是的，风暴并未过去，反而正在酝酿更大的雷霆。而她，必须在这雷霆降临之前，变得更强，准备得更充分。
疫病的阴霾逐渐散去，但王都上空，更浓厚的乌云正在汇聚。而这一次，苏晓晓知道，她将不再只是被动的承受者。